Zusammenfassung der Ressource
Estructura proteínas
- primaria
- reactivo de Edman: PITC (isotiocianato de fenilo)
- reacción con grupo N terminal
- desacoplo: a.a PTH
- cada a.a un aminoácido PTH diferente (sustituyente diferente)
- no determinar toda estructura primaria
- interferencia con productos secundarios
- sequenator: instrumento que hace 50 degradaciones Edman sucesivas
- Identificación a.a N-temrinal
- hidrólisis proteína con ácido diluido
- hidrólisis parcial (algunos enlaces peptídicos)
- separación y determinación mediante electroforesis o analizador de a.a
- a.a C-terminal a identificar con carboxipeptidasa
- peptidasa: cataliza hidrólisis de enlace peptidico
- no en arginina o lisina
- tripsina y quimotripsina: hidrólisis enlaces peptidicos especificos
- tripsina
- hidrólisis de 3 enlaces peptidicos
- formación hexapéptido, dipéptido, y dos tripéptidos
- quimotripsina
- hidrólisis enlaces peptidicos en lado C de a.a con anillos aromáticos de seis miembros (Phe, Tir, Trp)
- no hidrólisis si prolina en sitio de hidrólisis
- forma tridimensional no reconocible
- Bromuro de cianógeno
- hidrólisis enlace peptidico en lado C de un residuo de metionina
- ruptura si prolina en sitio de ruptura
- mecanismo
- ataque del azufre altamente nicleofílico de la metionina sobre el bromuro
- hidrólisis catalizada por ácido de la imina
- formación de un anillo de 5 miembros con salida del grupo saliente básicamente débil
- Secundaria
- conformaciones repetidas que asumen segmentos de la cadena
- pliegos de los segmentos de la columna vertebral
- conformaciones estabilizadas mediante puente hidrógeno entre grupos peptidicos
- hélice alfa
- columna vertebral se enrolla alrededor de eje largo de la molécula
- sustituyentes de los carbono alfa proyectados hacia fuera
- minimización impedimento estérico
- H unido a N amiduro se enlaza a un oxígeno carbonilo de un aa alejado de 4 aa
- puente hidrógeno entre uno enlazado a un N y un par de electrones no comportidos del O
- hoja plegada beta
- columna vertebral extendida en una estructura con forma de zigzag
- puente hidrógeno entre cadenas peptidicas adyacentes
- sustituyentes cerca: formación puentes hidrogeno si pequeños R
- terciaria
- disposición tridimensional de átomos
- plegamiento espontáneo cuando está en solución
- mayor estabilidad
- interacción establizadora: liberación energía
- incluyendo puentes disulfuro, puentes hidrógeno y atracciones electrostáticas y interacciones hidrofóbicas
- entre grupos petidicos y sustituyentes alfa
- más energía liberada, más estable
- proteínas sobretodo en ambientes acuosos: exposición máxima de grupos no polares (ocultados lejos del agua)
- cuaternaria
- más de una cadena peptidica
- subunidades (cadenas individuales)
- unidas por: interacciones idrofóbicas, puentes hidrógeno y atracciones electrostáticas
- descripción subunidades en el espacio
- Desnaturalización proteínas
- destrucción estructura terciaria
- rompimiento enlace que mantiene forma tridimensional
- desnaturalización
- Formas
- cambios de pH (modificación cargas): interferencia con atracciones electrostáticas y los puentes hidrógeno
- ciertos reactivos (urea): formación puentes hidrógeno en grupos proteicos
- solventes orgánicos: interferencia con interacciones hidrofóbicas
- calor o agitación: aumento del movimiento molecular entonces interferencia en fuerzas de atracción
- plegamiento de proteínas
- problema de existencia de macromoléculas en la célula
- interacciones no deseadas con proteínas
- CHAPERONAS MOLECULARES
- proteína llamada acompañante molecular
- chaperoninas: agregados macromoleculares (compuesto de proteinas de masomenos 60kDa)
- oligoméricas, cilindro de uno o dos anilos espalda contra espalda
- cada anillo tiene una cavidad donde se produce plegamiento
- GRUPO 1
- encontradas en eubacterias y orgánulos de organismos eucarióticos
- cilindro compuesto por uno o dos anillos heptaméricos
- GroEL
- proteína esencial para viabilidad de la bacteria
- 10 % proteinas celulares interaccionas con GroEL
- homología con proteinas de peso similar e involucradas en mecanismos de defensa
- incubación chaperonina
- ensayo de actividad funcional àra comprobar grado de renaturalización
- cofactores
- oligómero formado por 7 subunidades de una proteina: GroES
- unión a boca de anillo GroOEL
- GroEs estructura
- monómero con estructura barril de laminas beta
- lazo desordenado interacciona con dominio apical de GroEL
- ATP (unión e hidrólisis)
- Estructura
- 3 dominios
- ecuatorial
- interacciones general aniñño heptamérico
- acogida ATP
- apical
- entrada cavidad de anillo
- residuos hidrofóbicos
- intermedio
- transmisor de señales entre otros dos dominios
- bisagra para trasladar cambios conformacionales
- Mecanismo funcional
- residuos hidrofóbicos como imanes (uniones de todos los residuos)
- ATP se una a sitio de unión: dominio ecuatorial
- resto de mónomeros del anillo unen ATP: cooperatividad positiva
- coopertividad negativa: otras 6 subunidades tienen impedimento de unióna las 7 del otro anillo
- señal desde dominio ecuatorial a través del intermedio hasta el apical: cambio conformacional: unión cochaperonina GroES
- unión GroES levanta dominios apicales (puntas), sella cavidad
- residuos hidrofóbicos interactuan con GroEs: exposición residuos en superficie interior de la cavidad
- desaparición y aparición residuos hidrofílicos
- hidrólisis moléculas de ATP, relajan unión GroEs y GroEL, señal para unión de ATP en otro anillo
- otra molécula de GroEs se una a segundo anillo: complejo simétrico
- formación complejo simétrico no muy estable
- unión GroEs a segundo anillo: liberación de cochaperonina en el primero
- salida del polipeptido
- GroEl y chaperoninas no enzimas: alcanzar estructura nativa
- mecanismo GroEL: genera gasto continuo de ATP
- ayuda en replegar proteina de peso molecular inferior a 50kDa
- chaperoninas tipo I: proteinas de choque térmico
- GRUPO II
- en arqueobacterias y en citoplasma de organismos eucarióticos
- variables en grado de oligomerización, número de subunidades (distintas)
- CTT
- chaperonina citoplasmática de eucariotas
- 8 subunidades distintas (homólogas)
- plegamiento actinas y tubulinas: proteinas citoesqueleticas
- interacciones entre residuos especificos
- conformación cuasi nativa con actina
- tubulina: proteina compleja
- formación microtúbulos (fenómeno de polimerización)
- dominios: ecuatorial, intermedio y apical
- cerrar cavidad mediante otro dominio
- conformación abierta (ausencia de ATP) Unión ATP da conformación cerrada