Zusammenfassung der Ressource
Secuenciación y
ensamblaje de Kikuyo
- Illumina HiSeq2500
- Librería 2 (450 pb)
- Librería 1 (230 pb)
- Reads 150 pb
- Ensamblaje
de
referencia
- BWA
- Se utilizó como referencia
la especie más cercana
filogenéticamente (Setaria
italica). Hubo problemas
pasando de SAM a BAM
- SOAP2
- Se utilizó como referencia Setaria
italica, Zea maiz y Oryza sativa. Sólo
funcionó con S. italica. El programa
generó un SAM y se pudo pasar a
BAM. Generó un fasta
(Kikuyo_pilon.fasta).
- BLAST
- Local
Anmerkungen:
- Blast con la secuencia de los genes en otras especies (maíz, arroz, miyo y trigo) y el kikuyo_pilon
- Se encuentra match
con varias secuencias
del gen amt1.1
Anmerkungen:
- El mejor resultado fue con Triticum aestivum.
Resultado de blast:
NC_0284501_Pilon/sp:Triticum/%id:89.56%/a.l: 1418/s-e:3144(4354-5770)/ss-e:5-1412
- Blast local con
lib 1 y 2
- Se encuentra match con dos
scaffold en ambas librerías:
lib1: scaffolds 94740 - 94741;
lib2: scaffolds 62640 - 106864
- Se extraen las secuencias
de los scaffolds de ambas
librerías. Se comparan
con las secuencias de los
genes en T. aestivum y las
demás sp.
- Los dos scaffolds tienen
secuencias compartidas
iguales y se fusionan
- ClustalW
- Buenos resultados en
relación a las otras sp (estos
resultados se obtuvieron con
la librería 1; la librería 2 tuvo
malos resultados)
- Secuencia
gen Amt 1.1
Anlagen:
- Se encuentra match
con varias
secuencias del gen
amt 2.1
Anmerkungen:
- varios resultados con alto porcentaje de identidad. Se extraen las secuencias y se analizan con clustalW.
Los mejores resultados fueron las secuencias 2 y 7. Se escoge la secuencia 2 porque es igual que la 7 pero más extensa.
Resultado de blast:
sc: NC_0284541_pilon/sp:o.sativa/%id:81.22 - 74.62/al:905 - 457/qs-e:4245(8403-9299) - 4246(0348-0792)/ss-e:(354-1230) - (1225-1672)
- Blast local con
lib 1 y 2
- Se encuentra match con dos
scaffold en ambas librerías:
lib1: scaffold 574808 x2; lib2:
scaffolds 131252 - 160840
- Se extraen las secuencias
de los 3 scaffolds y se hace
clustalW. Se fusionan para
obtener una secuencia
consenso.
- ClustalW
- Se comparan con las otras
especies y se obtienen
buenos resultados
- Secuencia
gen Amt 2.1
Anlagen:
- No se encuentra
match para el gen
Nrt 1.1
- Blast2go
- No terminó el
programa, el pc se
bloquea
- Ensamblaje
de novo
- Mejoramiento de
ensamblaje
- GAA
- Blat
- Se llenó la
memoria del
servidor
- Integrado con Blat.
La memoria del
servidor se llenó
- Metassembler
Anlagen:
- Se modificaron los
reads y el programa
funcionó
- Resutlado:
236.043 scaffolds
- SSPACE
- No mejoró los resultados
anteriores. El número de
Scaffolds sigue siendo el mismo
en comparación con
SOAPdenovo
- SGA
- El proceso se para en
el análisis de las
distancias entre los
reads
Anmerkungen:
- El problema debe estar en el nombre de los reads
- SPAdes
- No dio resultados.
Sólo contigs.
Anmerkungen:
- Los kmer los definió el programa. No los evaluó todos, y los que evaluó, sólo realizó contigs.
- SOAPdenovo
- Librerías por separado. K
29, 47, 63. Se escogió el K
63 porque da mejores
resultados
Anmerkungen:
Anlagen:
- BLAST local
- Resultados
positivos para el
gen Nrt2.1
Anlagen: