La formación reticular se extiende desde la médula espinal a través de la médula oblongada o bulbo raquídeo, el puente o protuberancia, el mesencéfalo, el subtálamo, el hipotálamo y el tálamo.

El sistema límbico se extiende a través del eje del SNC desde la médula espinal hasta el cerebro.

La formación reticular va a recibir aferencias desde la médula espinal, de los núcleos de los pares craneales, del cerebelo, del subtálamo, hipotálamo, núcleos del tálamo, cuerpo estriado y sistema límbico. También de la corteza motora primaria del frontal y la corteza somestésica del tempora.

La formación reticular va a proyectar eferencias hacia el tallo cerebral y la médula espinal por los fascículos reticulomedular y reticuloespinales. Otras vías se extienden a la eferencia simpática y parasimpática craneosacra del SNA. Otras hacia el cuerpo estriado, cerebelo, núcleo rojo, sustancia negra, el techo y los núcleos del tálamo, el subtálamo y el hipotálamo.

Los centros respiratorios del tallo cerebral es el lugar de control de los músculos respiratorios y no son parte del sistema reticular.

Los axones de las células piramidales grandes del hipocampo emergen para formar el álveo y la fimbria.

Una lesión del hipocampo origina que el sujeto sea incapaz de almacenar la memoria a largo plazo, si bien no se afecta la memoria del pasado remoto antes del desarrollo de la lesión.