Contemporary Lab Skills - Exam 2

Frage 1 von 100

1

What does PCR stand for?

Wähle eine der folgenden:

Polymerase Chain Reaction
Polyamorous Consensual Relationship
Polymorphic Chain Reaction
Polymorphic Contrasting Reaction

Erklärung

Frage 2 von 100

1

Wähle von der Aufklappliste, um den Text zu vervollständigen.

PCR is typically the ( first, second, third, last ) step in DNA analysis.

Erklärung

Frage 3 von 100

1

What is the main significance of PCR vs other methods?

Wähle eine der folgenden:

PCR avoids the DNA cloning process
PCR promotes the DNA cloning process
PCR promotes the RNA cloning process
PCR avoids the RNA cloning process

Erklärung

Frage 4 von 100

1

PCR amplifies all included DNA segments, which allows us to measure general information about the DNA, such as length and total composition.

Wähle eins der folgenden:

WAHR
FALSCH

Erklärung

Frage 5 von 100

1

What determines the segment of DNA that is amplified by PCR?

Wähle eine der folgenden:

Primers
Template DNA
Buffer
dNTPs

Erklärung

Frage 6 von 100

1

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

DNA amplification after PCR is ( less, greater ) than 10^( 6, 5, 10, 12 )x

Erklärung

Frage 7 von 100

1

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

PCR amplification requires ( little, a large amount of ) template DNA, but is highly ( susceptible, resistant ) to contamination.

Erklärung

Frage 8 von 100

1

______________ is a thermostable DNA polymerase used to automate the repetitive steps in the polymerase chain reaction (PCR) technique.

Wähle eine der folgenden:

Taq polymerase
Qat polymerase
Thermopolymerase
Therm polymerase

Erklärung

Frage 9 von 100

1

Which of the following is a requirement of PCR?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Thermocycler
Template DNA
Primers
Thermostable DNA polymerase
Agarose Gel
Electric Current

Erklärung

Frage 10 von 100

1

What kind of primers are used in PCR?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Forward
Reverse
One-way
Two-way

Erklärung

Frage 11 von 100

1

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

Using dNTP, or ( deoxynucleotide triphosphate, deoxynucleic triptophosphorous, deoxynucleotide triptophosphate, deoxynucleic triphosphate ), during the ( extension, replication, conditioning ) phase of PCR provides single bases ready to go into DNA and double it, like building blocks.

Erklärung

Frage 12 von 100

1

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

DNA polymerases (DNAPs)...

- Add dNTPs to ( elongate, compress ) primer
- Require pre-existing ( oligonucleotide, phosphodiester ) (primer) with free ( 3' -OH, 5' -OH, 3' -PO4, 5' -PO4 )
- Read DNA template strand & inserts complementary ( deoxyribonucleotide (dNTP), DNA polymerase (DNAP), deoxyribose (dRTP) ) of the next unpaired nucleotide in the template
- Form ( phosphodiester, oligonucleotide, deoxyribonucleoide (dNTP) ) bond between ( 3' -OH, 5' -PO4, 5' -OH, 3' -PO4 ) of ( oligonucleotide, phosphodiester ) & ( 5' -PO4, 3' -OH, 3' -PO4, 5' -OH ) of ( deoxyribonucleotide (dNTP), oligonucleotide, phosphodiester )
- DNA synthesis proceeds ( 5'-->3', 3'-->5' )
- Template strand read ( 3'-->5', 5'-->3' )

Erklärung

Frage 13 von 100

1

Select all that apply to DNA polymerases for PCR

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Thermostability is essential
Optimum polymerase activity at 72 degrees C, but can withstand up to 95 degrees C
Use exonuclease deficient forms
3'-->5' exonuclease activity may modify/degrade primers under initial sub-optimal conditions
Optimum polymerase activity at 65 degrees C, but can withstand up to 82 degrees C
Use endonuclease deficient forms
5'-->3' exonuclease activity may modify/degrade primers under initial sub-optimal conditions

Erklärung

Frage 14 von 100

1

Match the DNA polymerases with their description

❌
- Taq Polymerase
- In hot springs

❌
- deep ocean vents
...- extends templates >12kb
...- proofreading ability
- Manipulation of Vent -->Deep Vent
...- Greater thermostability
...-Lacks exonuclease (exo-) component

❌
- Extends long templates
- Proofreading ability

❌
- RT at 70 degrees C + Mn^2+
- similar to RNA-PCR without cDNA

❌
- Proofreading activity
- Efficiently incorporates radiolabeled dNTPs
- Good for generating DNA probes

Klicke und ziehe, um den Text zu vervollständigen.

Thermus aquatics

Thermococcus litoralis

Thermus maritima (UITma)

Thermus thermophilus (Tth)

Pfu DNA polymerase (marine bacterium)

Erklärung

Frage 15 von 100

1

How long are typical PCR primers?

Wähle eine der folgenden:

20-30 bp
30-40 bp
10-20 bp
40-50 bp

Erklärung

Frage 16 von 100

1

Select all that apply to a good PCR primer

Wähle eine oder mehr der folgenden:

complement flanking DNA
not self-complementary
avoids potential secondary structure
matched GC content
similar melting temp
higher melting temp
complements itself
cannot complement flanking DNA
avoids potential tertiary structure

Erklärung

Frage 17 von 100

1

Using software such as Oligo and Primer to calculate precise times and temperatures for PCR primer is an option, but calculations made by the researcher should be accurate enough.

Wähle eins der folgenden:

WAHR
FALSCH

Erklärung

Frage 18 von 100

1

Which of the following are major components in a PCR reaction mixture?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Target DNA
Primers
DNA Polymerase
dNTPs
Buffer appropriate for enzyme
dNADs
deoxyribonuclease

Erklärung

Frage 19 von 100

1

Which of the following should be considered when choosing a buffer for PCR?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

enzyme activity
primer/template binding
effective incorporation of dNTPs
optimization for Mg^2+
optimization for P^+
DNA length

Erklärung

Frage 20 von 100

1

The PCR cycle has which three steps?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Denaturation
Annealing
Extension
Buffering
Contraction

Erklärung

Frage 21 von 100

1

What is the significance of the denaturing phase of PCR?

Wähle eine der folgenden:

It allows the selected region for amplification to be accessible to enzymes
It allows primers to anneal to the template DNA
It extends the primers beyond the target DNA

Erklärung

Frage 22 von 100

1

Denaturation of DNA occurs at what temperature?

Wähle eine der folgenden:

90 degrees C
80 degrees C
85 degrees C
75 degrees C

Erklärung

Frage 23 von 100

1

Which of the following occurs during the annealing phase of PCR?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

reaction mixture cooled to 40-65 degrees C
Primers anneal to template DNA
precise temperature is critical and must be defined to avoid synthesis of other products
template dsDNA denatured by heating above 90 degrees C
temperature is raised to 72 degrees C
primers extended beyond target DNA
Primers extended from 3' -OH by thermostable DNA polymerase

Erklärung

Frage 24 von 100

1

Which of the following occurs during the extension phase of PCR

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Temperature is raised to 72 degrees C
Primers extended from 3' -OH by thermostable DNA polymerase
Primers extended beyond target DNA
Sequence at 3' end contains sequence complementary to other primer
reaction mixture cooled to 40-50 degrees C
Primers anneal to template DNA
Template dsDNA denatured by heating above 90 degrees C

Erklärung

Frage 25 von 100

1

Successive PCR cycles yield fragments precisely delimited by the primer.

Wähle eins der folgenden:

WAHR
FALSCH

Erklärung

Frage 26 von 100

1

Which of the following applies to Agarose Gel electrophoresis (AGE) PCR?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Run PCR products on gel alongside size standards
Look for band of predicted size
Original method
Semi-quantitative at best
Monitor accumulation of PCR products
Quantitative
Use fluorescent-labeled primers, probes, or fluorochromes
Based on Fluorescent Resonance Energy Transfer (FRET)

Erklärung

Frage 27 von 100

1

Which of the following applies to Real-time PCR

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Monitor accumulation of PCR products during cycling
Quantitative
Use fluorescent-labeled primers, probes, or fluorochromes
Based on fluorescent Resonance Energy Transfer (FRET)
Run PCR products on gel alongside size standards
Look for band of predicted size
Orignal method
Semi-quantitative at best

Erklärung

Frage 28 von 100

1

Label the types of Real-Time PCR

Ziehe eine Antwort zum richtigen orangen Punkt.

Light Cycler Primers

Molecular Beacons

UFO PCR

Photon Cycler Primers

Taqman PCR Assay

Reporter-Quencher Assay

Scorpion Assay

Inchworm Assay

Erklärung

Frage 29 von 100

1

What is the main benefit of using PCR over cloning?

Wähle eine der folgenden:

PCR is faster
PCR produces more accurate results
PCR requires less preparation
PCR is generally cheaper

Erklärung

Frage 30 von 100

1

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

In PCR, "RAPD" stands for...

( Rapid, Renentive ) ( Amplification, Annealing ) of ( Polymorphic, Phosphodiester ) DNA

Erklärung

Frage 31 von 100

1

Which of the following applies to RAPD PCR Analysis?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

One or both primers are random sequences
Yields discrete bands on gel
Alteration in fragment length due to insertions/deletions between primer sites
Reproducibly identify and organism/species
Differentiate between various mutants
Based on insertions/deletions in gene sequence among individuals/genes
Amplification using 1 primer

Erklärung

Frage 32 von 100

1

Which of the following applies to AFLP PCR analysis?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Based on insertions/deletions in gene sequence among individuals/species
PCR amplification of specific gene(s)
Type of DNA fingerprint analysis
Amplification using 1 primer
One or both primers are random sequences
Yields discrete bands on gels
Alteration in fragment length due to insertions/deletions between primer sites

Erklärung

Frage 33 von 100

1

PCR is an effective replacement for cloning

Wähle eins der folgenden:

WAHR
FALSCH

Erklärung

Frage 34 von 100

1

Cloning PCR products involves which of the following?

Wähle eine der folgenden:

In vitro protein synthesis
In vivo protein synthesis
In vitro DNA synthesis
In vivo DNA synthesis

Erklärung

Frage 35 von 100

1

What are the initial problems associated with Direct PCR sequencing?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

sequencing requires ssDNA
Short PCR products re-anneal rapidly
Prevent annealing of sequencing primers
Bias amplification for 1 strand (primer ratio 100:1)
Use denaturants
Selectively remove 1 strand after sequencing

Erklärung

Frage 36 von 100

1

What are the solutions for problems associated with direct PCR sequencing?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Bias amplification for 1 strand (primer ratio 100:1)
Use denaturants
Selectively remove 1 strand after synthesis
Sequencing requires ssDNA
Short PCR products reanneal rapidly
Prevent annealing of sequencing primers

Erklärung

Frage 37 von 100

1

Select all the denaturants used for direct PCR sequencing

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Formamide
Dimethylsulfoxide
Formaldehyde
Dihydrogen monoxide

Erklärung

Frage 38 von 100

1

How is one strand selectively removed after synthesis during direct PCR sequencing?
(Select 2)

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Incorporate biotin into 1 primer
Affinity chromatography with bound streptavidin removes biotinylated strand
Incorporate formamide into 1 primer
HPLC chromatography with bound streptavidin removes biotinylated strand
HPLC chromatography with bound straptovitamin removes biotinylated strand

Erklärung

Frage 39 von 100

1

This is a depiction of which kind of PCR sequencing?

Wähle eine der folgenden:

Direct PCR sequencing
PCR cycle sequencing

Erklärung

Frage 40 von 100

1

This is a depiction of which type of PCR sequencing?

Wähle eine der folgenden:

PCR cycle sequencing
Direct PCR sequencing

Erklärung

Frage 41 von 100

1

Which of the following applies to PCR cycling?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Amplification using 1 primer
Uses about 20 PCR cycles to complete
Detected using Fluorescent ddNTPs
Detected using Radiolabeled ddNTPs
BIas amplification for 1 strand (primer ratio 100:1)
Use denaturants

Erklärung

Frage 42 von 100

1

RT-PCR stands for...

Wähle eine der folgenden:

Reverse Transcriptase PCR
Reverse Terminal PCR
Repeating Transcriptase PCR
Repeating Terminal PCR

Erklärung

Frage 43 von 100

1

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

Reverse Transcriptase converts ( mRNA, cDNA, ddDNA, rRNA ) to ( cDNA, mRNA, rRNA, ddDNA ) during RT-PCR.

Erklärung

Frage 44 von 100

1

What are the steps of RT-PCR in the correct order?

❌
❌
❌
❌--Use cDNA in PCR

Klicke und ziehe, um den Text zu vervollständigen.

Isolate Poly(A)-mRNA

Anneal Poly(dT) Primer to mRNA

Reverse Transcriptase Synthesis of cDNA

Remove RNA

Erklärung

Frage 45 von 100

1

Electrophoresis is...

Wähle eine der folgenden:

the separation of molecules using an electric field
the separation of molecules using a magnetic field
the visualization of molecules using an electric field
the visualization of molecules using a magnetic field

Erklärung

Frage 46 von 100

1

The migration distance is primarily determined by the ___________ ratio

Wähle eine der folgenden:

charge:mass
charge:size
density:mass
density:size

Erklärung

Frage 47 von 100

1

What is the primary reason we use a matrix in electrophoresis?

Wähle eine der folgenden:

It increases resolution of molecules with a similar charge:mass ratio
It decreases the time it takes to complete electrophoresis
It allows the charges from the positive and negative ends to traverse the entire mechanism
It gives the molecules something to adhere to

Erklärung

Frage 48 von 100

1

A matrix imposes a size constraint on molecule movement during electrophoresis

Wähle eins der folgenden:

WAHR
FALSCH

Erklärung

Frage 49 von 100

1

Select all that are common matrices for electrophoresis

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Agarose (AGE)
Polyacrylamide (PAGE)
Starch
Cellulose (TLE)
Silica (TLE)
Paper
Sodium hydrogen carbonate (SHC)

Erklärung

Frage 50 von 100

1

Drag the types of electrophoresis to their applications

❌
- Proteins

Paper electrophoresis
- Small molecules

❌
- Small Molecules

❌
- Molecules dissolved in liquid

❌
- DNA (>2 kb)
- RNA (>2 kb)

❌
- DNA
- RNA
-Proteins
- Small molecules

❌ (PAGE)
- Small DNAs (<2 kb)
- Small RNAs (<2 kb)

Klicke und ziehe, um den Text zu vervollständigen.

Starch gel electrophoresis

Thin-layer electrophoresis (TLE)

Free-flow electrophoresis

Agarose gel electrophoresis (AGE)

Capillary electrophoresis

Polyacrylamide gel electrophoresis

Erklärung

Frage 51 von 100

1

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

For nucleic acid gel electrophoresis (separation of DNA and RNA), an ( agarose, polyacrylamide ) matrix is used for general applications while ( polyacrylamide, agarose ) is used for sequencing and footprinting.

Erklärung

Frage 52 von 100

1

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

The phosphate in a nucleic acid's backbone has a strong ( negative, positive ) charge proportional to the ( number of base pairs (bp), size of base pairs (bp), proportion of bases (A/G/T/C) ), so it runs towards the ( positive, negative ) end of the electrophoresis matrix.

Erklärung

Frage 53 von 100

1

Why is denaturing part of agarose electrophoresis?

Wähle eine der folgenden:

Used to prevent the formation of secondary structure
Used to prevent the formation of tertiary structure
Used to prevent re-annealing
Used to prevent annealing

Erklärung

Frage 54 von 100

1

Which of the following is used in denaturing agarose gels (DNA)

Wähle eine oder mehr der folgenden:

alkaline buffers
formamide
formaldehyde
methylmercuric hydroxide
Detergents (e.g. SDS)

Erklärung

Frage 55 von 100

1

Which of the following is used in denaturing agarose gels (RNA)

Wähle eine oder mehr der folgenden:

formamide
formaldehyde
methylmercuric hydroxide
alkaline buffers
Detergents (e.g. SDS)

Erklärung

Frage 56 von 100

1

Which of the following is used in denaturing acrylamide gels?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Detergents (e.g. SDS)
alkaline buffers
formamide
formaldehyde
methylmercuric hydroxide

Erklärung

Frage 57 von 100

1

Polyacrylamide gels permit the resolution of individual bases

Wähle eins der folgenden:

WAHR
FALSCH

Erklärung

Frage 58 von 100

1

Pulsed-field electrophoresis (or orthogonal field electrophoresis) does not permit the separation of large DNAs.

Wähle eins der folgenden:

WAHR
FALSCH

Erklärung

Frage 59 von 100

1

Which of the following applies to pulsed-field electrophoresis?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

effectively separates small chromosomes >10^6 bp
uses electric field conducted through a stiff rod snaking through the gel
one can alter the orientation of the field
effectively separates large chromosomes <10^10 bp
uses electric field conducted through a liquid phase via two small rods on either end (one cathode, one anode)
the field is fixed and can only go in one direction

Erklärung

Frage 60 von 100

1

Which of the following are general stains for nucleic acids?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Ethidium bromide (EtBr)
SYBRgreen
Psorelen
Methylene blue

Erklärung

Frage 61 von 100

1

During electrophoresis staining of nucleic acids, the stain intercalates between the ___________ of the nucleic acids.

Wähle eine der folgenden:

bases
phosphodiester bonds
-OH bonds

Erklärung

Frage 62 von 100

1

Wähle von der Aufklappliste, um den Text zu vervollständigen.

Alignment of stain molecules to DNA after electrophoresis permits a strong fluorescent signal when stimulated with ( UV, gamma radiation, an electric field ).

Erklärung

Frage 63 von 100

1

Proteins are typically separated by what kind of electrophoresis?

Wähle eine der folgenden:

Polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE)
Agarose gel electrophoresis (AGE)
Capillary electrophoresis
Free-flow electrophoresis

Erklärung

Frage 64 von 100

1

PAGE gels can come in what formats?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Slab gels
Rod (tube) gels
Box gels

Erklärung

Frage 65 von 100

1

Wähle von der Aufklappliste, um den Text zu vervollständigen.

PAGE buffer systems can either be ( continuous or discontinuous, high or low charge, long or short, simple or complex ).

Erklärung

Frage 66 von 100

1

Which of the following are components of a polyacrylamide gel?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Acrylamide
BIs-acrylamide
Buffer
Denaturants (optional)
Agarose

Erklärung

Frage 67 von 100

1

Which of the following are catalysts used for polymerization of PAGE preparation?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Ammonium persulfate (APS)
N,N,N'N'-Tetramethylenediamine (TEMED)
Bis-acrylamide
Acrylamide

Erklärung

Frage 68 von 100

1

What are the functions of the catalysts used during PAGE preparation?

Wähle eine der folgenden:

TEMED forms free radicals from APS
APS forms free radicals from TEMED
Bis-acrylamide forms free radicals from acrylamide
Acrylamide forms free radicals from bis-acrylamide

Erklärung

Frage 69 von 100

1

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

In PAGE gel preparation the free radicals made from the catalysts form form linkages from ( acylamide, TEMED, APS ) to acrylamide and ( acrylamide, TEMED, APS ) to ( bis-acrylamide, TEMED, APS ).

Erklärung

Frage 70 von 100

1

Which of the following can inhibit APS/TEMED catalysts during PAGE gel preparation?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

low pH
oxygen
high pH
water

Erklärung

Frage 71 von 100

1

Select all that apply to %T

Wähle eine oder mehr der folgenden:

= Total acrylamides in gel (w/v)
= % Acrylamide + % Bis-acrylamide
Increased %T --> decreased pore size
= Cross-linkers in gel (w/v)
= % Bis-acrylamide
Increased %T --> increased pore size

Erklärung

Frage 72 von 100

1

Select all that apply to %C

Wähle eine oder mehr der folgenden:

= Cross-linkers in gel (w/v)
= % Bis-acrylamide
Increased %C --> decreased pore size
= Total acrylamides in gel (w/v)
= % Acrylamide + % BIs-acrylamide
Increased %C --> increased pore size

Erklärung

Frage 73 von 100

1

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

In a discontinuous buffer system...

Velocity of Migration = ( Effective Mobility, Size ) x ( Voltage, Mass )
- Proportion of charged molecules determines effective mobility

Voltage = ( Current, Charge ) x ( Resistance, Reactability )
- V = I x R

Proteins accumulate in a ( narrow, wide ) band (i.e. ( Stack, Resolution )) before entering the ( resolving, stacking ) gel

Stacking gels have ( large, small ) pores (( low, high ) %T, ( no molecular sieving, molecular sieving )) and a pH of ( 6.8, 8.8, 8.6, 6.6 ).
Glycine is ( protonated, deprotonated, differentially deprotonated ), so it has a ( slow, fast, intermediate ) migration and is the ( trailing, leading ) ion. Proteins are ( differentially deprotonated, protonated, deprotonated ), so they have an ( intermediate, slow, fast ) migration. Chloride (Cl-) has ( high, low ) mobility and is the ( leading, trailing ) ion.

Cl- moves ( away from, towards ) the glycine, creating a ( low, high ) conductivity zone. The ( low, high ) conductivity zone attains a ( higher, lower ) voltage gradient. At its steady-state, glycine and Cl- are moving at ( the same rate, different rates ) with a ( sharp, undefined ) boundary between them. As the glycine moves through the stacking gel, the ( Cl-, proteins )overtakes the ( proteins, Cl- ) ( in front of, behind ) the boundary. Proteins have ( higher, lower ) mobility than glycine in the trailing ( high-voltage, low-voltage ) gradient, so they move ( at, behind, in front of ) the boundary.

Resolving gels have ( smaller, larger ) pores (( higher, lower ) %T, ( molecular sieving, no molecular sieving )) and a pH of ( 8.8, 6.8, 6.6, 8.6 ). At the resolving gel, glycine ( deprotonates, protonates ) and ( increases, decreases ) mobility. The ( glycine, proteins ) overtakes the ( proteins, glycine ) and moves just behind the Cl-. Then the Proteins separate based on their ( charge:mass ratio, mass ) and molecular sieving due to gel composition (%T, %C).

Erklärung

Frage 74 von 100

1

Denaturing protein electrophoresis is generally conducted using _________ to separate proteins.

Wähle eine der folgenden:

SDS-PAGE
Urea gels
Starch gels
Sucrose gels

Erklärung

Frage 75 von 100

1

The "SDS" in SDS-PAGE stands for...

Wähle eine der folgenden:

sodium dodecylsulfate
sodium dioxycarbonate
sodium dioxysulfate
sodium dodecylcarbonate

Erklärung

Frage 76 von 100

1

Select all that apply to the SDS detergent used in SDS-PAGE

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Linearizes protein
Coats protein with negative charges
Coats protein with positive charges
Compresses protein

Erklärung

Frage 77 von 100

1

SDS-PAGE requires __________ for complete disruption of secondary structure

Wähle eine der folgenden:

a reducing agent
a buffer
a catalyst

Erklärung

Frage 78 von 100

1

Which of the following are examples of reducing agents used during SDS-PAGE?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

beta-Mercaptoethanol (BME)
Dithiothreitol (DTT)
Dithioerythritol (DTE)
Sodium dodecylsulfate
Ampholytes

Erklärung

Frage 79 von 100

1

Wähle von der Aufklappliste, um den Text zu vervollständigen.

When using an SDS detergent for PAGE...

Separation is based on ( chain length, chain linearization, chain charge )
It has a slightly negative charge at pH 7, so the molecules run towards the positive pole

Erklärung

Frage 80 von 100

1

Which of the following applies to Urea gels during denaturing protein electrophoresis?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Disrupts hydrogen bonds (H-bonds) to for primary structure
Does not alter charges on protein for the given buffer system and pH
Separation is based on the charge:mass ratio
Alters charges on protein for the given buffer system and pH
Creates hydrogen bonds (H-bonds) for secondary structure
Separation is based on the chain length
Sometimes used for 1st dimension of 2D-PAGE

Erklärung

Frage 81 von 100

1

Which of the following are examples of gel matrices used for non-denaturing protein electrophoresis?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

polyacrylamide
starch
Sucrose
Glucose

Erklärung

Frage 82 von 100

1

Which of the following are examples of native gels used for non-denaturing protein electrophoresis?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Sucrose
Glucose
Polyacrylamide
Starch

Erklärung

Frage 83 von 100

1

Select all that apply to native gels

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Separation by charge:mass ratio
Maintain protein activity
Halt/dampen protein activity
Separation by chain length

Erklärung

Frage 84 von 100

1

Select all that apply to isoelectrofocussing (IEF) gels

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Separation based on pI of protein
Ampholytes generate pH gradient
Proteins migrate to isoelectric point
Used during non-denaturing protein electrophoresis
Used during denaturing protein electrophoresis
Separation based on charge:mass ratio
Glycine and Cl- generate charge gradient

Erklärung

Frage 85 von 100

1

Which of the following are examples of protein stains? (Drag to correct spot)

Standard: ❌
❌
Most sensitive: ❌

Klicke und ziehe, um den Text zu vervollständigen.

Coomassie Brilliant Blue

Methylene Blue

Ruby Red

Sybergreen

Silver

Erklärung

Frage 86 von 100

1

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

( Protein stains, Autoradiography ) (is/are) used for total protein visualization in electrophoresis (steady-state).

( Autoradiography, Protein stains ) (is/are) used for visualizing newly synthesized proteins after electrophoresis.

Erklärung

Frage 87 von 100

1

Select all that apply to Autoradiography

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Used for In vivo labeling
Visualizes bands with x-ray film
Intensifying screens
increased spot density means increased quantity in band
Increased spot density means decreased quantity in band
Visualizes bands with UV light

Erklärung

Frage 88 von 100

1

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

Rf = Distance of ( Migrated Band, Migrated Dye ) / Distance of ( Migrated Dye, Migrated Band )

Erklärung

Frage 89 von 100

1

Migration in SDS-PAGE should be determined with a _________ function

Wähle eine der folgenden:

linear
logarithmic

Erklärung

Frage 90 von 100

1

Rf is typically used when molecular weight markers (MWM's) run on the gel with the sample.

Wähle eins der folgenden:

WAHR
FALSCH

Erklärung

Frage 91 von 100

1

2D enhanses esolution over 1D PAGE.

Wähle eins der folgenden:

WAHR
FALSCH

Erklärung

Frage 92 von 100

1

Why do we use 2-Dimensional Gel Electrophoresis?

Wähle eine der folgenden:

A 1D band may contain several proteins, so 2D resolves overlying proteins.
1D just seemed so boring that we had to add another dimension. It is the 21st century, after all.
1D band only transports the proteins halfway; 2D is needed for the proteins to travel the rest of the gel.

Erklärung

Frage 93 von 100

1

Select all that apply to protein separation in the first dimension (electrophoresis).

Wähle eine oder mehr der folgenden:

IEF or native gel
separation based on charge:mass ratio
ampholytes generate pH gradient
proteins migrate to isoelectric point
separate on SDS-PAGE gels
separation based on size
posttranslational modifications occur

Erklärung

Frage 94 von 100

1

Select all that apply to protein separation in the second dimension (electrophoresis).

Wähle eine oder mehr der folgenden:

separate on SDS-PAGE gels
separation based on size
Look for reproducible results
Posttranslational modifications occur
IEF or native gel
Separation based on charge:mass ratio
Proteins migrate to isoelectric point

Erklärung

Frage 95 von 100

1

Why do posttranslational modifications occur after separation in the second dimension (electrophoresis)>

Wähle eine der folgenden:

ARG & mature spot may not be the same
proteins don't follow the laws of physics during electrophoresis
proteins migrate to the isoelectric point, not based on size

Erklärung

Frage 96 von 100

1

Select all components of In vitro translation systems (electrophoresis)

Wähle eine oder mehr der folgenden:

ribosomes
protein synthesis factors
tRNAs
mRNA
Amino acids (one radiolabeled)
rRNA
cDNA
Ampholytes

Erklärung

Frage 97 von 100

1

What are the uses of In vitro translation of proteins?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Analyze major mRNAs present
Pro-protein production
Resolves overlying proteins

Erklärung

Frage 98 von 100

1

What is the basic procedure of In vitro translation of proteins?

1. ❌
2. ❌

Klicke und ziehe, um den Text zu vervollständigen.

Extract mRNAs

Copy mRNAs

Translate mRNAs In vitro

Label mRNAs In vitro

Erklärung

Frage 99 von 100

1

___________ is the transfer of macromolecules from gel to membrane filter following electrophoresis.

Wähle eine der folgenden:

Blotting
Translation
Visualization
Staining

Erklärung

Frage 100 von 100

1

What are some of the advantages of analyzing macromolecules using probes instead of in gels?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

More sensitive detection
Need less DNA/RNA/protein to complete
Probe detects only molecule of interest (not all molecules on gel visualized)
Reduce volumes of expensive reagents
Probes make you feel like a cool alien
Faster visualization

	Erstellt von Jo O'Bar vor mehr als 3 Jahre

Covering Polymerase Chain Reaction, Electrophoresis, and more

Contemporary Lab Skills - Exam 2

Contemporary Lab Skills - Exam 2

Frage 1 von 100

What does PCR stand for?

Wähle eine der folgenden:

Erklärung

Frage 2 von 100

Wähle von der Aufklappliste, um den Text zu vervollständigen.

PCR is typically the first second third last( first, second, third, last ) step in DNA analysis.

Erklärung

Frage 3 von 100

What is the main significance of PCR vs other methods?

Wähle eine der folgenden:

Erklärung

Frage 4 von 100

PCR amplifies all included DNA segments, which allows us to measure general information about the DNA, such as length and total composition.

Wähle eins der folgenden:

Erklärung

Frage 5 von 100

What determines the segment of DNA that is amplified by PCR?

Wähle eine der folgenden:

Erklärung

Frage 6 von 100

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

DNA amplification after PCR is less greater( less, greater ) than 10^6 5 10 12( 6, 5, 10, 12 )x

Erklärung

Frage 7 von 100

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

PCR amplification requires little a large amount of( little, a large amount of ) template DNA, but is highly susceptible resistant( susceptible, resistant ) to contamination.

Erklärung

Frage 8 von 100

______________ is a thermostable DNA polymerase used to automate the repetitive steps in the polymerase chain reaction (PCR) technique.

Wähle eine der folgenden:

Erklärung

Frage 9 von 100

Which of the following is a requirement of PCR?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Erklärung

Frage 10 von 100

What kind of primers are used in PCR?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Erklärung

Frage 11 von 100

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

Erklärung

Frage 12 von 100

Wähle von der Dropdown-Liste, um den Text zu vervollständigen.

Erklärung

Frage 13 von 100

Select all that apply to DNA polymerases for PCR

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Erklärung

Frage 14 von 100

Klicke und ziehe, um den Text zu vervollständigen.

Erklärung

Frage 15 von 100

How long are typical PCR primers?

Wähle eine der folgenden:

Erklärung

Frage 16 von 100

Select all that apply to a good PCR primer

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Erklärung

Frage 17 von 100

Using software such as Oligo and Primer to calculate precise times and temperatures for PCR primer is an option, but calculations made by the researcher should be accurate enough.

Wähle eins der folgenden:

Erklärung

Frage 18 von 100

Which of the following are major components in a PCR reaction mixture?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Erklärung

Frage 19 von 100

Which of the following should be considered when choosing a buffer for PCR?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Erklärung

Frage 20 von 100

The PCR cycle has which three steps?

Wähle eine oder mehr der folgenden:

Erklärung

PCR is typically the ( first, second, third, last ) step in DNA analysis.

DNA amplification after PCR is ( less, greater ) than 10^( 6, 5, 10, 12 )x

PCR amplification requires ( little, a large amount of ) template DNA, but is highly ( susceptible, resistant ) to contamination.

In PCR, "RAPD" stands for...

( Rapid, Renentive ) ( Amplification, Annealing ) of ( Polymorphic, Phosphodiester ) DNA