ana ibanez S�nchez
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Preguntas creadas por alumnos del máster (no son sacadas de años anteriores ni tienen relación con el posible examen real del profesor), sólo sirven para ayudar al estudio de la materia.

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ana ibanez S�nchez
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Examen de Proteómica

Frage 1 von 30

1

1. En el método ODA:

Wähle eine oder mehr der folgenden:

  • Los átomos polares contribuyen negativamente a la desolvatación

  • Los átomo apolares contribuyen negativamente a la desolvatación

  • Los átomos polares contribuyen favorablemente a la desolvatación

  • La polaridad del residuo no influye en la desolvatación

Erklärung

Frage 2 von 30

1

2. En el método ODA:

Wähle eine der folgenden:

  • Los átomos apolares contribuyen negativamente a la desolvatación

  • Los átomos apolares contribuyen favorablemente a la desolvatación

  • Los átomos polares contribuyen favorablemente a la desolvatación

  • La polaridad del residuo no influye en la desolvatación

Erklärung

Frage 3 von 30

1

3. En el método ODA:

Wähle eine der folgenden:

  • Identifica regiones de interacción genéricas en la proteína de estudio

  • Identifica regiones susceptibles de formar interacciones hidrofóbicas

  • No identifica regiones involucradas en interacciones electrostáticas

  • Todas son correctas

Erklärung

Frage 4 von 30

1

4. En el método NIP (PyDock):

Wähle eine der folgenden:

  • Un valor de NIP > 0.2 indica que el residuo está involucrado en la interacción con la proteína de estudio

  • Un valor de NIP > 0.4 indica que el residuo está involucrado en la interacción con la proteína de estudio

  • Un valor de NIP > 1 indica que el residuo está involucrado en la interacción con la proteína de estudio

  • El valor de NIP no es relevante para la determinación de los residuos involucrados en la interacción

Erklärung

Frage 5 von 30

1

5. En relación con los hot-spots:

Wähle eine der folgenden:

  • Se considera un hot-spot cuando al mutar el residuo a alanina empeora la energía de unión más de 1kcal/mol

  • Se considera un hot-spot cuando al mutar el residuo a alanina empeora la energía de unión más de 5kcal/mol

  • Se considera un hot-spot cuando al mutar el residuo a metionina empeora la energía de unión más de 1kcal/mol

  • Se considera un hot-spot cuando al mutar el residuo a prolina empeora la energía de unión más de 5kcal/mol

Erklärung

Frage 6 von 30

1

6. En relación a los hot-spots:

Wähle eine oder mehr der folgenden:

  • Tienden a situarse en el centro de la región de interacción (core)

  • Tienden a situarse en el borde de la región de interacción (rim)

  • Los hot-spots nunca se encuentran en la zona de interacción

  • Los hot-spots se localizan en cualquier zona de la región de interacción

Erklärung

Frage 7 von 30

1

7. En relación a los hot-spots:

Wähle eine der folgenden:

  • Son residuos que tienden a estar más conservados que el resto de los residuos de la interacción

  • Son residuos que tienden a estar menos conservados que el resto de los residuos de la interacción

  • Son residuos muy mutables a alanina

  • Ninguna de las opciones es correcta

Erklärung

Frage 8 von 30

1

8. Cambios en la secuencia de una proteína pueden provocar las siguientes alteraciones:

Wähle eine der folgenden:

  • Mutaciones estructurales

  • Nuevas interacciones en los complejos que realice la proteína

  • Cambios en parámetros termodinámicos y cinéticos (afinidad, entalpía, entropía de unión, constantes de asociación)

  • Todas las respuestas son correctas

Erklärung

Frage 9 von 30

1

9. Las proteínas que se usan como diana para fármacos se agrupan en las siguientes familias:

Wähle eine der folgenden:

  • GPCR, canales iónicos, receptores nucleares y quinasas

  • GPCR, canales aniónicos, receptores nucleares y quinasas

  • PCR, canales aniónicos, receptores nucleares y quinasas

  • GPCR, canales iónicos, receptores nucleares e hidrolasas

Erklärung

Frage 10 von 30

1

10. La cantidad de proteínas humanas susceptibles de ser usadas como diana de fármacos se estima en:

Wähle eine der folgenden:

  • 10-15%

  • 5%

  • 50%

  • 20-30%

Erklärung

Frage 11 von 30

1

11. El enlace peptídico consiste en:

Wähle eine der folgenden:

  • Un enlace tipo amida

  • Un enlace tipo amina

  • Un enlace de tipo puente de hidrógeno

  • Un enlace no covalente

Erklärung

Frage 12 von 30

1

12. Las proteínas que colaboran en el plegamiento tridimensional en la síntesis de proteínas se llaman:

Wähle eine der folgenden:

  • Chaperonas

  • Chaperas

  • No existe ninguna proteína que facilite el plegamiento proteico

  • Histonas

Erklärung

Frage 13 von 30

1

13. Las técnicas más empleadas en el análisis estructural de las proteínas son:

Wähle eine der folgenden:

  • Rayos X, NMR (Resonancia Magnética Nuclear) y cryo-EM (criomicroscopía electrónica)

  • Rayos X, NAR (Resonancia Atómica Nuclear) y cryo-EM (criomicroscopía electrónica)

  • Rayos X, NMR (Resonancia Magnética Nuclear) y EM (microscopía electrónica)

  • Rayos X, NAR (Resonancia Atómica Nuclear) y AFM (Microscopía de fuerza atómica)

Erklärung

Frage 14 von 30

1

14. Qué técnica permite llevar a cabo un análisis funcional (o de interactómica):

Wähle eine der folgenden:

  • Microarrays

  • Resonancia de plasmón de superficie (SFR)

  • Microscopía de fuerza atómica (AFM)

  • Todas las respuestas son correctas

Erklärung

Frage 15 von 30

1

15. ¿Cuál es la técnica de separación o fraccionamiento de proteómicas más utilizada en la actualidad?

Wähle eine der folgenden:

  • HPLC + Cromatografía de fase reversa

  • HPLC + Cromatografía de afinidad

  • FPLC+ Cromatografía de afinidad

  • FPLC + Cromatografía de intercambio iónico

Erklärung

Frage 16 von 30

1

16. Cuando se introduce en el espectrómetro de masas la proteína entera, se le denomina:

Wähle eine der folgenden:

  • Aproximación descendente o top-down

  • Aproximación ascendente o bottom-up

  • No tiene nombre específico

  • No es posible introducir las proteínas enteras en el espectrómetro de masas

Erklärung

Frage 17 von 30

1

17. ¿Cuál es el principal uso de la técnica o aproximación top-down?

Wähle eine der folgenden:

  • Identificación y cuantificación de proteoformas

  • Secuenciación de proteínas

  • Expresión diferencial de proteínas

  • Bioinformática estructural

Erklärung

Frage 18 von 30

1

18. ¿Cuál de las siguientes técnicas emplearías para llevar a cabo la cuantificación y expresión diferencial de proteínas?

Wähle eine der folgenden:

  • DIGE

  • microarrays

  • Ambas son correctas

  • Ninguna es correcta

Erklärung

Frage 19 von 30

1

19. ¿Cuál de las siguientes técnicas emplearías para llevar a cabo la cuantificación y expresión diferencial de proteínas?

Wähle eine der folgenden:

  • MALDI

  • DIGE

  • Cromatografía de afinidad

  • SDS-PAGE

Erklärung

Frage 20 von 30

1

20. ¿Quién determina la estructura tridimensional adoptada por la cadena polipeptídica y, por tanto, su función?

Wähle eine der folgenden:

  • Estructura primaria

  • Estructura secundaria

  • Estructura terciaria

  • Estructura cuaternaria

Erklärung

Frage 21 von 30

1

21. El ángulo j (phi) lo conforma el enlace que tiene lugar en la cadena polipeptídica entre los siguientes átomos:

Wähle eine der folgenden:

  • C alfa con el átomo de N de su mismo residuo

  • C alfa con el átomo de C de su mismo residuo

  • C de un residuo con el N del residuo siguiente

  • C alfa con la cadena lateral de su mismo residuo

Erklärung

Frage 22 von 30

1

22. El ángulo y (psi) lo conforma el enlace que tiene lugar en la cadena polipeptídica entre los siguientes átomos:

Wähle eine der folgenden:

  • C alfa con el átomo de N de su mismo residuo

  • C alfa con el átomo de C de su mismo residuo

  • C alfa con la cadena lateral de su mismo residuo

  • C de un residuo con el N del residuo siguiente

Erklärung

Frage 23 von 30

1

23. El dominio es la unidad fundamental de la estructura:

Wähle eine der folgenden:

  • Primaria

  • Secundaria

  • Terciaria

  • Cuaternaria

Erklärung

Frage 24 von 30

1

24. La técnica que más estructuras de proteínas ha resuelto hasta la fecha es:

Wähle eine der folgenden:

  • Cristalografía de Rayos X

  • Resonancia magnética nuclear

  • Criomicroscopía electrónica

  • Ninguna de las anteriores

Erklärung

Frage 25 von 30

1

25. ¿Qué proceso ha llevado un ritmo más lento, en términos de desarrollo e investigación?

Wähle eine der folgenden:

  • La caracterización estructural

  • Obtención de las secuencias proteicas

  • Caracterización bioquímica

  • Todas se han desarrollado a la par

Erklärung

Frage 26 von 30

1

26. ¿Cuál es el formato universal para la representación de proteínas en estructura 3D?

Wähle eine der folgenden:

  • PDB (Protein Data Bank)

  • SCOP (Structural Classification of Proteins)

  • FASTA

  • XML

Erklärung

Frage 27 von 30

1

27. ¿Qué registro del formato PDB describe las coordenadas de cada átomo?

Wähle eine der folgenden:

  • ATOM

  • HEADER

  • SEQRES

  • REMARK

Erklärung

Frage 28 von 30

1

28. ¿Cuál de los siguientes componentes está registrado en el archivo PDB?

Wähle eine der folgenden:

  • RMSD

  • B-factor

  • ODA

  • Ninguno de los anteriores

Erklärung

Frage 29 von 30

1

29. ¿Qué métodos existen para la modelización estructural de proteínas?

Wähle eine der folgenden:

  • Modelización comparativa, Modelización por reconocimiento del plegamiento y Modelización ab initio

  • Modelización comparativa y Modelización ab initio

  • Modelización comparativa, Modelización por reconocimiento del plegamiento, Modelización por homología y Modelización ab initio

  • Modelización empírica, Modelización por reconocimiento del plegamiento y Modelización ab initio

Erklärung

Frage 30 von 30

1

30. ¿Qué método de modelización se basa en inferir la estructura de una proteína a partir de la estructura 3D de una proteína homóloga con una secuencia similar?

Wähle eine der folgenden:

  • Modelización por homología

  • Modelización ab initio

  • Modelización por reconocimiento del plegamiento

  • No se puede modelar una proteína conociendo únicamente su secuencia y un template

Erklärung

Frage 31 von 30

1

31. ¿Qué determina que dos proteínas sean homólogas?

Wähle eine der folgenden:

  • Que su secuencia sea similar a un 90%

  • Que procedan de un ancestro común

  • Que su estructura 3D sea similar

  • Que su plegamiento sea similar

Erklärung

Frage 32 von 30

1

32. Escoja la afirmación verdadera:

Wähle eine der folgenden:

  • A mayor identidad de secuencia, mayor similitud estructural

  • A menor identidad de secuencia, mayor similitud estructural

  • A mayor identidad de secuencia, menor similitud estructural

  • No existe relación entre la identidad de secuencia y la similitud estructural

Erklärung

Frage 33 von 30

1

33. El valor RMSD depende de:

Wähle eine der folgenden:

  • Las regiones utilizadas en el cálculo

  • El tamaño de la proteína

  • Todas las opciones son verdaderas

  • La homología estructural del modelo con la estructura real

Erklärung

Frage 34 von 30

1

34. ¿Qué porcentaje del proteoma humano está depositado en PDB actualmente?

Wähle eine der folgenden:

  • 17%

  • 54%

  • 10%

  • 73%

Erklärung

Frage 35 von 30

1

35. ¿Qué porcentaje del proteoma humano tiene estructura o puede ser modelizado en función de otras proteínas homólogas?

Wähle eine der folgenden:

  • 48%

  • 60%

  • 17%

  • 86%

Erklärung

Frage 36 von 30

1

36. ¿Qué porcentaje del proteoma humano se desconoce en la actualidad?

Wähle eine der folgenden:

  • 26%

  • 48%

  • 17%

  • 81%

Erklärung

Frage 37 von 30

1

37. ¿Cuál de las siguientes propiedades de las proteína se encuentra más conservada?

Wähle eine der folgenden:

  • Las secuencias de nucleótidos

  • Las secuencias de aminoácidos

  • La estructura de las proteínas

  • Ninguna de las anteriores

Erklärung

Frage 38 von 30

1

38. ¿Qué plantea la ley de Boltzmann (en la cual se basan los potenciales estadísticos)?

Wähle eine der folgenden:

  • Los estados más estables aparecerán con mayor probabilidad

  • Los estados menos estables aparecerán con mayor probabilidad

  • Los estados más estables aparecerán con menor probabilidad

  • Los estados más inestables aparecerán con mayor probabilidad

Erklärung

Frage 39 von 30

1

39. ¿Qué plantea la ley de Boltzmann (en la cual se basan los potenciales estadísticos)?

Wähle eine der folgenden:

  • Que los pares de residuos que aparecen más frecuentemente a una distancia más corta tendrán una interacción más favorable

  • Que los pares de residuos que aparecen con menos frecuencia a una distancia más corta tendrán una interacción más favorable

  • Que los pares de residuos que aparecen más frecuentemente a una mayor distancia tendrán una interacción más favorable

  • Que los pares de residuos que aparecen más frecuentemente más distanciados tendrán una interacción más favorable

Erklärung

Frage 40 von 30

1

40. ¿Qué medida de distancia entre residuos resulta particularmente efectiva a la hora de calcular potenciales dependientes de distancia?

Wähle eine der folgenden:

  • Distancia promedio

  • Distancia mínima entre átomos

  • Distancia entre C alfas

  • Distancia entre C betas

Erklärung

Frage 41 von 30

1

41. ¿Qué información nos aporta la ASA (superficie accesible)?

Wähle eine der folgenden:

  • Solvatación (y por tanto entropía)

  • Calidad de la estructura

  • Homología de secuencia

  • Todas las anteriores son verdaderas

Erklärung

Frage 42 von 30

1

42. ¿Cuál de los siguientes métodos de modelización no emplea template?

Wähle eine der folgenden:

  • Modelización por homología

  • Fold recognition (modelización por reconocimiento del plegamiento)

  • Modelización ab initio

  • Ninguna de las tres opciones

Erklärung

Frage 43 von 30

1

43. ¿Cuáles son los métodos más empleados en la modelización ab initio?

Wähle eine der folgenden:

  • Métodos estocásticos y métodos de dinámica molecular

  • Métodos empíricos y métodos de dinámica molecular

  • Métodos estocásticos y métodos de mecánica cuántica

  • Mecánica cuántica y métodos empíricos

Erklärung

Frage 44 von 30

1

44. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones es cierta?

Wähle eine der folgenden:

  • La mayoría de los complejos homoméricos son obligados

  • La mayoría de los complejos homoméricos son no obligados

  • La mayoría de los complejos heteroméricos son obligados

  • Ninguna de las anteriores

Erklärung

Frage 45 von 30

1

45. ¿Cómo se forma el enlace peptídico en una molécula de proteína?

Wähle eine der folgenden:

  • La unión entre un grupo amino y un grupo carboxilo

  • La unión entre dos grupos amino

  • La unión entre dos grupos carboxilo

  • La unión entre un grupo amino y un grupo fosfato

Erklärung

Frage 46 von 30

1

46. ¿Qué término se utiliza para describir el proceso mediante el cual una cadena polipeptídica desordenada adopta una estructura tridimensional estable?

Wähle eine der folgenden:

  • Desnaturalización

  • Síntesis proteica

  • Plegamiento

  • Enlace peptídico

Erklärung

Frage 47 von 30

1

47. ¿Cuáles son las modificaciones postraduccionales más importantes en las proteínas?

Wähle eine der folgenden:

  • Fosforilación y glicosilación

  • Metilación y acetilación

  • Oxidación e hidroxilación

  • Desnaturalización y glicosilación

Erklärung

Frage 48 von 30

1

48. ¿Cuáles son los métodos más utilizados para la separación y fraccionamiento proteico en estudios proteómicos?

Wähle eine der folgenden:

  • Electroforesis y secuenciación de ADN

  • Cromatografía y espectrometría de masas

  • Electroforesis y espectrometría de masas

  • Electroforesis y Cromatografía

Erklärung

Frage 49 von 30

1

49. ¿A qué se refiere la estructura primaria de una proteína?

Wähle eine der folgenden:

  • La disposición tridimensional de la cadena polipeptídica

  • La secuencia específica de aminoácidos en la cadena polipeptídica

  • Las interacciones no covalentes entre distintas regiones de la proteína

  • Las modificaciones químicas de la cadena polipeptídica

Erklärung

Frage 50 von 30

1

50. ¿Cuál es la técnica más utilizada y exitosa para resolver estructuras tridimensionales de proteínas a nivel atómico?

Wähle eine der folgenden:

  • Microscopía electrónica

  • Espectroscopía de resonancia magnética nuclear (RMN)

  • Espectrometría de masas

  • Cristalografía de rayos X

Erklärung

Frage 51 von 30

1

51. A la hora de modelizar complejos en interactómica, ¿Qué porcentaje de identidad de secuencia mínima debe tener cada proteína del complejo respecto al complejo molde?

Wähle eine der folgenden:

  • 20-30%

  • 80-90%

  • 10-15%

  • 50-60%

Erklärung

Frage 52 von 30

1

52. ¿Qué es el docking de proteínas?

Wähle eine der folgenden:

  • Un método de modelización comparativa de complejos proteicos

  • Un método de modelización ab initio de complejos proteicos

  • Un método de modelización comparativa de proteínas

  • Un método del cálculo de la energía de un modelo de proteína

Erklärung

Frage 53 von 30

1

53. Los aspectos más importantes que podemos encontrar en la mayor parte de los métodos de docking son:

Wähle eine der folgenden:

  • La búsqueda de orientaciones en las que la proteína se suele considerar rígida o semirrígida

  • La identificación de las orientaciones correctas mediante diferentes funciones de puntuación

  • La descripción de la flexibilidad conformacional

  • Todas son verdaderas

Erklärung

Frage 54 von 30

1

54. ¿Cuál de los siguientes métodos calcula la energía a partir de las coordenadas de los átomos pesados?

Wähle eine der folgenden:

  • Mecánica cuántica

  • Mecánica molecular

  • Métodos empíricos

  • Monte-Carlo

Erklärung

Frage 55 von 30

1

55. ¿Cuál es el objetivo de los métodos de modelización ab initio basados en principios físicos?

Wähle eine der folgenden:

  • Entender los principios químico-físicos que determinan la estructura 3D de las proteínas

  • Predecir la estructura 3D de las proteínas a partir de su secuencia

  • Estudiar los aspectos termodinámicos y cinéticos del plegamiento de las proteínas

  • Todas las anteriores

Erklärung

Frage 56 von 30

1

56. ¿Cuáles son los estados en los que se encuentran las proteínas individuales en solución desde el punto de vista termodinámico?

Wähle eine der folgenden:

  • Nativo o plegado

  • Desnaturalizado o desplegado

  • Intermedios

  • Todos los anteriores

Erklärung

Frage 57 von 30

1

57. ¿Qué tipo de métodos se utilizan para calcular la energía de las proteínas en los métodos de modelización ab initio?

Wähle eine der folgenden:

  • Mecánica cuántica

  • Mecánica molecular

  • Métodos empíricos

  • Todos los anteriores

Erklärung

Frage 58 von 30

1

58. ¿Cuál es la representación más reciente del proceso de plegamiento de las proteínas?

Wähle eine der folgenden:

  • Una reacción química de dos estados

  • Un embudo en el que los estados desnaturalizados adquieren estructuras parciales de menor energía

  • Una búsqueda de conformaciones al azar hasta encontrar la conformación nativa

  • Ninguna de las anteriores

Erklärung

Frage 59 von 30

1

59. ¿Qué término/s energético/s usan las funciones de puntuación de aplicación general como pyDock?

Wähle eine der folgenden:

  • Energía de van der Waals

  • Energía electrostática

  • Energía de desolvatación

  • Todas las anteriores

Erklärung

Frage 60 von 30

1

60. ¿Cuál es el mayor desafío del modelado de proteínas?

Wähle eine der folgenden:

  • Modelado de estructuras 3D de proteínas

  • Modelado de estructuras de complejos proteicos

  • Secuenciación de la cadena de aminoácidos que compone la proteína

  • Integración de la flexibilidad conformacional en el modelado de complejos proteicos

Erklärung

Frage 61 von 30

1

61. ¿Qué valores de BSA se obtienen en la mayor parte de análisis de superficies de interacción en las estructuras de complejos?

Wähle eine der folgenden:

  • 1200 - 2000 Amstrongs

  • 6000 - 7000 Amstrongs

  • 200 - 400 Amstrongs

  • 10000 - 12000 Amstrongs

Erklärung

Frage 62 von 30

1

62. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones es falsa?

Wähle eine der folgenden:

  • La digestión proteolítica usada en proteómica shotgun proporciona péptidos identificables para una gran variedad de proteínas

  • La proteómica shotgun no tiene las pérdidas de muestra asociadas al gel

  • La proteómica shotgun tiene peor cobertura que otras técnicas tradicionales como el gel 2D

  • La proteómica shotgun permite identificar proteínas en muy bajas cantidades

Erklärung

Frage 63 von 30

1

63. El método de docking PyDock:

Wähle eine der folgenden:

  • Sólo es eficaz si se utiliza FTDock como método de generación de orientaciones

  • Incluye la flexibilidad conformacional durante la búsqueda inicial de orientaciones de docking

  • Utiliza una función de puntuación basada en términos energéticos

  • Usa una función de puntuación basada en complementariedad geométrica

Erklärung

Frage 64 von 30

1

64. La principal idea subyacente sobre el uso de métodos de reconocimiento de plegamiento en modelado estructural de proteínas es la siguiente:

Wähle eine der folgenden:

  • Las interacciones macromoleculares que forman proteínas homólogas están conservadas

  • El número de plegamientos (folds) diferentes que existen es limitado

  • La estructura de proteínas con secuencias muy similares (<90%) está altamente conservada

  • Los alineamientos múltiples de secuencia resultan útiles en familias de proteínas homólogas

Erklärung

Frage 65 von 30

1

65. El docking entre proteínas consiste en:

Wähle eine der folgenden:

  • La predicción de la región de interacción de una de las proteínas

  • La generación de la estructura de un complejo a partir de las estructuras de las proteínas por separado

  • El modelado de un complejo a partir de las secuencias de las proteínas y un template adecuado

  • La predicción de la energía de unión de un complejo

Erklärung

Frage 66 von 30

1

66. El método de refinado de FireDock:

Wähle eine der folgenden:

  • Se basa en complementariedad geométrica, al igual que PatchDock

  • Resulta especialmente adecuado para refinar orientaciones generadas por PatchDock

  • Sólo puede aplicarse a ficheros PDB que representen los modelos de docking

  • No se puede usar con modelos generados por otros métodos que no sean PatchDock

Erklärung

Frage 67 von 30

1

67. El modelado estructural de los bucles (loops) de una proteína:

Wähle eine der folgenden:

  • Requiere una estimación previa de los ángulos de Ramachandran de los residuos que componen dichos bucles

  • Siempre se lleva a cabo mediante métodos ab initio a partir de la secuencia de dichos bucles

  • Se puede basar en búsquedas de fragmentos compatibles en bases de datos estructurales

  • Es la parte más fácil y fiable del modelo comparativo

Erklärung

Frage 68 von 30

1

68. El experimento CAPRI consiste en:

Wähle eine der folgenden:

  • La evaluación de métodos de detección de interacciones entre proteínas

  • La evaluación automática y diaria de resultados de docking

  • La predicción de estructuras individuales de proteínas

  • La generación de modelos de docking para casos cuya estructura sólo es conocida para los organizadores

Erklärung

Frage 69 von 30

1

69. Las dos grandes estrategias de modelado estructural de interacciones son:

Wähle eine der folgenden:

  • Modelado comparativo y modelado mediante reconocimiento del plegamiento

  • Dinámica molecular y Monte-Carlo

  • Modelado por homología y modelado ab initio o docking

  • Modelado en base a secuencia y en base a estructura secundaria

Erklärung

Frage 70 von 30

1

70. El servidor MS-Isotope de ProteinProspector se usa para:

Wähle eine der folgenden:

  • Buscar sitios de digestión proteolítica para interpretar espectros de masas

  • Generar distribuciones isotópicas teóricas para un péptido dado

  • Modelar la expresión diferencial isotópica

  • Generar modelos estructurales para un péptido según su composición isotópica

Erklärung

Frage 71 von 30

1

71. La gran complejidad del proteoma se debe principalmente a:

Wähle eine der folgenden:

  • Las variantes genéticas y polimorfismos poblacionales

  • Los fenómenos de splicing alternativo

  • Los diferentes tipos de codones para cada residuo

  • Las modificaciones postraduccionales

Erklärung

Frage 72 von 30

1

72. El punto isoeléctrico (pI) de una molécula es:

Wähle eine der folgenden:

  • El pH en el que ésta tiene carga neta cero

  • Su pKa

  • La concentración en equilibrio

  • Su volumen

Erklärung

Frage 73 von 30

1

73. ¿Cómo se podría mejorar un modelo estructural de una proteína obtenida mediante modelado comparativo?

Wähle eine der folgenden:

  • Modificaciones manualmente el alineamiento, cambiando el template principal o añadiendo nuevos templates

  • Nunca se debe tratar de mejorar un modelo estructural manualmente siempre hay que confiar en los métodos automáticos

  • Solo se puede mejorar un modelo si se dispone de homólogos con alta similitud de secuencia (>90%)

  • Conviene generar miles de modelos de forma automática y elegir uno al azar

Erklärung

Frage 74 von 30

1

74. ¿Cuáles de los pares de métodos computacionales siguientes proporcionan el mismo tipo de información?

Wähle eine der folgenden:

  • UNIMOD y STAMP

  • Molecular Weight Calculator y ZDOCK

  • MS-Digesty PeptideCutter

  • MS-Isotope y bioDBnet

Erklärung

Frage 75 von 30

1

75. ¿Cuál de estos métodos no permite definir residuos de interacción para re-evaluar “a posteriori” las orientaciones de docking previamente generadas?

Wähle eine der folgenden:

  • PatchDock

  • pyDock

  • HADDOCK

  • FTDock

Erklärung

Frage 76 von 30

1

76. El modelado comparativo se refiere a:

Wähle eine der folgenden:

  • La predicción de la estructura de una proteína para la que no existen otras proteínas homólogas

  • La predicción de la estructura de una proteína mediante métodos físico-quimicos exclusivamente a partir de su secuencia

  • La identificación de la forma de la proteína en base a técnicas experimentales de baja resolución

  • La predicción de la estructura 3D de una proteína en base a las estructuras de otras proteínas homologas

Erklärung

Frage 77 von 30

1

77. ¿Cuál de las siguientes metodologías no es relevante para el modelado ab initio de proteínas?

Wähle eine der folgenden:

  • Dinámica molecular

  • Métodos de Monte-Carlo

  • AMBER

  • ClustalW

Erklärung

Frage 78 von 30

1

78. ¿Cuál de los siguientes métodos computacionales no es especialmente relevante para la detección de interacciones entre proteínas?

Wähle eine der folgenden:

  • Identificación de mutaciones correlacionadas en alineamientos múltiples

  • Dinámica molecular

  • Perfiles de co-expresión de proteínas

  • Búsqueda de interólogos

Erklärung

Frage 79 von 30

1

79. ¿Qué estrategia de modelado de interacciones resulta más eficaz a juzgar por los resultados de CASP y CAPRI?

Wähle eine der folgenden:

  • No usar nunca información externa para re-evaluar las orientaciones obtenidas dado que siempre suele empeorar los resultados del docking automático

  • Incluir flexibilidad conformacional desde la búsqueda inicial de las orientaciones

  • Usar siempre métodos de docking ab initio, aunque haya temporales disponibles

  • Identificar templates adecuados para el complejo y usarlos siempre que sea posible

Erklärung

Frage 80 von 30

1

80. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones no es relevante para el uso de potenciales estadísticos en modelos de proteínas?

Wähle eine der folgenden:

  • La energía de un contacto entre dos residuos puede derivarse de su frecuencia en estructuras conocidas

  • La existencia de templates adecuados depende de la estabilidad energética de las proteínas

  • La distribución de contactos entre pares de residuos en estructuras de proteínas se puede explicar en base a la ley de Boltzmann

  • Según la ley de Boltzmann, la probabilidad de un estado está relacionado con su energía

Erklärung

Frage 81 von 30

1

81. ¿Cuál es el principal problema de una estrategia de modelado de interacciones basada en la generación de ensamblados conformacionales seguida de cálculos de docking ___ conformación?

Wähle eine der folgenden:

  • Que no todas las proteínas son flexibles

  • Que sólo se puede aplicar a proteínas de membrana

  • Ninguna, de hecho, es una de las estrategias más usadas para casos flexibles

  • El coste computacional derivado del alto número de ejecuciones de docking necesarias

Erklärung

Frage 82 von 30

1

82. La bioinformática estructural se refiere a…

Wähle eine der folgenden:

  • Los métodos computacionales usados en el análisis de la expresión proteómica

  • La aplicación de métodos computacionales para el análisis y predicción estructural de las proteínas y sus interacciones

  • El conjunto de metodologías para el estudio de la estructura de los genes

  • La aplicación de la bioinformática al estudio de compuestos de bajo peso molecular

Erklärung

Frage 83 von 30

1

83. ¿Pueden dos células de un mismo organismo tener diferente proteoma?

Wähle eine der folgenden:

  • No, salvo pequeñas mutaciones en algunas proteínas

  • Sí, especialmente si son de diferente tejido o se encuentran en diferentes condiciones

  • Si, pero solo en organismos en situaciones patológicas

  • No, todas las células de un mismo organismo tienen el mismo proteoma

Erklärung

Frage 84 von 30

1

84. El área de la superficie enterrada (BSA) entre dos proteínas al formar un complejo se define como:

Wähle eine der folgenden:

  • La diferencia entre el área de la superficie accesible (ASA) de las proteínas por separado y la del complejo

  • El número de residuos enterrados en el complejo

  • La superficie expuesta en el complejo

  • El número de residuos que componen la superficie de interacción en el complejo

Erklärung

Frage 85 von 30

1

85. ¿Qué porcentaje del proteoma humano tiene estructura 3D disponible o se puede inferir de proteínas similares?

Wähle eine der folgenden:

  • Menos del 1%

  • 10%

  • Entre el 1 y el 10%

  • Cerca del 50%

Erklärung

Frage 86 von 30

1

86. La proteómica estructural se refiere a…

Wähle eine der folgenden:

  • El análisis y determinación de la estructura 3D de todas las proteínas de un organismo

  • El conjunto de metodologías para el análisis de la expresión proteómica

  • La predicción estructural de las proteínas a gran escala

  • La estructura de los genes de un organismo

Erklärung

Frage 87 von 30

1

87. Los únicos ángulos flexibles de la cadena principal polipeptídica son:

Wähle eine der folgenden:

  • Los ángulos diedros

  • Los ángulos phi y psi

  • Los ángulos omega y alfa

  • Los ángulos laterales

Erklärung

Frage 88 von 30

1

88. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones es correcta?

Wähle eine der folgenden:

  • La mayor parte de hetero-complejos son obligatorios

  • La mayor parte de homo-complejos son obligatorios

  • Todos los complejos no obligatorios son transitorios

  • La mayor parte de complejos obligatorios son transitorios

Erklärung

Frage 89 von 30

1

89. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones es correcta?

Wähle eine der folgenden:

  • La mayor parte de hetero-complejos son no obligados

  • La mayor parte de homo-complejos son no obligados

  • Todos los complejos no obligatorios son transitorios

  • La mayor parte de complejos obligatorios son transitorios

Erklärung

Frage 90 von 30

1

90. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones es correcta?

Wähle eine der folgenden:

  • La mayor parte de los complejo simétricos son homoméricos

  • La mayor parte de los complejo simétricos son heteroméricos

  • La mayor parte de complejos obligatorios son transitorios

  • Todos los complejos no obligatorios son transitorios

Erklärung

Frage 91 von 30

1

91. La espectrometría de masas

Wähle eine der folgenden:

  • Separa las proteínas de una muestra según su espectro electromagnético

  • Se basa en la conversión de la muestra a fase gas, ionización y separación de los iones según su masa y carga.

  • Consiste en la liofilización y posterior recontrucción de la mezcla

  • Es una técnica espectroscópica similar a la emisión de florescencia

Erklärung

Frage 92 von 30

1

92. El método de proteómica bottom-up…

Wähle eine der folgenden:

  • Aplica digestión proteolítica a una mezcla proteica antes del análisis por espectrometría de masas

  • No resulta adecuado para identificar, caracterizar o secuenciar proteínas de una muestra

  • Se conoce también como top-down

  • Se aplica normalmente a muestras que contengan una proteína purificada

Erklärung

Frage 93 von 30

1

93. En un hipotético conjunto de estructuras de proteínas, se ha observado que los residuos Glu y Arg aparecen más frecuentemente cuando se encuentran a distancias cortas el uno del otro a que a distancias largas. ¿Cuál de las siguientes interpretaciones es correcta?

Wähle eine der folgenden:

  • La energía libre de Gibbs de Glu-Arg es favorable

  • El potencial de interacción Glu-Arg es más favorable a distancias cortas

  • El potencial de interacción Glu-Arg es independiente de su distancia

  • El potencial de interacción Glu-Arg es más negativa a distancias largas

Erklärung

Frage 94 von 30

1

94. La electroforesis en gel desnaturalizante sirve para separar las proteínas de una muestra en función de...

Wähle eine der folgenden:

  • Su carga

  • Su punto isoeléctrico

  • Su peso molecular

  • Su volumen cuando están plegadas

Erklärung

Frage 95 von 30

1

95. La estructura primaria de las proteínas se refiere a….

Wähle eine der folgenden:

  • La secuencia lineal de aminoácidos

  • La composición en nucleótidos

  • El peso molecular de la cadena peptídica

  • La longitud de la cadena peptídica

Erklärung

Frage 96 von 30

1

96. Las proteínas están formadas por…

Wähle eine der folgenden:

  • ácidos nucleicos

  • aminoácidos

  • nucleótidos

  • genes

Erklärung

Frage 97 von 30

1

97. La cromatografía UPLC…

Wähle eine der folgenden:

  • hace referencia a la elución desde la parte superior por gravedad

  • es más rápida y de mayor resolución que HPLC

  • no es un tipo de cromatografía usada en proteómica

  • permite que el eluyente ascienda por capilaridad

Erklärung

Frage 98 von 30

1

98. La energía libre de unión entre dos proteínas:

Wähle eine der folgenden:

  • No incluye la entropía configuracional durante la formación del complejo

  • Determina la fortaleza de la interacción y está relacionada con la constante de asociación

  • Es equivalente a la constante cinética de asociación

  • No incluye la entalpía de unión

Erklärung

Frage 99 von 30

1

99. ¿Cuál es la estrategia más usada para encontrar el mejor encaje geométrico entre las superficies de dos proteínas?

Wähle eine der folgenden:

  • Predicción energética

  • Aprendizaje automatizado y árboles automatizados

  • Dinámica molecular

  • Discretización de las superficies en matriz 3D y búsqueda de correlación basada en FFT

Erklärung

Frage 100 von 30

1

100. ¿Cuál de estos métodos no permite introducir restricciones basadas en información externa para mejorar los resultados de docking?

Wähle eine der folgenden:

  • pyDock

  • HADDOCK

  • PatchDock

  • FTDock

Erklärung

Frage 101 von 30

1

101. Las principales ventajas del método de docking de PyDock son:

Wähle eine der folgenden:

  • La descripción energética y la fiabilidad

  • La aplicabilidad a todo tipo de biomoléculas y versatilidad en las funciones de puntuación

  • Su rapidez y la posibilidad de centrar la búsqueda en regiones específicas

  • La inclusión de moléculas de agua y la flexibilidad conformacional

Erklärung

Frage 102 von 30

1

102. Las modificaciones postraduccionales son...

Wähle eine der folgenden:

  • modificaciones químicas que tienen lugar algunos residuos tras formarse la cadena polipeptídica

  • mutaciones de algunos residuos después de la traducción de la cadena polipeptídica

  • cambios conformacionales en las proteínas

  • cambios producidos por el splicing alternativo

Erklärung

Frage 103 von 30

1

103. ¿Cómo se puede evaluar la calidad del modelo estructural de una proteína obtenido en un caso de pruebas, es decir, para el que se dispone de su estructura 3D?

Wähle eine der folgenden:

  • No se puede evaluar la calidad del modelo de forma objetiva, aunque se disponga de la estructura de referencia cualquier valoración será necesariamente subjetiva.

  • Superponer cada elemento de estructura secundaria de forma independiente y calcular el valor promedio a partir de las comparaciones individuales.

  • Visualizar las estructuras de forma individual, nunca se debe tratar de superponer un modelo y una estructura experimental.

  • Comparando la RMSD entre el modelo y la estructura de referencia.

Erklärung

Frage 104 von 30

1

104. Las herramientas principales para la determinación de la estructura 3D de las proteínas son:

Wähle eine der folgenden:

  • Cristalización de rayos-X, resonancia magnética nuclear y microscopía electrónica

  • Resonancia paramagnética electrónica, cromatografía liguida y MS

  • Electroforesis y espectrometría de masas

  • Microscopía óptica y electrónica

Erklärung

Frage 105 von 30

1

105. La base de datos UniProtKB…

Wähle eine der folgenden:

  • Está basada en predicciones computacionales sobre estructura y función de proteínas

  • Es una recopilación de proteínas humanas, incluyendo variantes de splicing y mutantes.

  • Contiene información y anotaciones funcionales sólo para proteínas con estructura disponible

  • Contiene anotaciones de secuencia, estructura y función para todas las proteínas conocidas.

Erklärung

Frage 106 von 30

1

106. ¿Cuál de estas afirmaciones no resulta especialmente útil para la identificación de estructuras molde o templates?

Wähle eine der folgenden:

  • Las proteínas multi-domino requieren templates que contengan el mayor número posible de dominios

  • Es conveniente realizar búsquedas individuales para cada elemento de estructura secundaria

  • Los alineamientos múltiples de secuencia con varios posibles templates ayudan a minimizar los errores de alineamiento.

  • El template debería ser el homólogo más cercano.

Erklärung

Frage 107 von 30

1

107. Los picos obtenidos en un espectro de masas….

Wähle eine der folgenden:

  • Corresponden solo a los valores masa/carga de las proteínas enteras de la muestra

  • Corresponden a los valores masa/carga de los fragmentos moleculares ionizados

  • Corresponden a los dominios de plegamiento en los que una proteína se divide

  • Corresponden fundamentalmente a las moléculas químicas añadidas en las modificaciones postraduccionales.

Erklärung

Frage 108 von 30

1

108. ¿Qué porcentaje de proteínas humanas tienen estructura disponible o pueden modelarse con AlphaFold2?

Wähle eine der folgenden:

  • Menos del 20% de las proteínas, excluyendo las intrínsecamente desordenadas

  • La práctica totalidad de las proteínas, excluyendo las intrínsecamente desordenadas

  • Muy pequeño, la mayor parte de proteínas son estructuralmente desordenadas

  • AlphaFold2 solo puede modelar proteínas con templates adecuados, es decir, en torno al 50%.

Erklärung

Frage 109 von 30

1

109. ¿En qué metodología se basan los excelentes resultados predicitivos de AlphaFold y AlphaFold2?

Wähle eine der folgenden:

  • Mecánica cuántica combinada con mecánica molecular

  • Modelado comparativo refinado con métodos físico-químicos

  • Identificación con templates mediante big data

  • Aprendizaje profundo (deep learning) a partir de alineamientos múltiples de secuencia.

Erklärung

Frage 110 von 30

1

110. La proteómica de expresión diferencial…

Wähle eine der folgenden:

  • Solo necesita electroforesis bidimensional para identificar qué proteínas se expresan de forma diferente

  • Se usa para la identificación de variantes genéticas diferentes entre dos individuos

  • Estudia la expresión proteica solo con muestras marcadas químicamente

  • Estudia qué proteínas se expresan de forma diferente en condiciones distintas

Erklärung

Frage 111 von 30

1

111. Los residuos hot-spot son aquellos que…

Wähle eine der folgenden:

  • Aparecen en el centro de la superficie de interacción, independientemente de su energía

  • Más contribuyen a la energía del complejo, y cuando se mutan a alanina empeoran la energía libre de unión en >1kcal/mol

  • Establecen los primeros contactos durante la formación del complejo

  • Cuando se mutan a alanina mejoran significativamente la energía libre de unión

Erklärung

Frage 112 von 30

1

112. ¿Cuál de estos métodos de predicción de residuos hot-spot no necesita la estructura del complejo?

Wähle eine der folgenden:

  • MAPPIS

  • ROSETTA

  • NIP

  • FOLDEF

Erklärung

Frage 113 von 30

1

113. Las principales ventajas del método de docking PatchDock son:

Wähle eine der folgenden:

  • La inclusión de moléculas de agua y la flexibilidad conformacional

  • La aplicabilidad a todo el tipo de biomolecular y la versatilidad en las funciones de puntuación

  • La descripción energética y la fiabilidad

  • Su rapidez de centrar la búsqueda en zonas específicas

Erklärung

Frage 114 von 30

1

114. ¿Qué estrategia de docking es la que mejor representa el modelo de ajuste inducido?

Wähle eine der folgenden:

  • Si son cambios pequeños docking seguido de refinado, pero cambios grandes, docking flexible

  • Dinámica molecular para la búsqueda inicial de orientaciones

  • El docking de cuerpo rígido, siempre que se use una función de puntuación energética

  • La generación de ensamblados conformacionales para las proteínas que interaccionan

Erklärung

Frage 115 von 30

1

115. ¿Cuál es la mayor dificultad que limita los resultados predictivos del docking?

Wähle eine der folgenden:

  • La flexibilidad conformacional al interactuar las proteínas

  • El tamaño de las proteínas que interaccionan

  • La baja resolución en la descripción de las coordenadas

  • La falta de métodos de búsqueda de cuerpo rígido

Erklärung

Frage 116 von 30

1

116. ¿Cuántas proteínas no redundantes se estima que contiene el proteoma humano

Wähle eine der folgenden:

  • varios millones

  • 1.000.000

  • 1000

  • 20.000

Erklärung

Frage 117 von 30

1

117. El estudio del proteoma requiere de técnicas especializadas

Wähle eine der folgenden:

  • Sí, son técnicas que derivan del análisis del genoma

  • No, cualquier técnica de estudio de proteínas puede aplicar directamente a proteómica

  • Sí, muchas son técnicas tradicionales usadas en el estudio de proteínas que se han adaptado para su aplicación a gran escala

  • No, ya que solo es necesario disponer de un ordenador personal con acceso a internet

Erklärung

Frage 118 von 30

1

118. ¿Qué porcentaje de las interacciones estimadas en el interactoma humano tienen estructura 3D conocida o se pueden modelar por homología?

Wähle eine der folgenden:

  • Menos del 10%

  • La mayoría de las interacciones

  • Aproximadamente la mitad de las interacciones

  • Prácticamente todas las interacciones

Erklärung

Frage 119 von 30

1

119. Al comparar dos proteínas homólogas. ¿Cuáles son las regiones con la estructura más conservada?

Wähle eine der folgenden:

  • Las cadenas laterales de los residuos más expuestos al solvente

  • Los bucles (loops)

  • Los elementos de estructura secundaria

  • En general, será difícil encontrar regiones estructuralmente conservadas

Erklärung

Frage 120 von 30

1

120. Dos proteínas son homólogas si...

Wähle eine der folgenden:

  • Son productos de genes que han evolucionado del mismo ancestro

  • Tienen los residuos más importantes conservados

  • Tienen la misma topología

  • Necesariamente tienen la misma función

Erklärung

Frage 121 von 30

1

121. Existen varios motivos por los que las diferentes bases de datos de interacciones entre proteínas presentan a menudo resultados inconsistentes. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones no representa ninguno de dichos motivos?

Wähle eine der folgenden:

  • A. En general solo se conoce una parte de todas las posibles interacciones entre proteínas

  • B. Cada base de datos se enfoca a diferentes aspectos de dichas interacciones (organismos, técnicas experimentales, sistemas, etc.)

  • C. Algunos de los datos son erróneos debido al error experimental de las técnicas de detección de interacciones entre proteínas a gran escala

  • D. Las interacciones entre proteínas de membrana resultan más difíciles de detectar

Erklärung

Frage 122 von 30

1

122. ¿Cuál de las siguientes no es especialmente relevante para la caracterización biofísica de interacciones entre proteínas?

Wähle eine der folgenden:

  • Resonancia de plasmón de superficie o BIACORE

  • Resonancia Magnética Nuclear (RMN)

  • Calorimetría de titulación isotérmica (ITC)

  • Doble híbrido de levadura

Erklärung

Frage 123 von 30

1

123. ¿Cómo se podría mejorar un modelo estructural de una proteína obtenido mediante modelado comparativo?

Wähle eine der folgenden:

  • Modificando manualmente el alineamiento, cambiando el template principal o incluyendo nuevos templates

  • Solo se puede mejorar un modelo si se dispone de homólogos con alta similitud de secuencia (> 90%)

  • Nunca se debe tratar de mejorar un modelo estructural manualmente hay que confiar en los métodos automáticos

  • Conviene generar miles de modelos de forma automática y elegir uno al azar

Erklärung

Frage 124 von 30

1

124. ¿Cuál de las siguientes aplicaciones computacionales no resulta especialmente útil para interpretar espectros de masas?

Wähle eine der folgenden:

  • Servidor web SWISS-MODEL

  • Servidor web MASCOT

  • PeptideCutter

  • ProteinProspector

Erklärung

Frage 125 von 30

1

125. Cuando se evalúan los resultados de docking en un caso de pruebas, el valor de RMSD de ligando (ligand RMSD) de cada modelo de docking con respecto a la referencia siguiente forma:

Wähle eine der folgenden:

  • Superponiendo los receptores del modelo y referencia y calculando la RMSD entre los ligandos de modelo y referencia

  • Superponiendo las dos proteínas del modelo de docking en las proteinas correspondientes de la referencia, y calculando la RMSD de las dos proteínas entre modelo

  • Superponiendo las dos proteínas del modelo de docking en las proteínas correspondientes de la referencia, y calculando la RMSD entre los ligandos de modelo y referencia

  • Superponiendo las zonas de interacción de modelo y referencia, y calculando la RMSD entre los ligandos de modelo y referencia

Erklärung

Frage 126 von 30

1

126. ¿Qué tienen en común la mayor parte de métodos de refinado de modelos de docking?

Wähle eine der folgenden:

  • La inclusión de moléculas de agua durante los cálculos

  • El uso de restricciones de distancia para limitar la búsqueda

  • La flexibilidad conformacional de las cadenas laterales de los residuos de interacción

  • Todos usan el mismo campo de fuerzas

Erklärung

Frage 127 von 30

1

127. Ejemplos de métodos de docking basados en FFT:

Wähle eine der folgenden:

  • FTDock y ZDOCK

  • ICM-DISCO y RosettaDock

  • HADDOCK y ATTRACT

  • PatchDock y FireDock

Erklärung

Frage 128 von 30

1

128. El método de docking flexible FlexDock..

Wähle eine der folgenden:

  • no se recomienda para proteínas multi-dominio

  • no resulta adecuado para ningún tipo de proteína flexible

  • es adecuado para proteínas de alta flexibilidad entre dominios

  • se usa para refinar modelos de docking de cuerpo rígido

Erklärung

Frage 129 von 30

1

129. En relación a las estrategias de muestreo, la mayoría de métodos de docking entre proteínas se pueden agrupar en:

Wähle eine der folgenden:

  • Métodos de dinámica molecular y el resto

  • Muestreo de interacciones entre proteínas e interacciones con otras macromoléculas

  • Basados en secuencia y en estructura

  • Métodos de búsqueda exhaustiva (basados en geometría) y de búsqueda estocástica (basados en energía)

Erklärung

Frage 130 von 30

1

130. ¿Cuál de las siguientes opciones no es un componente de la cromatografía líquida?

Wähle eine der folgenden:

  • Bomba peristáltica

  • Columna, donde se encuentra la fase estacionaria

  • Eluyente o fase móvil

  • Placa de capa fina, donde el eluyente asciende por capilaridad

Erklärung

Frage 131 von 30

1

131. La cromatografía UPLC…

Wähle eine der folgenden:

  • hace referencia a la elución desde la parte superior por gravedad

  • es más rápida y de mayor resolución que HPLC

  • no es un tipo de cromatografía usada en proteómica

  • permite que el eluyente ascienda por capilaridad

Erklärung

Frage 132 von 30

1

132. El método de predicción de regiones de interacción ODA se basa en:

Wähle eine der folgenden:

  • La energía de desolvatación obtenida cuando se posiciona una proteína específica en cada residuo de la superficie

  • La suma de las energías de desolvatación de los residuos incluidos en zonas de tamaño variable definidas alrededor de cada residuo de la superficie

  • La suma de todos los términos energéticos obtenidos cuando se posiciona una proteína específica en cada residuo de la superficie

  • El cálculo de potenciales estadísticos en base a la tendencia de cada residuo a interaccionar con otras proteínas

Erklärung

Frage 133 von 30

1

133. Las proteínas están formadas por

Wähle eine der folgenden:

  • ácidos nucleicos

  • aminoácidos

  • nucleótidos

  • genes

Erklärung

Frage 134 von 30

1

134. La proteómica es la ciencia que estudia…

Wähle eine der folgenden:

  • las mutaciones que tienen lugar durante la transcripción

  • los modelos macromoleculares

  • el conjunto de proteínas expresadas en un organismo

  • las interacciones entre proteínas

Erklärung

Frage 135 von 30

1

135. ¿Cuáles son los métodos más usados en la caracterización de la expresión proteómica?

Wähle eine der folgenden:

  • - Espectroscopia de fluorescencia y titulación por calorimetria

  • - Electroforesis en gel, cromatografía líquida y espectrometría de masa

  • - Secuenciación de Sanger y resonancia magnética nuclear

  • - Modelado molecular y docking

Erklärung

Frage 136 von 30

1

136. Los espectros de masas de alta resolución…

Wähle eine der folgenden:

  • - permiten la separación de picos según la composición isotópica de los elementos que componen la muestra

  • - no resultan adecuados para secuenciar péptidos

  • - solo permiten calcular la masa de cada fragmento en función de la masa atómica promedio de cada elemento que compone la muestra

  • - no se suelen usar en proteómica por su alto coste y bajo rendimiento

Erklärung

Frage 137 von 30

1

137. Normalmente, cuando se evalúan los resultados de docking en un caso de pruebas, definimos un modelo de docking aceptable o cercano a la estructura nativa (near-native) de la siguiente forma:

Wähle eine der folgenden:

  • - Cuando tiene un valor de RMSD de ligando con respecto a la estructura de referencia ‹ 5 Amstrongs

  • - Cuando tiene la mitad de residuos de interacción correctamente predichos

  • - Cuando tiene un valor de RMSD de ligando con respecto a la estructura de referencia < 10 Amstrongs

  • - Cuando tiene un valor de RMSD de ligando con respecto a la estructura de referencia < 20 Amstrongs

Erklärung

Frage 138 von 30

1

138. Las mutaciones patológicas

Wähle eine der folgenden:

  • - nunca afectan a la interacción con otras proteínas

  • - siempre afectan a la interacción con otras proteínas

  • - frecuentemente afectan a la interacción con otras proteínas

  • - rara vez afectan a la interacción con otras proteínas

Erklärung

Frage 139 von 30

1

139. Algunos de los tipos de cromatografia liquida usados en proteómica son

Wähle eine der folgenden:

  • - Cromatografia de fase liquido-vapor y de liofilización

  • - cromatografía de altas velocidades y de rayos X

  • - cromatografía de afinidad y de intercambio iónico

  • - cromatografía de capa fina y de absorción por capilaridad

Erklärung

Frage 140 von 30

1

140. ¿Cuál de los siguientes errores no son especialmente relevantes en el modelado comparativo de proteínas?

Wähle eine der folgenden:

  • - Limitaciones de los campos de fuerzas para describir la solvatación

  • - Errores de alineamiento

  • - Errores de empaquetamiento de cadenas laterales

  • - Regiones sin template o con templates no adecuado

Erklärung

Frage 141 von 30

1

141. La estructura primaria de las proteínas se refiere a …

Wähle eine der folgenden:

  • - la longitud de la cadena peptídica

  • - el peso molecular de la cadena peptídica

  • - la composición en nucleótidos

  • - la secuencia lineal de aminoácidos

Erklärung

Frage 142 von 30

1

142. ¿Cuál de estas afirmaciones no es cierta?

Wähle eine der folgenden:

  • La glicina es muy frecuente en hélices alta

  • Los aminoácidos tienen diferentes tendencias a aparecer en diferentes tipos de estructura secundaria

  • La prolina y la glicina son los aminoácidos con menor tendencia a aparecer en hélices alfa

  • La glicina es muy frecuente en giros beta

Erklärung

Frage 143 von 30

1

143. ¿Cuáles de los pares de métodos computacionales siguientes proporcionan el mismo tipo de información?

Wähle eine der folgenden:

  • - MS-Isotope y bioDBnet

  • - Molecular Weight Calculator y ZDOCK

  • - MS-Digest y PeptideCutter

  • - UNIMOD y STAMP

Erklärung

Frage 144 von 30

1

144. El método de predicción de regiones de interacción NIP se basa en:

Wähle eine der folgenden:

  • - La contribución a la energía de desolvatación de cada residuo en los 100 primeros modelos de docking

  • - El cálculo de potenciales estadísticos en los 100 primeros modelos de docking

  • - La frecuencia normalizada de cada residuo en las zonas de interacción de los 100 primeras modelos de docking

  • - Cálculos de dinámica molecular para los 100 primeros modelos de docking

Erklärung

Frage 145 von 30

1

145. ¿Cuál de las siguientes estrategias no es relevante para la identificación de homólogos remotos para una proteína dada?

Wähle eine der folgenden:

  • - Uso de alineamientos de secuencia con matrices de sustitución específicas de posición

  • - Existencia de interacciones con proteínas comunes

  • - Existencia de punto isoeléctrico similar

  • - Uso de asociaciones funcionales

Erklärung

Frage 146 von 30

1

146. ¿Cuál de los siguientes programas se basa en el uso de potenciales estadísticos?

Wähle eine der folgenden:

  • - AMBER

  • - PROSA

  • - CHARMM

  • - FTDOCK

Erklärung

Frage 147 von 30

1

147. Algunos de los tipos de cromatografía líquida usados en proteómica son….

Wähle eine der folgenden:

  • ● Cromatografía de fase líquido-vapor y liofilización

  • ● Cromatografía de altas velocidades y de Rayos X

  • ● Cromatografía de afinidad y de intercambio iónico

  • ● Cromatografía de capa fina y de absorción por capilaridad

Erklärung

Frage 148 von 30

1

148. Los principales modelos postulados para el mecanismo de unión de las proteínas son:

Wähle eine der folgenden:

  • ● Llave y cerradura, ajuste inducido y selección conformacional.

  • ● Rígido, flexible y semi-flexible.

  • ● Modelo de Levinthal y de embudo.

  • ● Modelo Browniano y de Monte-Carlo.

Erklärung

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