En la Asamblea Nacional de octubre de 1906 se emitió la doceava Constitución llamada la Carta Liberal, cuyo interés fue el de separar a la iglesia del estado, en la misma Asamblea se elige a Alfaro para su segundo periodo presidencial. En su segunda presidencia Alfaro completó la construcción ferroviaria que llegó hasta Quito y en 1908 modificó la ley de Beneficencia, creándose las juntas de beneficencia.
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