José Agustín Arango, político istmeño, empezó a trabajar en secreto en la preparación del movimiento separatista. Una junta revolucionaria clandestina se formó en torno suyo para planificar una revolución destinada a consolidar la separación del Istmo de la soberanía colombiana, para negociar directamente con Estados Unidos la construcción del canal
En este momento se estara mostrando las consecuencias y características que tuvo la separación de Panamá con Colombia.
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Ls separación oficial de Panamá con Colombia fue el 3 de noviembre de 1903, se dice que oficial porque anteriormente ya se había empezado silenciosamente.
Este suceso se dio luego de la Guerra de los Mil Días y desencadenó la proclamación de La República de Panamá.
Para la historiografía panameña, la proclamación de la República de Panamá fue el resultado de un proceso nacionalista y autonomista que se vino construyendo desde finales del siglo XVIII, y que concluyó con la separación de Panamá de Colombia. En cambio para la historiografía colombiana, la secesión de Panamá, constituye un atentado contra la integridad político-territorial de Colombia, que fue ideado por los Estados Unidos en asociación con la oligarquía istmeña de la época.