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Description
Mind Map by alexandra Paredes, updated more than 1 year ago
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Created by alexandra Paredes
almost 7 years ago
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PSIQUIATRIA BIOLÓGICA
- Accesibilidad a la Cromatina
- ENCODE
- Productor clave en la
hipersensibilidad DNasa I y
los datos de modificación de
histonas
- Su objetivo era mapear los elementos funcionales del genoma
- categorizado líneas
celulares en tres
niveles; del 1 al 3
- Las líneas celulares inmortales pueden no reflejar la biologia actual
en células y tejidos normales, que es una limitación.
- Productor clave en la
hipersensibilidad DNasa I y
los datos de modificación de
histonas
- RoadMap
- ha mapeado el epigenoma en los tejidos primarios,
- metilación
del ADN, la
accesibilidad del ADN
y la expresión del ARN
- Se encuentran modificaciones de
histonas y datos de secuenciación
de ARN disponibles
- Evalua los elementos funcionales en
las células madres y en los tejidos
primarios ex vivos.
- metilación
del ADN, la
accesibilidad del ADN
y la expresión del ARN
- ha mapeado el epigenoma en los tejidos primarios,
- FANTOM5
- Ha identificado factores de transcripción y
potenciadores de numerosos tejidos
humanos
- Utiliza Tecnología Cap Analysis of Gene Expression (CAGE).
- Varias Muestras Cerebrales
- Ha identificado factores de transcripción y
potenciadores de numerosos tejidos
humanos
- PsychENCODE
- Analiza los
elementos
reguladores
- Tanto en control
post-mortem y en
los psiquiátricos
- Primera versión
- mutaciones de histonas
- secuenciación de ARN de
neuronas que derivan de
células iPS
- mutaciones de histonas
- Analiza los
elementos
reguladores
- Expresión génica eQTLs
- eQTL--> variantes que moifican
la expresion génica de un gen
- bases de datos: consorcio
eQTL GTEx y UKBEC
- Derivados de microarrays
- datos recentes: proyecto GTE, y
secuenciacion de ARN de tejido cerebral
- datos recentes: proyecto GTE, y
secuenciacion de ARN de tejido cerebral
- Derivados de microarrays
- bases de datos: consorcio
eQTL GTEx y UKBEC
- eQTL--> variantes que moifican
la expresion génica de un gen
- Brain span . Lapso del cerebro
- atras del cerebro humano , antes del nacimiento y
despues del nacimiento
- atras del cerebro humano , antes del nacimiento y
despues del nacimiento
- divulgaciones
financieras
- No hay intereses financieros
biomédicos ni posibles conflictos de
intereses
- No hay intereses financieros
biomédicos ni posibles conflictos de
intereses
- ENCODE
- Al futuro
- el acceso al tejido
relevante para la
comprension de la
etiologia de la enfermedad
- la evaluacion de marcas epigeneticas puede
requerirse en una muestra de celulas individuales
para el tejido cerebral
- las marcas epigeneticas se pueden perder en
las celulas con numeros bajos en el tejido
- las marcas
epigeneticas se
alteran a lo largo
de la vida.
- Diferencias
ambientales modifican
marcas epigeneticas
- unión a factores de
transcripció y los
patrones de metilacion de ADN
cambian
- unión a factores de
transcripció y los
patrones de metilacion de ADN
cambian
- Diferencias
ambientales modifican
marcas epigeneticas
- las marcas epigeneticas se pueden perder en
las celulas con numeros bajos en el tejido
- la evaluacion de marcas epigeneticas puede
requerirse en una muestra de celulas individuales
para el tejido cerebral
- Identificar procesos
biologicos patógenos en
trastornos psiquiatricos
- el acceso al tejido
relevante para la
comprension de la
etiologia de la enfermedad
- Estudio molecular de las
condiciones psiquiatricas
- Proyecto ENCODE
- productores datos genomicos
funcionales eigeneticos
- cerebro
- 2 lineas de celulas cancerosas
- base de datos genómicos
- base de datos genómicos
- categorias
- modificadores de accesibilidad de la cromatina
- alelos sesgados datos de metilación
- modificadores de expresión génica
- modificadores de accesibilidad de la cromatina
- 2 lineas de celulas cancerosas
- cerebro
- productores datos genomicos
funcionales eigeneticos
- Estudio de asociacion genomica
- GWAS
- identifica factores geneticos de
enfermedad
- Variante logica
- Alelo de riesgo presente
- codifica aminoacido diferente
- altera proteina
- altera proteina
- codifica aminoacido diferente
- variante NO codificada
- asociadas con fenotipo
- asociadas con fenotipo
- Alelo de riesgo presente
- Variante logica
- Trastornos psiquiatricos
- Numeor variantes de
codificacion asociadas
- Numeor variantes de
codificacion asociadas
- mas grande
- Esquizofrenia
- 10de 108 loci asociados
- Variante no nonsímica
- Variante no nonsímica
- 10de 108 loci asociados
- Esquizofrenia
- identifica factores geneticos de
enfermedad
- GWAS
- Método nuevo: regresión de
puntaje LD estratificada
- sistema de heredabilidad en esquizofreni, trastorno bipolar y IMC
- visión condiciones psiquiátricas o neurológicas
- sistema de heredabilidad en esquizofreni, trastorno bipolar y IMC
- Proyecto ENCODE
- Expresiones de gratitud
- SAG fue financiado por la beca internacional
Weston Brain instituto en neurociencias
- SAG fue financiado por la beca internacional
Weston Brain instituto en neurociencias
- Anotaciones funcionales
- region genoma
- regulacion funcion del gen
- expresion genica
- Alteracion en regulacion
- cromatina circundante
- cromatina circundante
- expresion genica
- regulacion funcion del gen
- Modificaciones epigeneticas
- modificaciones en ADN, no
altera secuencia base ADN
- Histonas
- Proteinas ADN
envuelve para
mantener
conformacion
- transcripcion
- transcripcion
- Modificaciones
- detectados por inmunoprecipitación de la
cromatina
- (ChIP-seq)
- formaldehído para
reticular proteínas al ADN
- sonicación corta
cromatina
(100-300bp)
- proteína unida ADN se
aísla con anticuerpo
- Fragmentos ADN
- Secuenciarse
- Secuenciarse
- Fragmentos ADN
- proteína unida ADN se
aísla con anticuerpo
- sonicación corta
cromatina
(100-300bp)
- Modificaciones
- H3K4Me1
- asociado: potenciadores y regiones ADN aguas abajo
inicios de transcripción, cerca elementos reguladores
- asociado: potenciadores y regiones ADN aguas abajo
inicios de transcripción, cerca elementos reguladores
- H4K4Me3
- asociado: promotores activos o para ser
activos, cerca de promotores
- asociado: promotores activos o para ser
activos, cerca de promotores
- H3K27Ac
- mejora transcripción bloqueando marca de histona
represiva, cerca elementos reguladores activos
- mejora transcripción bloqueando marca de histona
represiva, cerca elementos reguladores activos
- H3K4Me1
- formaldehído para
reticular proteínas al ADN
- (ChIP-seq)
- detectados por inmunoprecipitación de la
cromatina
- sitios hipersensibles DNase I
- regiones cromatina abierta para factores de
transcripción y proteínas reguladoras
- detectables por DNase-seq
- detectables por DNase-seq
- Ejemplo
- modificación epigenética
- metilación del ADN
- ASM
- eQTL
- involucrado en cis
- loci de ADN que regula niveles de expresión de ARNm
- loci de ADN que regula niveles de expresión de ARNm
- anotaciones ayudan a regular los genes
- variantes detectadas
- microarrays
- NO depende secuencias en una matriz
- NO depende secuencias en una matriz
- RNAsequencing
- microarrays
- variantes detectadas
- involucrado en cis
- eQTL
- ASM
- variantes asociadas enfermedad dependen: tipo célula
/ tejido considerado
- Trynka et al
- Trynka et al
- metilación del ADN
- modificación epigenética
- regiones cromatina abierta para factores de
transcripción y proteínas reguladoras
- Proteinas ADN
envuelve para
mantener
conformacion
- modificaciones en ADN, no
altera secuencia base ADN
- region genoma
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