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Description
Mind Map by Eugenia López González, updated more than 1 year ago
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Created by Eugenia López González
about 9 years ago
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GCH y aplicaciones en cáncer
- Alteración en número de copias de ADN:
manera en que la expresión génica y la
función pueden ser modificadas.
- Variaciones entre individuos normales,
curso de procesos normales en algunas
especies y otros participan en la causa de
diversos estados de enfermedad.
- Identificación de genes
cruciales y vías implicadas en
los procesos biológicos y
enfermedades.
- Array GCH:valor para el análisis
de ADN variaciones del número
de copias.
- Estado del arte de la gama
de GCH y aplicaciones en el
cáncer.
- GCH
- Primer enfoque eficiente para escanear todo el genoma de las
variaciones en el número de copias de ADN
- Medición típica CGH: gDNA total se aísla de las pruebas y de la
célula de referencia poblaciones, diferencialmente etiquetados e
hibrida a los cromosomas en metafase o los microarrays de ADN.
- Intensidad de hibridación relativa de las señales de ensayo y de
referencia en un lugar determinado= proporcional al número de copias
relativo de esas secuencias en los genomas de ensayo y de referencia.
- ADNc: matrices hechas de ácidos nucleicos menos complejos,
seleccionan los productos de PCR y oligonucleótidos
- Procedimientos de CGH :utilizan la hibridación con el ADN genómico total.
- Análisis computacional de la secuencia del genoma:
para diseñar elementos de la matriz complementarias
a las secuencias contenidas en la representación .
- Factores de rendimiento: cambios del número de copias,
extensiones genómicas, el estado y la composición de la
muestra, la cantidad de material disponible para el
análisis y cómo se utilizará los resultados del análisis.
- CGH array: análisis de las
anomalías constitucionales.
- Primer enfoque eficiente para escanear todo el genoma de las
variaciones en el número de copias de ADN
- ADN estudio - verde
ADN control- rojo
Matrices BAC: se usa
como ADN control
- APLICACIONES ONCOLÓGICAS: array GCH
- Heterogeneidad e Inestabilidad
genómica: no detectable por CGH
- Se pueden producir muchos tipos de inestabilidad, lo que resulta
en mutaciones puntuales, reordenamientos cromosómicos,
anormalidades de dosis de ADN, alteración de las secuencias
microsatélites y los cambios epigenéticos como la metilación.
- Estudios de seguimiento que utilizan: análisis de
expresión, inmunohistoquímica, FISH, secuenciación
del ADN, microarrays de tejidos y los estudios
funcionales en cultivo de tejidos y modelos animales.
- Genomas tumorales= amplia variedad de fenotipos número de
copias =diferentes tipos de inestabilidad genética.
- Amplia gama de fenotipos
genómica: información sobre
las ubicaciones de los genes
del cáncer importantes.
- Conocimiento de aberraciones en número de copias: uso clínico
inmediato en el diagnóstico y pueden proporcionar información
pronóstica útil.
- Leucemia linfocítica crónica se han
producido para su uso con los
ensayos clínicos para facilitar las
determinaciones de la relación entre
las opciones terapéuticas y
aberraciones genómicas.
- Cáncer de próstata, cáncer de mama, linfoma: Asociación de ADN
aberraciones número de copias con el pronóstico.
- Tumores de colon
- Genes supresores de tumores:
eliminación de todas las copias
de un gen, la eliminación de una
copia y la mutación o alteración
epigenética de los otros .
- Deleciones homocigóticas focales en las regiones de deleción
heterocigota frecuente o pérdida de heterocigosidad
- Heterogeneidad e Inestabilidad
genómica: no detectable por CGH
- ANÁLISIS DE DATOS
- Enfoques primarios procesados-
para obtener perfiles de proporción
- Principales aberraciones en
genoma: frecuencia evidente por
medio de inspección
- Criterio para mejorar
interpretación: aplicar
umbrales que pueden elegir
por el examen de la
distribución de todas las
proporciones medidas. NO
EN TUMORES
- Criterio para mejorar
interpretación: aplicar
umbrales que pueden elegir
por el examen de la
distribución de todas las
proporciones medidas. NO
EN TUMORES
- Variaciones en el genoma: solo una
pequeña proporción del genoma
esta dentro del radio normal
- Enfoques estadísticos limitados a examen de perfiles
de relación: no pueden evaluar fiabilidad de relación
de aberración que afecta un único elemento de matriz
- Enfoques primarios procesados-
para obtener perfiles de proporción
- PREPARACION DE LAS MUESTRAS
- Calidad de preparaciones
de ADN: datos resistentes
- Cantidad de muestras de ADN: con frecuencia
una restricción en medición de CGH
- Contaminantes : a veces copurifican con el ADN
y producen anormalidades en las proporciones
- Calidad de preparaciones
de ADN: datos resistentes
- Consideraciones técnicas en CGH array Hibridación señales.
- Señales de Hibridación
- Producción de variables: en diferentes matrices
- Señales: intensas, específicas, cuantitativas
- Estrategia alternativa para evitar errores: hibridacion de un solo genoma en
una matriz y comparar con un resultado de control histórico.. poniendo mas
filtros de control en reproducción de matrices e híbrida en condiciones
optimas se puede evitar reducciones de información.
- Producción de variables: en diferentes matrices
- Señales de Hibridación
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