Las bacterias heterótrofas junto con los hongos, enriquecen los suelos y favorecen el desarrollo vegetal, pues descomponen la materia orgánica, jugando así un papel fundamental en los ecosistemas.

Por otro lado, las bacterias presentan un amplio uso industrial en la fabricación de queso, yogurt y derivados lácteos, como resultado del proceso de fermentación láctica; el vino, la cerveza y demás bebidas alcohólicas, obtenidas en la fermentación alcohólica; el vinagre o acido acético, obtenido en la fermentación acética, y así como en la producción de ácido cítrico, la acetona, entre otros.