Son formas unicelulares, relativamente grandes, con una estructura interna compleja, que hace pensar más en la anatomía de un pequeño animal, cosa que no son, que en una célula.4 Hay tres características que los definen:

Su superficie aparece cubierta de cilios alineados regularmente, con los que se mueven de forma activa y veloz.
Tienen dos núcleos, macronúcleo y micronúcleo, este último reservado para la reproducción sexual, que realizan esporádicamente.
La mayoría realiza la fagocitosis mediante la que se alimentan a través de una zona especializada, hundida, llamada citostoma, es decir, boca celular.

Morfología de un ciliado: 1-vacuola contráctil, 2-vacuola digestiva, 3-macronúcleo, 4-micronúcleo, 5-citoprocto, 6-citofaringe, 7-citostoma, 8-cilios.

La mayoría de los ciliados también tiene unas o más vacuolas contráctiles prominentes que recogen y expelen el agua de la célula para mantener la presión osmótica y una cierta función para mantener el equilibrio iónico. Estos tienen a menudo forma de estrella de la que salen los conductos radiales.

Otros componentes distintivos son los alvéolos corticales, pequeñas vesículas adheridas interiormente a la membrana celular que mantienen la forma de la célula, que varía desde flexible y contráctil a rígida. Las mitocondrias y numerosos extrusomas están también generalmente presentes.

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