Los Milagros constan de dos partes: una introducción y un conjunto de 25 milagros, que constituyen una unidad estructural inseparable:
- Introducción: El protagonista de esta parte es el narrador, identificado con Berceo. Se trata de un romero (peregrino) que penetra en un jardín presentado como locus amoenus . Este lugar se asocia, por alegoría, con María, símbolo de la recuperación del Paraíso. El romero, a su vez, simboliza al hombre caído que anda en busca de la gracia perdida. Cada uno de los elementos de este locus amoenus tienen un significado alegórico que el mismo Berceo explica en el poema. Los símbolos fundamentales son: el prado (la Virgen), las cuatro fuentes (los Evangelios), la sombra (las oraciones que María hace por los pecadores), los árboles (los Milagros de María), las aves canoras (los santos apologistas), las flores (los nombres de María : estrella de los mares, reina de los cielos, estrella matutina…).
- Milagros: Las veinticinco narraciones en verso ejemplifican la acción misericordiosa de María y su poder intercesor ante Cristo, y funcionan como