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Una vez que los virus logran pasar las barreras físicas, los virus se enfrentan a su contraparte natural: el sistema inmunológico, que está dividido en sistema y . El primero se llama así porque es un sistema de defensa que todos los animales parecen tener desde el nacimiento. Está constituido por cuatro líneas principales de defensa: 1) los fagocitos, que son células blancas encargadas de “patrullar” los tejidos del cuerpo y eliminar desechos, restos celulares e invasores; 2) el sistema del complemento, conformado por diversas proteínas plasmáticas que trabajan en conjunto para destruir a los invasores y para dar la señal de alarma a otros miembros del “equipo defensivo” (este sistema es muy antiguo, incluso los erizos de mar que evolucionaron hace aproximadamente 700 millones de años lo tienen); 3) el sistema de alerta de , que son proteínas que se unen a pequeños receptores o cerraduras de la membrana celular y alertan sobre posibles ataques virales, en dicho caso la célula infectada cometerá suicidio (el término técnico es apoptosis); y 4) las células naturales asesinas, encargadas de destruir a todas las células que han sido infectadas por algún (la cuestión es que aún no se sabe cómo lo hacen)