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En la época de Linneo la clasificación de los seres vivos se basaba exclusivamente en dos reinos: y . Los hongos, por ser sésiles se consideraban dentro del reino vegetal, y los microorganismos se ubicaban de acuerdo con criterios diversos como su movilidad o según con la presencia o ausencia de clorofila en alguno de los dos reinos.
La clasificación en aquella época aún era y se basaba principalmente en características , de forma o de algunas funciones, pero no consideraba los criterios evolutivos.
Los sistemas de clasificación se modificaron con el tiempo y así, en 1866, el biólogo alemán Ernst Haeckel (1834-1919) propuso un tercer reino, el para dar cabida en él a los diversos que eran difíciles de ubicar como plantas o animales