ana ibanez S�nchez
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Preguntas creadas por alumnos del máster (no son sacadas de años anteriores ni tienen relación con el posible examen real del profesor), sólo sirven para ayudar al estudio de la materia.

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ana ibanez S�nchez
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Examen de Proteómica

Question 1 of 30

1

1. En el método ODA:

Select one or more of the following:

  • Los átomos polares contribuyen negativamente a la desolvatación

  • Los átomo apolares contribuyen negativamente a la desolvatación

  • Los átomos polares contribuyen favorablemente a la desolvatación

  • La polaridad del residuo no influye en la desolvatación

Explanation

Question 2 of 30

1

2. En el método ODA:

Select one of the following:

  • Los átomos apolares contribuyen negativamente a la desolvatación

  • Los átomos apolares contribuyen favorablemente a la desolvatación

  • Los átomos polares contribuyen favorablemente a la desolvatación

  • La polaridad del residuo no influye en la desolvatación

Explanation

Question 3 of 30

1

3. En el método ODA:

Select one of the following:

  • Identifica regiones de interacción genéricas en la proteína de estudio

  • Identifica regiones susceptibles de formar interacciones hidrofóbicas

  • No identifica regiones involucradas en interacciones electrostáticas

  • Todas son correctas

Explanation

Question 4 of 30

1

4. En el método NIP (PyDock):

Select one of the following:

  • Un valor de NIP > 0.2 indica que el residuo está involucrado en la interacción con la proteína de estudio

  • Un valor de NIP > 0.4 indica que el residuo está involucrado en la interacción con la proteína de estudio

  • Un valor de NIP > 1 indica que el residuo está involucrado en la interacción con la proteína de estudio

  • El valor de NIP no es relevante para la determinación de los residuos involucrados en la interacción

Explanation

Question 5 of 30

1

5. En relación con los hot-spots:

Select one of the following:

  • Se considera un hot-spot cuando al mutar el residuo a alanina empeora la energía de unión más de 1kcal/mol

  • Se considera un hot-spot cuando al mutar el residuo a alanina empeora la energía de unión más de 5kcal/mol

  • Se considera un hot-spot cuando al mutar el residuo a metionina empeora la energía de unión más de 1kcal/mol

  • Se considera un hot-spot cuando al mutar el residuo a prolina empeora la energía de unión más de 5kcal/mol

Explanation

Question 6 of 30

1

6. En relación a los hot-spots:

Select one or more of the following:

  • Tienden a situarse en el centro de la región de interacción (core)

  • Tienden a situarse en el borde de la región de interacción (rim)

  • Los hot-spots nunca se encuentran en la zona de interacción

  • Los hot-spots se localizan en cualquier zona de la región de interacción

Explanation

Question 7 of 30

1

7. En relación a los hot-spots:

Select one of the following:

  • Son residuos que tienden a estar más conservados que el resto de los residuos de la interacción

  • Son residuos que tienden a estar menos conservados que el resto de los residuos de la interacción

  • Son residuos muy mutables a alanina

  • Ninguna de las opciones es correcta

Explanation

Question 8 of 30

1

8. Cambios en la secuencia de una proteína pueden provocar las siguientes alteraciones:

Select one of the following:

  • Mutaciones estructurales

  • Nuevas interacciones en los complejos que realice la proteína

  • Cambios en parámetros termodinámicos y cinéticos (afinidad, entalpía, entropía de unión, constantes de asociación)

  • Todas las respuestas son correctas

Explanation

Question 9 of 30

1

9. Las proteínas que se usan como diana para fármacos se agrupan en las siguientes familias:

Select one of the following:

  • GPCR, canales iónicos, receptores nucleares y quinasas

  • GPCR, canales aniónicos, receptores nucleares y quinasas

  • PCR, canales aniónicos, receptores nucleares y quinasas

  • GPCR, canales iónicos, receptores nucleares e hidrolasas

Explanation

Question 10 of 30

1

10. La cantidad de proteínas humanas susceptibles de ser usadas como diana de fármacos se estima en:

Select one of the following:

  • 10-15%

  • 5%

  • 50%

  • 20-30%

Explanation

Question 11 of 30

1

11. El enlace peptídico consiste en:

Select one of the following:

  • Un enlace tipo amida

  • Un enlace tipo amina

  • Un enlace de tipo puente de hidrógeno

  • Un enlace no covalente

Explanation

Question 12 of 30

1

12. Las proteínas que colaboran en el plegamiento tridimensional en la síntesis de proteínas se llaman:

Select one of the following:

  • Chaperonas

  • Chaperas

  • No existe ninguna proteína que facilite el plegamiento proteico

  • Histonas

Explanation

Question 13 of 30

1

13. Las técnicas más empleadas en el análisis estructural de las proteínas son:

Select one of the following:

  • Rayos X, NMR (Resonancia Magnética Nuclear) y cryo-EM (criomicroscopía electrónica)

  • Rayos X, NAR (Resonancia Atómica Nuclear) y cryo-EM (criomicroscopía electrónica)

  • Rayos X, NMR (Resonancia Magnética Nuclear) y EM (microscopía electrónica)

  • Rayos X, NAR (Resonancia Atómica Nuclear) y AFM (Microscopía de fuerza atómica)

Explanation

Question 14 of 30

1

14. Qué técnica permite llevar a cabo un análisis funcional (o de interactómica):

Select one of the following:

  • Microarrays

  • Resonancia de plasmón de superficie (SFR)

  • Microscopía de fuerza atómica (AFM)

  • Todas las respuestas son correctas

Explanation

Question 15 of 30

1

15. ¿Cuál es la técnica de separación o fraccionamiento de proteómicas más utilizada en la actualidad?

Select one of the following:

  • HPLC + Cromatografía de fase reversa

  • HPLC + Cromatografía de afinidad

  • FPLC+ Cromatografía de afinidad

  • FPLC + Cromatografía de intercambio iónico

Explanation

Question 16 of 30

1

16. Cuando se introduce en el espectrómetro de masas la proteína entera, se le denomina:

Select one of the following:

  • Aproximación descendente o top-down

  • Aproximación ascendente o bottom-up

  • No tiene nombre específico

  • No es posible introducir las proteínas enteras en el espectrómetro de masas

Explanation

Question 17 of 30

1

17. ¿Cuál es el principal uso de la técnica o aproximación top-down?

Select one of the following:

  • Identificación y cuantificación de proteoformas

  • Secuenciación de proteínas

  • Expresión diferencial de proteínas

  • Bioinformática estructural

Explanation

Question 18 of 30

1

18. ¿Cuál de las siguientes técnicas emplearías para llevar a cabo la cuantificación y expresión diferencial de proteínas?

Select one of the following:

  • DIGE

  • microarrays

  • Ambas son correctas

  • Ninguna es correcta

Explanation

Question 19 of 30

1

19. ¿Cuál de las siguientes técnicas emplearías para llevar a cabo la cuantificación y expresión diferencial de proteínas?

Select one of the following:

  • MALDI

  • DIGE

  • Cromatografía de afinidad

  • SDS-PAGE

Explanation

Question 20 of 30

1

20. ¿Quién determina la estructura tridimensional adoptada por la cadena polipeptídica y, por tanto, su función?

Select one of the following:

  • Estructura primaria

  • Estructura secundaria

  • Estructura terciaria

  • Estructura cuaternaria

Explanation

Question 21 of 30

1

21. El ángulo j (phi) lo conforma el enlace que tiene lugar en la cadena polipeptídica entre los siguientes átomos:

Select one of the following:

  • C alfa con el átomo de N de su mismo residuo

  • C alfa con el átomo de C de su mismo residuo

  • C de un residuo con el N del residuo siguiente

  • C alfa con la cadena lateral de su mismo residuo

Explanation

Question 22 of 30

1

22. El ángulo y (psi) lo conforma el enlace que tiene lugar en la cadena polipeptídica entre los siguientes átomos:

Select one of the following:

  • C alfa con el átomo de N de su mismo residuo

  • C alfa con el átomo de C de su mismo residuo

  • C alfa con la cadena lateral de su mismo residuo

  • C de un residuo con el N del residuo siguiente

Explanation

Question 23 of 30

1

23. El dominio es la unidad fundamental de la estructura:

Select one of the following:

  • Primaria

  • Secundaria

  • Terciaria

  • Cuaternaria

Explanation

Question 24 of 30

1

24. La técnica que más estructuras de proteínas ha resuelto hasta la fecha es:

Select one of the following:

  • Cristalografía de Rayos X

  • Resonancia magnética nuclear

  • Criomicroscopía electrónica

  • Ninguna de las anteriores

Explanation

Question 25 of 30

1

25. ¿Qué proceso ha llevado un ritmo más lento, en términos de desarrollo e investigación?

Select one of the following:

  • La caracterización estructural

  • Obtención de las secuencias proteicas

  • Caracterización bioquímica

  • Todas se han desarrollado a la par

Explanation

Question 26 of 30

1

26. ¿Cuál es el formato universal para la representación de proteínas en estructura 3D?

Select one of the following:

  • PDB (Protein Data Bank)

  • SCOP (Structural Classification of Proteins)

  • FASTA

  • XML

Explanation

Question 27 of 30

1

27. ¿Qué registro del formato PDB describe las coordenadas de cada átomo?

Select one of the following:

  • ATOM

  • HEADER

  • SEQRES

  • REMARK

Explanation

Question 28 of 30

1

28. ¿Cuál de los siguientes componentes está registrado en el archivo PDB?

Select one of the following:

  • RMSD

  • B-factor

  • ODA

  • Ninguno de los anteriores

Explanation

Question 29 of 30

1

29. ¿Qué métodos existen para la modelización estructural de proteínas?

Select one of the following:

  • Modelización comparativa, Modelización por reconocimiento del plegamiento y Modelización ab initio

  • Modelización comparativa y Modelización ab initio

  • Modelización comparativa, Modelización por reconocimiento del plegamiento, Modelización por homología y Modelización ab initio

  • Modelización empírica, Modelización por reconocimiento del plegamiento y Modelización ab initio

Explanation

Question 30 of 30

1

30. ¿Qué método de modelización se basa en inferir la estructura de una proteína a partir de la estructura 3D de una proteína homóloga con una secuencia similar?

Select one of the following:

  • Modelización por homología

  • Modelización ab initio

  • Modelización por reconocimiento del plegamiento

  • No se puede modelar una proteína conociendo únicamente su secuencia y un template

Explanation

Question 31 of 30

1

31. ¿Qué determina que dos proteínas sean homólogas?

Select one of the following:

  • Que su secuencia sea similar a un 90%

  • Que procedan de un ancestro común

  • Que su estructura 3D sea similar

  • Que su plegamiento sea similar

Explanation

Question 32 of 30

1

32. Escoja la afirmación verdadera:

Select one of the following:

  • A mayor identidad de secuencia, mayor similitud estructural

  • A menor identidad de secuencia, mayor similitud estructural

  • A mayor identidad de secuencia, menor similitud estructural

  • No existe relación entre la identidad de secuencia y la similitud estructural

Explanation

Question 33 of 30

1

33. El valor RMSD depende de:

Select one of the following:

  • Las regiones utilizadas en el cálculo

  • El tamaño de la proteína

  • Todas las opciones son verdaderas

  • La homología estructural del modelo con la estructura real

Explanation

Question 34 of 30

1

34. ¿Qué porcentaje del proteoma humano está depositado en PDB actualmente?

Select one of the following:

  • 17%

  • 54%

  • 10%

  • 73%

Explanation

Question 35 of 30

1

35. ¿Qué porcentaje del proteoma humano tiene estructura o puede ser modelizado en función de otras proteínas homólogas?

Select one of the following:

  • 48%

  • 60%

  • 17%

  • 86%

Explanation

Question 36 of 30

1

36. ¿Qué porcentaje del proteoma humano se desconoce en la actualidad?

Select one of the following:

  • 26%

  • 48%

  • 17%

  • 81%

Explanation

Question 37 of 30

1

37. ¿Cuál de las siguientes propiedades de las proteína se encuentra más conservada?

Select one of the following:

  • Las secuencias de nucleótidos

  • Las secuencias de aminoácidos

  • La estructura de las proteínas

  • Ninguna de las anteriores

Explanation

Question 38 of 30

1

38. ¿Qué plantea la ley de Boltzmann (en la cual se basan los potenciales estadísticos)?

Select one of the following:

  • Los estados más estables aparecerán con mayor probabilidad

  • Los estados menos estables aparecerán con mayor probabilidad

  • Los estados más estables aparecerán con menor probabilidad

  • Los estados más inestables aparecerán con mayor probabilidad

Explanation

Question 39 of 30

1

39. ¿Qué plantea la ley de Boltzmann (en la cual se basan los potenciales estadísticos)?

Select one of the following:

  • Que los pares de residuos que aparecen más frecuentemente a una distancia más corta tendrán una interacción más favorable

  • Que los pares de residuos que aparecen con menos frecuencia a una distancia más corta tendrán una interacción más favorable

  • Que los pares de residuos que aparecen más frecuentemente a una mayor distancia tendrán una interacción más favorable

  • Que los pares de residuos que aparecen más frecuentemente más distanciados tendrán una interacción más favorable

Explanation

Question 40 of 30

1

40. ¿Qué medida de distancia entre residuos resulta particularmente efectiva a la hora de calcular potenciales dependientes de distancia?

Select one of the following:

  • Distancia promedio

  • Distancia mínima entre átomos

  • Distancia entre C alfas

  • Distancia entre C betas

Explanation

Question 41 of 30

1

41. ¿Qué información nos aporta la ASA (superficie accesible)?

Select one of the following:

  • Solvatación (y por tanto entropía)

  • Calidad de la estructura

  • Homología de secuencia

  • Todas las anteriores son verdaderas

Explanation

Question 42 of 30

1

42. ¿Cuál de los siguientes métodos de modelización no emplea template?

Select one of the following:

  • Modelización por homología

  • Fold recognition (modelización por reconocimiento del plegamiento)

  • Modelización ab initio

  • Ninguna de las tres opciones

Explanation

Question 43 of 30

1

43. ¿Cuáles son los métodos más empleados en la modelización ab initio?

Select one of the following:

  • Métodos estocásticos y métodos de dinámica molecular

  • Métodos empíricos y métodos de dinámica molecular

  • Métodos estocásticos y métodos de mecánica cuántica

  • Mecánica cuántica y métodos empíricos

Explanation

Question 44 of 30

1

44. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones es cierta?

Select one of the following:

  • La mayoría de los complejos homoméricos son obligados

  • La mayoría de los complejos homoméricos son no obligados

  • La mayoría de los complejos heteroméricos son obligados

  • Ninguna de las anteriores

Explanation

Question 45 of 30

1

45. ¿Cómo se forma el enlace peptídico en una molécula de proteína?

Select one of the following:

  • La unión entre un grupo amino y un grupo carboxilo

  • La unión entre dos grupos amino

  • La unión entre dos grupos carboxilo

  • La unión entre un grupo amino y un grupo fosfato

Explanation

Question 46 of 30

1

46. ¿Qué término se utiliza para describir el proceso mediante el cual una cadena polipeptídica desordenada adopta una estructura tridimensional estable?

Select one of the following:

  • Desnaturalización

  • Síntesis proteica

  • Plegamiento

  • Enlace peptídico

Explanation

Question 47 of 30

1

47. ¿Cuáles son las modificaciones postraduccionales más importantes en las proteínas?

Select one of the following:

  • Fosforilación y glicosilación

  • Metilación y acetilación

  • Oxidación e hidroxilación

  • Desnaturalización y glicosilación

Explanation

Question 48 of 30

1

48. ¿Cuáles son los métodos más utilizados para la separación y fraccionamiento proteico en estudios proteómicos?

Select one of the following:

  • Electroforesis y secuenciación de ADN

  • Cromatografía y espectrometría de masas

  • Electroforesis y espectrometría de masas

  • Electroforesis y Cromatografía

Explanation

Question 49 of 30

1

49. ¿A qué se refiere la estructura primaria de una proteína?

Select one of the following:

  • La disposición tridimensional de la cadena polipeptídica

  • La secuencia específica de aminoácidos en la cadena polipeptídica

  • Las interacciones no covalentes entre distintas regiones de la proteína

  • Las modificaciones químicas de la cadena polipeptídica

Explanation

Question 50 of 30

1

50. ¿Cuál es la técnica más utilizada y exitosa para resolver estructuras tridimensionales de proteínas a nivel atómico?

Select one of the following:

  • Microscopía electrónica

  • Espectroscopía de resonancia magnética nuclear (RMN)

  • Espectrometría de masas

  • Cristalografía de rayos X

Explanation

Question 51 of 30

1

51. A la hora de modelizar complejos en interactómica, ¿Qué porcentaje de identidad de secuencia mínima debe tener cada proteína del complejo respecto al complejo molde?

Select one of the following:

  • 20-30%

  • 80-90%

  • 10-15%

  • 50-60%

Explanation

Question 52 of 30

1

52. ¿Qué es el docking de proteínas?

Select one of the following:

  • Un método de modelización comparativa de complejos proteicos

  • Un método de modelización ab initio de complejos proteicos

  • Un método de modelización comparativa de proteínas

  • Un método del cálculo de la energía de un modelo de proteína

Explanation

Question 53 of 30

1

53. Los aspectos más importantes que podemos encontrar en la mayor parte de los métodos de docking son:

Select one of the following:

  • La búsqueda de orientaciones en las que la proteína se suele considerar rígida o semirrígida

  • La identificación de las orientaciones correctas mediante diferentes funciones de puntuación

  • La descripción de la flexibilidad conformacional

  • Todas son verdaderas

Explanation

Question 54 of 30

1

54. ¿Cuál de los siguientes métodos calcula la energía a partir de las coordenadas de los átomos pesados?

Select one of the following:

  • Mecánica cuántica

  • Mecánica molecular

  • Métodos empíricos

  • Monte-Carlo

Explanation

Question 55 of 30

1

55. ¿Cuál es el objetivo de los métodos de modelización ab initio basados en principios físicos?

Select one of the following:

  • Entender los principios químico-físicos que determinan la estructura 3D de las proteínas

  • Predecir la estructura 3D de las proteínas a partir de su secuencia

  • Estudiar los aspectos termodinámicos y cinéticos del plegamiento de las proteínas

  • Todas las anteriores

Explanation

Question 56 of 30

1

56. ¿Cuáles son los estados en los que se encuentran las proteínas individuales en solución desde el punto de vista termodinámico?

Select one of the following:

  • Nativo o plegado

  • Desnaturalizado o desplegado

  • Intermedios

  • Todos los anteriores

Explanation

Question 57 of 30

1

57. ¿Qué tipo de métodos se utilizan para calcular la energía de las proteínas en los métodos de modelización ab initio?

Select one of the following:

  • Mecánica cuántica

  • Mecánica molecular

  • Métodos empíricos

  • Todos los anteriores

Explanation

Question 58 of 30

1

58. ¿Cuál es la representación más reciente del proceso de plegamiento de las proteínas?

Select one of the following:

  • Una reacción química de dos estados

  • Un embudo en el que los estados desnaturalizados adquieren estructuras parciales de menor energía

  • Una búsqueda de conformaciones al azar hasta encontrar la conformación nativa

  • Ninguna de las anteriores

Explanation

Question 59 of 30

1

59. ¿Qué término/s energético/s usan las funciones de puntuación de aplicación general como pyDock?

Select one of the following:

  • Energía de van der Waals

  • Energía electrostática

  • Energía de desolvatación

  • Todas las anteriores

Explanation

Question 60 of 30

1

60. ¿Cuál es el mayor desafío del modelado de proteínas?

Select one of the following:

  • Modelado de estructuras 3D de proteínas

  • Modelado de estructuras de complejos proteicos

  • Secuenciación de la cadena de aminoácidos que compone la proteína

  • Integración de la flexibilidad conformacional en el modelado de complejos proteicos

Explanation

Question 61 of 30

1

61. ¿Qué valores de BSA se obtienen en la mayor parte de análisis de superficies de interacción en las estructuras de complejos?

Select one of the following:

  • 1200 - 2000 Amstrongs

  • 6000 - 7000 Amstrongs

  • 200 - 400 Amstrongs

  • 10000 - 12000 Amstrongs

Explanation

Question 62 of 30

1

62. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones es falsa?

Select one of the following:

  • La digestión proteolítica usada en proteómica shotgun proporciona péptidos identificables para una gran variedad de proteínas

  • La proteómica shotgun no tiene las pérdidas de muestra asociadas al gel

  • La proteómica shotgun tiene peor cobertura que otras técnicas tradicionales como el gel 2D

  • La proteómica shotgun permite identificar proteínas en muy bajas cantidades

Explanation

Question 63 of 30

1

63. El método de docking PyDock:

Select one of the following:

  • Sólo es eficaz si se utiliza FTDock como método de generación de orientaciones

  • Incluye la flexibilidad conformacional durante la búsqueda inicial de orientaciones de docking

  • Utiliza una función de puntuación basada en términos energéticos

  • Usa una función de puntuación basada en complementariedad geométrica

Explanation

Question 64 of 30

1

64. La principal idea subyacente sobre el uso de métodos de reconocimiento de plegamiento en modelado estructural de proteínas es la siguiente:

Select one of the following:

  • Las interacciones macromoleculares que forman proteínas homólogas están conservadas

  • El número de plegamientos (folds) diferentes que existen es limitado

  • La estructura de proteínas con secuencias muy similares (<90%) está altamente conservada

  • Los alineamientos múltiples de secuencia resultan útiles en familias de proteínas homólogas

Explanation

Question 65 of 30

1

65. El docking entre proteínas consiste en:

Select one of the following:

  • La predicción de la región de interacción de una de las proteínas

  • La generación de la estructura de un complejo a partir de las estructuras de las proteínas por separado

  • El modelado de un complejo a partir de las secuencias de las proteínas y un template adecuado

  • La predicción de la energía de unión de un complejo

Explanation

Question 66 of 30

1

66. El método de refinado de FireDock:

Select one of the following:

  • Se basa en complementariedad geométrica, al igual que PatchDock

  • Resulta especialmente adecuado para refinar orientaciones generadas por PatchDock

  • Sólo puede aplicarse a ficheros PDB que representen los modelos de docking

  • No se puede usar con modelos generados por otros métodos que no sean PatchDock

Explanation

Question 67 of 30

1

67. El modelado estructural de los bucles (loops) de una proteína:

Select one of the following:

  • Requiere una estimación previa de los ángulos de Ramachandran de los residuos que componen dichos bucles

  • Siempre se lleva a cabo mediante métodos ab initio a partir de la secuencia de dichos bucles

  • Se puede basar en búsquedas de fragmentos compatibles en bases de datos estructurales

  • Es la parte más fácil y fiable del modelo comparativo

Explanation

Question 68 of 30

1

68. El experimento CAPRI consiste en:

Select one of the following:

  • La evaluación de métodos de detección de interacciones entre proteínas

  • La evaluación automática y diaria de resultados de docking

  • La predicción de estructuras individuales de proteínas

  • La generación de modelos de docking para casos cuya estructura sólo es conocida para los organizadores

Explanation

Question 69 of 30

1

69. Las dos grandes estrategias de modelado estructural de interacciones son:

Select one of the following:

  • Modelado comparativo y modelado mediante reconocimiento del plegamiento

  • Dinámica molecular y Monte-Carlo

  • Modelado por homología y modelado ab initio o docking

  • Modelado en base a secuencia y en base a estructura secundaria

Explanation

Question 70 of 30

1

70. El servidor MS-Isotope de ProteinProspector se usa para:

Select one of the following:

  • Buscar sitios de digestión proteolítica para interpretar espectros de masas

  • Generar distribuciones isotópicas teóricas para un péptido dado

  • Modelar la expresión diferencial isotópica

  • Generar modelos estructurales para un péptido según su composición isotópica

Explanation

Question 71 of 30

1

71. La gran complejidad del proteoma se debe principalmente a:

Select one of the following:

  • Las variantes genéticas y polimorfismos poblacionales

  • Los fenómenos de splicing alternativo

  • Los diferentes tipos de codones para cada residuo

  • Las modificaciones postraduccionales

Explanation

Question 72 of 30

1

72. El punto isoeléctrico (pI) de una molécula es:

Select one of the following:

  • El pH en el que ésta tiene carga neta cero

  • Su pKa

  • La concentración en equilibrio

  • Su volumen

Explanation

Question 73 of 30

1

73. ¿Cómo se podría mejorar un modelo estructural de una proteína obtenida mediante modelado comparativo?

Select one of the following:

  • Modificaciones manualmente el alineamiento, cambiando el template principal o añadiendo nuevos templates

  • Nunca se debe tratar de mejorar un modelo estructural manualmente siempre hay que confiar en los métodos automáticos

  • Solo se puede mejorar un modelo si se dispone de homólogos con alta similitud de secuencia (>90%)

  • Conviene generar miles de modelos de forma automática y elegir uno al azar

Explanation

Question 74 of 30

1

74. ¿Cuáles de los pares de métodos computacionales siguientes proporcionan el mismo tipo de información?

Select one of the following:

  • UNIMOD y STAMP

  • Molecular Weight Calculator y ZDOCK

  • MS-Digesty PeptideCutter

  • MS-Isotope y bioDBnet

Explanation

Question 75 of 30

1

75. ¿Cuál de estos métodos no permite definir residuos de interacción para re-evaluar “a posteriori” las orientaciones de docking previamente generadas?

Select one of the following:

  • PatchDock

  • pyDock

  • HADDOCK

  • FTDock

Explanation

Question 76 of 30

1

76. El modelado comparativo se refiere a:

Select one of the following:

  • La predicción de la estructura de una proteína para la que no existen otras proteínas homólogas

  • La predicción de la estructura de una proteína mediante métodos físico-quimicos exclusivamente a partir de su secuencia

  • La identificación de la forma de la proteína en base a técnicas experimentales de baja resolución

  • La predicción de la estructura 3D de una proteína en base a las estructuras de otras proteínas homologas

Explanation

Question 77 of 30

1

77. ¿Cuál de las siguientes metodologías no es relevante para el modelado ab initio de proteínas?

Select one of the following:

  • Dinámica molecular

  • Métodos de Monte-Carlo

  • AMBER

  • ClustalW

Explanation

Question 78 of 30

1

78. ¿Cuál de los siguientes métodos computacionales no es especialmente relevante para la detección de interacciones entre proteínas?

Select one of the following:

  • Identificación de mutaciones correlacionadas en alineamientos múltiples

  • Dinámica molecular

  • Perfiles de co-expresión de proteínas

  • Búsqueda de interólogos

Explanation

Question 79 of 30

1

79. ¿Qué estrategia de modelado de interacciones resulta más eficaz a juzgar por los resultados de CASP y CAPRI?

Select one of the following:

  • No usar nunca información externa para re-evaluar las orientaciones obtenidas dado que siempre suele empeorar los resultados del docking automático

  • Incluir flexibilidad conformacional desde la búsqueda inicial de las orientaciones

  • Usar siempre métodos de docking ab initio, aunque haya temporales disponibles

  • Identificar templates adecuados para el complejo y usarlos siempre que sea posible

Explanation

Question 80 of 30

1

80. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones no es relevante para el uso de potenciales estadísticos en modelos de proteínas?

Select one of the following:

  • La energía de un contacto entre dos residuos puede derivarse de su frecuencia en estructuras conocidas

  • La existencia de templates adecuados depende de la estabilidad energética de las proteínas

  • La distribución de contactos entre pares de residuos en estructuras de proteínas se puede explicar en base a la ley de Boltzmann

  • Según la ley de Boltzmann, la probabilidad de un estado está relacionado con su energía

Explanation

Question 81 of 30

1

81. ¿Cuál es el principal problema de una estrategia de modelado de interacciones basada en la generación de ensamblados conformacionales seguida de cálculos de docking ___ conformación?

Select one of the following:

  • Que no todas las proteínas son flexibles

  • Que sólo se puede aplicar a proteínas de membrana

  • Ninguna, de hecho, es una de las estrategias más usadas para casos flexibles

  • El coste computacional derivado del alto número de ejecuciones de docking necesarias

Explanation

Question 82 of 30

1

82. La bioinformática estructural se refiere a…

Select one of the following:

  • Los métodos computacionales usados en el análisis de la expresión proteómica

  • La aplicación de métodos computacionales para el análisis y predicción estructural de las proteínas y sus interacciones

  • El conjunto de metodologías para el estudio de la estructura de los genes

  • La aplicación de la bioinformática al estudio de compuestos de bajo peso molecular

Explanation

Question 83 of 30

1

83. ¿Pueden dos células de un mismo organismo tener diferente proteoma?

Select one of the following:

  • No, salvo pequeñas mutaciones en algunas proteínas

  • Sí, especialmente si son de diferente tejido o se encuentran en diferentes condiciones

  • Si, pero solo en organismos en situaciones patológicas

  • No, todas las células de un mismo organismo tienen el mismo proteoma

Explanation

Question 84 of 30

1

84. El área de la superficie enterrada (BSA) entre dos proteínas al formar un complejo se define como:

Select one of the following:

  • La diferencia entre el área de la superficie accesible (ASA) de las proteínas por separado y la del complejo

  • El número de residuos enterrados en el complejo

  • La superficie expuesta en el complejo

  • El número de residuos que componen la superficie de interacción en el complejo

Explanation

Question 85 of 30

1

85. ¿Qué porcentaje del proteoma humano tiene estructura 3D disponible o se puede inferir de proteínas similares?

Select one of the following:

  • Menos del 1%

  • 10%

  • Entre el 1 y el 10%

  • Cerca del 50%

Explanation

Question 86 of 30

1

86. La proteómica estructural se refiere a…

Select one of the following:

  • El análisis y determinación de la estructura 3D de todas las proteínas de un organismo

  • El conjunto de metodologías para el análisis de la expresión proteómica

  • La predicción estructural de las proteínas a gran escala

  • La estructura de los genes de un organismo

Explanation

Question 87 of 30

1

87. Los únicos ángulos flexibles de la cadena principal polipeptídica son:

Select one of the following:

  • Los ángulos diedros

  • Los ángulos phi y psi

  • Los ángulos omega y alfa

  • Los ángulos laterales

Explanation

Question 88 of 30

1

88. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones es correcta?

Select one of the following:

  • La mayor parte de hetero-complejos son obligatorios

  • La mayor parte de homo-complejos son obligatorios

  • Todos los complejos no obligatorios son transitorios

  • La mayor parte de complejos obligatorios son transitorios

Explanation

Question 89 of 30

1

89. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones es correcta?

Select one of the following:

  • La mayor parte de hetero-complejos son no obligados

  • La mayor parte de homo-complejos son no obligados

  • Todos los complejos no obligatorios son transitorios

  • La mayor parte de complejos obligatorios son transitorios

Explanation

Question 90 of 30

1

90. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones es correcta?

Select one of the following:

  • La mayor parte de los complejo simétricos son homoméricos

  • La mayor parte de los complejo simétricos son heteroméricos

  • La mayor parte de complejos obligatorios son transitorios

  • Todos los complejos no obligatorios son transitorios

Explanation

Question 91 of 30

1

91. La espectrometría de masas

Select one of the following:

  • Separa las proteínas de una muestra según su espectro electromagnético

  • Se basa en la conversión de la muestra a fase gas, ionización y separación de los iones según su masa y carga.

  • Consiste en la liofilización y posterior recontrucción de la mezcla

  • Es una técnica espectroscópica similar a la emisión de florescencia

Explanation

Question 92 of 30

1

92. El método de proteómica bottom-up…

Select one of the following:

  • Aplica digestión proteolítica a una mezcla proteica antes del análisis por espectrometría de masas

  • No resulta adecuado para identificar, caracterizar o secuenciar proteínas de una muestra

  • Se conoce también como top-down

  • Se aplica normalmente a muestras que contengan una proteína purificada

Explanation

Question 93 of 30

1

93. En un hipotético conjunto de estructuras de proteínas, se ha observado que los residuos Glu y Arg aparecen más frecuentemente cuando se encuentran a distancias cortas el uno del otro a que a distancias largas. ¿Cuál de las siguientes interpretaciones es correcta?

Select one of the following:

  • La energía libre de Gibbs de Glu-Arg es favorable

  • El potencial de interacción Glu-Arg es más favorable a distancias cortas

  • El potencial de interacción Glu-Arg es independiente de su distancia

  • El potencial de interacción Glu-Arg es más negativa a distancias largas

Explanation

Question 94 of 30

1

94. La electroforesis en gel desnaturalizante sirve para separar las proteínas de una muestra en función de...

Select one of the following:

  • Su carga

  • Su punto isoeléctrico

  • Su peso molecular

  • Su volumen cuando están plegadas

Explanation

Question 95 of 30

1

95. La estructura primaria de las proteínas se refiere a….

Select one of the following:

  • La secuencia lineal de aminoácidos

  • La composición en nucleótidos

  • El peso molecular de la cadena peptídica

  • La longitud de la cadena peptídica

Explanation

Question 96 of 30

1

96. Las proteínas están formadas por…

Select one of the following:

  • ácidos nucleicos

  • aminoácidos

  • nucleótidos

  • genes

Explanation

Question 97 of 30

1

97. La cromatografía UPLC…

Select one of the following:

  • hace referencia a la elución desde la parte superior por gravedad

  • es más rápida y de mayor resolución que HPLC

  • no es un tipo de cromatografía usada en proteómica

  • permite que el eluyente ascienda por capilaridad

Explanation

Question 98 of 30

1

98. La energía libre de unión entre dos proteínas:

Select one of the following:

  • No incluye la entropía configuracional durante la formación del complejo

  • Determina la fortaleza de la interacción y está relacionada con la constante de asociación

  • Es equivalente a la constante cinética de asociación

  • No incluye la entalpía de unión

Explanation

Question 99 of 30

1

99. ¿Cuál es la estrategia más usada para encontrar el mejor encaje geométrico entre las superficies de dos proteínas?

Select one of the following:

  • Predicción energética

  • Aprendizaje automatizado y árboles automatizados

  • Dinámica molecular

  • Discretización de las superficies en matriz 3D y búsqueda de correlación basada en FFT

Explanation

Question 100 of 30

1

100. ¿Cuál de estos métodos no permite introducir restricciones basadas en información externa para mejorar los resultados de docking?

Select one of the following:

  • pyDock

  • HADDOCK

  • PatchDock

  • FTDock

Explanation

Question 101 of 30

1

101. Las principales ventajas del método de docking de PyDock son:

Select one of the following:

  • La descripción energética y la fiabilidad

  • La aplicabilidad a todo tipo de biomoléculas y versatilidad en las funciones de puntuación

  • Su rapidez y la posibilidad de centrar la búsqueda en regiones específicas

  • La inclusión de moléculas de agua y la flexibilidad conformacional

Explanation

Question 102 of 30

1

102. Las modificaciones postraduccionales son...

Select one of the following:

  • modificaciones químicas que tienen lugar algunos residuos tras formarse la cadena polipeptídica

  • mutaciones de algunos residuos después de la traducción de la cadena polipeptídica

  • cambios conformacionales en las proteínas

  • cambios producidos por el splicing alternativo

Explanation

Question 103 of 30

1

103. ¿Cómo se puede evaluar la calidad del modelo estructural de una proteína obtenido en un caso de pruebas, es decir, para el que se dispone de su estructura 3D?

Select one of the following:

  • No se puede evaluar la calidad del modelo de forma objetiva, aunque se disponga de la estructura de referencia cualquier valoración será necesariamente subjetiva.

  • Superponer cada elemento de estructura secundaria de forma independiente y calcular el valor promedio a partir de las comparaciones individuales.

  • Visualizar las estructuras de forma individual, nunca se debe tratar de superponer un modelo y una estructura experimental.

  • Comparando la RMSD entre el modelo y la estructura de referencia.

Explanation

Question 104 of 30

1

104. Las herramientas principales para la determinación de la estructura 3D de las proteínas son:

Select one of the following:

  • Cristalización de rayos-X, resonancia magnética nuclear y microscopía electrónica

  • Resonancia paramagnética electrónica, cromatografía liguida y MS

  • Electroforesis y espectrometría de masas

  • Microscopía óptica y electrónica

Explanation

Question 105 of 30

1

105. La base de datos UniProtKB…

Select one of the following:

  • Está basada en predicciones computacionales sobre estructura y función de proteínas

  • Es una recopilación de proteínas humanas, incluyendo variantes de splicing y mutantes.

  • Contiene información y anotaciones funcionales sólo para proteínas con estructura disponible

  • Contiene anotaciones de secuencia, estructura y función para todas las proteínas conocidas.

Explanation

Question 106 of 30

1

106. ¿Cuál de estas afirmaciones no resulta especialmente útil para la identificación de estructuras molde o templates?

Select one of the following:

  • Las proteínas multi-domino requieren templates que contengan el mayor número posible de dominios

  • Es conveniente realizar búsquedas individuales para cada elemento de estructura secundaria

  • Los alineamientos múltiples de secuencia con varios posibles templates ayudan a minimizar los errores de alineamiento.

  • El template debería ser el homólogo más cercano.

Explanation

Question 107 of 30

1

107. Los picos obtenidos en un espectro de masas….

Select one of the following:

  • Corresponden solo a los valores masa/carga de las proteínas enteras de la muestra

  • Corresponden a los valores masa/carga de los fragmentos moleculares ionizados

  • Corresponden a los dominios de plegamiento en los que una proteína se divide

  • Corresponden fundamentalmente a las moléculas químicas añadidas en las modificaciones postraduccionales.

Explanation

Question 108 of 30

1

108. ¿Qué porcentaje de proteínas humanas tienen estructura disponible o pueden modelarse con AlphaFold2?

Select one of the following:

  • Menos del 20% de las proteínas, excluyendo las intrínsecamente desordenadas

  • La práctica totalidad de las proteínas, excluyendo las intrínsecamente desordenadas

  • Muy pequeño, la mayor parte de proteínas son estructuralmente desordenadas

  • AlphaFold2 solo puede modelar proteínas con templates adecuados, es decir, en torno al 50%.

Explanation

Question 109 of 30

1

109. ¿En qué metodología se basan los excelentes resultados predicitivos de AlphaFold y AlphaFold2?

Select one of the following:

  • Mecánica cuántica combinada con mecánica molecular

  • Modelado comparativo refinado con métodos físico-químicos

  • Identificación con templates mediante big data

  • Aprendizaje profundo (deep learning) a partir de alineamientos múltiples de secuencia.

Explanation

Question 110 of 30

1

110. La proteómica de expresión diferencial…

Select one of the following:

  • Solo necesita electroforesis bidimensional para identificar qué proteínas se expresan de forma diferente

  • Se usa para la identificación de variantes genéticas diferentes entre dos individuos

  • Estudia la expresión proteica solo con muestras marcadas químicamente

  • Estudia qué proteínas se expresan de forma diferente en condiciones distintas

Explanation

Question 111 of 30

1

111. Los residuos hot-spot son aquellos que…

Select one of the following:

  • Aparecen en el centro de la superficie de interacción, independientemente de su energía

  • Más contribuyen a la energía del complejo, y cuando se mutan a alanina empeoran la energía libre de unión en >1kcal/mol

  • Establecen los primeros contactos durante la formación del complejo

  • Cuando se mutan a alanina mejoran significativamente la energía libre de unión

Explanation

Question 112 of 30

1

112. ¿Cuál de estos métodos de predicción de residuos hot-spot no necesita la estructura del complejo?

Select one of the following:

  • MAPPIS

  • ROSETTA

  • NIP

  • FOLDEF

Explanation

Question 113 of 30

1

113. Las principales ventajas del método de docking PatchDock son:

Select one of the following:

  • La inclusión de moléculas de agua y la flexibilidad conformacional

  • La aplicabilidad a todo el tipo de biomolecular y la versatilidad en las funciones de puntuación

  • La descripción energética y la fiabilidad

  • Su rapidez de centrar la búsqueda en zonas específicas

Explanation

Question 114 of 30

1

114. ¿Qué estrategia de docking es la que mejor representa el modelo de ajuste inducido?

Select one of the following:

  • Si son cambios pequeños docking seguido de refinado, pero cambios grandes, docking flexible

  • Dinámica molecular para la búsqueda inicial de orientaciones

  • El docking de cuerpo rígido, siempre que se use una función de puntuación energética

  • La generación de ensamblados conformacionales para las proteínas que interaccionan

Explanation

Question 115 of 30

1

115. ¿Cuál es la mayor dificultad que limita los resultados predictivos del docking?

Select one of the following:

  • La flexibilidad conformacional al interactuar las proteínas

  • El tamaño de las proteínas que interaccionan

  • La baja resolución en la descripción de las coordenadas

  • La falta de métodos de búsqueda de cuerpo rígido

Explanation

Question 116 of 30

1

116. ¿Cuántas proteínas no redundantes se estima que contiene el proteoma humano

Select one of the following:

  • varios millones

  • 1.000.000

  • 1000

  • 20.000

Explanation

Question 117 of 30

1

117. El estudio del proteoma requiere de técnicas especializadas

Select one of the following:

  • Sí, son técnicas que derivan del análisis del genoma

  • No, cualquier técnica de estudio de proteínas puede aplicar directamente a proteómica

  • Sí, muchas son técnicas tradicionales usadas en el estudio de proteínas que se han adaptado para su aplicación a gran escala

  • No, ya que solo es necesario disponer de un ordenador personal con acceso a internet

Explanation

Question 118 of 30

1

118. ¿Qué porcentaje de las interacciones estimadas en el interactoma humano tienen estructura 3D conocida o se pueden modelar por homología?

Select one of the following:

  • Menos del 10%

  • La mayoría de las interacciones

  • Aproximadamente la mitad de las interacciones

  • Prácticamente todas las interacciones

Explanation

Question 119 of 30

1

119. Al comparar dos proteínas homólogas. ¿Cuáles son las regiones con la estructura más conservada?

Select one of the following:

  • Las cadenas laterales de los residuos más expuestos al solvente

  • Los bucles (loops)

  • Los elementos de estructura secundaria

  • En general, será difícil encontrar regiones estructuralmente conservadas

Explanation

Question 120 of 30

1

120. Dos proteínas son homólogas si...

Select one of the following:

  • Son productos de genes que han evolucionado del mismo ancestro

  • Tienen los residuos más importantes conservados

  • Tienen la misma topología

  • Necesariamente tienen la misma función

Explanation

Question 121 of 30

1

121. Existen varios motivos por los que las diferentes bases de datos de interacciones entre proteínas presentan a menudo resultados inconsistentes. ¿Cuál de las siguientes afirmaciones no representa ninguno de dichos motivos?

Select one of the following:

  • A. En general solo se conoce una parte de todas las posibles interacciones entre proteínas

  • B. Cada base de datos se enfoca a diferentes aspectos de dichas interacciones (organismos, técnicas experimentales, sistemas, etc.)

  • C. Algunos de los datos son erróneos debido al error experimental de las técnicas de detección de interacciones entre proteínas a gran escala

  • D. Las interacciones entre proteínas de membrana resultan más difíciles de detectar

Explanation

Question 122 of 30

1

122. ¿Cuál de las siguientes no es especialmente relevante para la caracterización biofísica de interacciones entre proteínas?

Select one of the following:

  • Resonancia de plasmón de superficie o BIACORE

  • Resonancia Magnética Nuclear (RMN)

  • Calorimetría de titulación isotérmica (ITC)

  • Doble híbrido de levadura

Explanation

Question 123 of 30

1

123. ¿Cómo se podría mejorar un modelo estructural de una proteína obtenido mediante modelado comparativo?

Select one of the following:

  • Modificando manualmente el alineamiento, cambiando el template principal o incluyendo nuevos templates

  • Solo se puede mejorar un modelo si se dispone de homólogos con alta similitud de secuencia (> 90%)

  • Nunca se debe tratar de mejorar un modelo estructural manualmente hay que confiar en los métodos automáticos

  • Conviene generar miles de modelos de forma automática y elegir uno al azar

Explanation

Question 124 of 30

1

124. ¿Cuál de las siguientes aplicaciones computacionales no resulta especialmente útil para interpretar espectros de masas?

Select one of the following:

  • Servidor web SWISS-MODEL

  • Servidor web MASCOT

  • PeptideCutter

  • ProteinProspector

Explanation

Question 125 of 30

1

125. Cuando se evalúan los resultados de docking en un caso de pruebas, el valor de RMSD de ligando (ligand RMSD) de cada modelo de docking con respecto a la referencia siguiente forma:

Select one of the following:

  • Superponiendo los receptores del modelo y referencia y calculando la RMSD entre los ligandos de modelo y referencia

  • Superponiendo las dos proteínas del modelo de docking en las proteinas correspondientes de la referencia, y calculando la RMSD de las dos proteínas entre modelo

  • Superponiendo las dos proteínas del modelo de docking en las proteínas correspondientes de la referencia, y calculando la RMSD entre los ligandos de modelo y referencia

  • Superponiendo las zonas de interacción de modelo y referencia, y calculando la RMSD entre los ligandos de modelo y referencia

Explanation

Question 126 of 30

1

126. ¿Qué tienen en común la mayor parte de métodos de refinado de modelos de docking?

Select one of the following:

  • La inclusión de moléculas de agua durante los cálculos

  • El uso de restricciones de distancia para limitar la búsqueda

  • La flexibilidad conformacional de las cadenas laterales de los residuos de interacción

  • Todos usan el mismo campo de fuerzas

Explanation

Question 127 of 30

1

127. Ejemplos de métodos de docking basados en FFT:

Select one of the following:

  • FTDock y ZDOCK

  • ICM-DISCO y RosettaDock

  • HADDOCK y ATTRACT

  • PatchDock y FireDock

Explanation

Question 128 of 30

1

128. El método de docking flexible FlexDock..

Select one of the following:

  • no se recomienda para proteínas multi-dominio

  • no resulta adecuado para ningún tipo de proteína flexible

  • es adecuado para proteínas de alta flexibilidad entre dominios

  • se usa para refinar modelos de docking de cuerpo rígido

Explanation

Question 129 of 30

1

129. En relación a las estrategias de muestreo, la mayoría de métodos de docking entre proteínas se pueden agrupar en:

Select one of the following:

  • Métodos de dinámica molecular y el resto

  • Muestreo de interacciones entre proteínas e interacciones con otras macromoléculas

  • Basados en secuencia y en estructura

  • Métodos de búsqueda exhaustiva (basados en geometría) y de búsqueda estocástica (basados en energía)

Explanation

Question 130 of 30

1

130. ¿Cuál de las siguientes opciones no es un componente de la cromatografía líquida?

Select one of the following:

  • Bomba peristáltica

  • Columna, donde se encuentra la fase estacionaria

  • Eluyente o fase móvil

  • Placa de capa fina, donde el eluyente asciende por capilaridad

Explanation

Question 131 of 30

1

131. La cromatografía UPLC…

Select one of the following:

  • hace referencia a la elución desde la parte superior por gravedad

  • es más rápida y de mayor resolución que HPLC

  • no es un tipo de cromatografía usada en proteómica

  • permite que el eluyente ascienda por capilaridad

Explanation

Question 132 of 30

1

132. El método de predicción de regiones de interacción ODA se basa en:

Select one of the following:

  • La energía de desolvatación obtenida cuando se posiciona una proteína específica en cada residuo de la superficie

  • La suma de las energías de desolvatación de los residuos incluidos en zonas de tamaño variable definidas alrededor de cada residuo de la superficie

  • La suma de todos los términos energéticos obtenidos cuando se posiciona una proteína específica en cada residuo de la superficie

  • El cálculo de potenciales estadísticos en base a la tendencia de cada residuo a interaccionar con otras proteínas

Explanation

Question 133 of 30

1

133. Las proteínas están formadas por

Select one of the following:

  • ácidos nucleicos

  • aminoácidos

  • nucleótidos

  • genes

Explanation

Question 134 of 30

1

134. La proteómica es la ciencia que estudia…

Select one of the following:

  • las mutaciones que tienen lugar durante la transcripción

  • los modelos macromoleculares

  • el conjunto de proteínas expresadas en un organismo

  • las interacciones entre proteínas

Explanation

Question 135 of 30

1

135. ¿Cuáles son los métodos más usados en la caracterización de la expresión proteómica?

Select one of the following:

  • - Espectroscopia de fluorescencia y titulación por calorimetria

  • - Electroforesis en gel, cromatografía líquida y espectrometría de masa

  • - Secuenciación de Sanger y resonancia magnética nuclear

  • - Modelado molecular y docking

Explanation

Question 136 of 30

1

136. Los espectros de masas de alta resolución…

Select one of the following:

  • - permiten la separación de picos según la composición isotópica de los elementos que componen la muestra

  • - no resultan adecuados para secuenciar péptidos

  • - solo permiten calcular la masa de cada fragmento en función de la masa atómica promedio de cada elemento que compone la muestra

  • - no se suelen usar en proteómica por su alto coste y bajo rendimiento

Explanation

Question 137 of 30

1

137. Normalmente, cuando se evalúan los resultados de docking en un caso de pruebas, definimos un modelo de docking aceptable o cercano a la estructura nativa (near-native) de la siguiente forma:

Select one of the following:

  • - Cuando tiene un valor de RMSD de ligando con respecto a la estructura de referencia ‹ 5 Amstrongs

  • - Cuando tiene la mitad de residuos de interacción correctamente predichos

  • - Cuando tiene un valor de RMSD de ligando con respecto a la estructura de referencia < 10 Amstrongs

  • - Cuando tiene un valor de RMSD de ligando con respecto a la estructura de referencia < 20 Amstrongs

Explanation

Question 138 of 30

1

138. Las mutaciones patológicas

Select one of the following:

  • - nunca afectan a la interacción con otras proteínas

  • - siempre afectan a la interacción con otras proteínas

  • - frecuentemente afectan a la interacción con otras proteínas

  • - rara vez afectan a la interacción con otras proteínas

Explanation

Question 139 of 30

1

139. Algunos de los tipos de cromatografia liquida usados en proteómica son

Select one of the following:

  • - Cromatografia de fase liquido-vapor y de liofilización

  • - cromatografía de altas velocidades y de rayos X

  • - cromatografía de afinidad y de intercambio iónico

  • - cromatografía de capa fina y de absorción por capilaridad

Explanation

Question 140 of 30

1

140. ¿Cuál de los siguientes errores no son especialmente relevantes en el modelado comparativo de proteínas?

Select one of the following:

  • - Limitaciones de los campos de fuerzas para describir la solvatación

  • - Errores de alineamiento

  • - Errores de empaquetamiento de cadenas laterales

  • - Regiones sin template o con templates no adecuado

Explanation

Question 141 of 30

1

141. La estructura primaria de las proteínas se refiere a …

Select one of the following:

  • - la longitud de la cadena peptídica

  • - el peso molecular de la cadena peptídica

  • - la composición en nucleótidos

  • - la secuencia lineal de aminoácidos

Explanation

Question 142 of 30

1

142. ¿Cuál de estas afirmaciones no es cierta?

Select one of the following:

  • La glicina es muy frecuente en hélices alta

  • Los aminoácidos tienen diferentes tendencias a aparecer en diferentes tipos de estructura secundaria

  • La prolina y la glicina son los aminoácidos con menor tendencia a aparecer en hélices alfa

  • La glicina es muy frecuente en giros beta

Explanation

Question 143 of 30

1

143. ¿Cuáles de los pares de métodos computacionales siguientes proporcionan el mismo tipo de información?

Select one of the following:

  • - MS-Isotope y bioDBnet

  • - Molecular Weight Calculator y ZDOCK

  • - MS-Digest y PeptideCutter

  • - UNIMOD y STAMP

Explanation

Question 144 of 30

1

144. El método de predicción de regiones de interacción NIP se basa en:

Select one of the following:

  • - La contribución a la energía de desolvatación de cada residuo en los 100 primeros modelos de docking

  • - El cálculo de potenciales estadísticos en los 100 primeros modelos de docking

  • - La frecuencia normalizada de cada residuo en las zonas de interacción de los 100 primeras modelos de docking

  • - Cálculos de dinámica molecular para los 100 primeros modelos de docking

Explanation

Question 145 of 30

1

145. ¿Cuál de las siguientes estrategias no es relevante para la identificación de homólogos remotos para una proteína dada?

Select one of the following:

  • - Uso de alineamientos de secuencia con matrices de sustitución específicas de posición

  • - Existencia de interacciones con proteínas comunes

  • - Existencia de punto isoeléctrico similar

  • - Uso de asociaciones funcionales

Explanation

Question 146 of 30

1

146. ¿Cuál de los siguientes programas se basa en el uso de potenciales estadísticos?

Select one of the following:

  • - AMBER

  • - PROSA

  • - CHARMM

  • - FTDOCK

Explanation

Question 147 of 30

1

147. Algunos de los tipos de cromatografía líquida usados en proteómica son….

Select one of the following:

  • ● Cromatografía de fase líquido-vapor y liofilización

  • ● Cromatografía de altas velocidades y de Rayos X

  • ● Cromatografía de afinidad y de intercambio iónico

  • ● Cromatografía de capa fina y de absorción por capilaridad

Explanation

Question 148 of 30

1

148. Los principales modelos postulados para el mecanismo de unión de las proteínas son:

Select one of the following:

  • ● Llave y cerradura, ajuste inducido y selección conformacional.

  • ● Rígido, flexible y semi-flexible.

  • ● Modelo de Levinthal y de embudo.

  • ● Modelo Browniano y de Monte-Carlo.

Explanation

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