Sus preguntas los desconcertaba, pues veían que era directo y pensaba libremente.

Criticaba el método memorístico con el cual los maestros le obligaban a aprender pasajes bíblicos, cánticos religiosos y preguntas de catecismo, relegando a segundo plano la lectura, la escritura y el cálculo. Lo veía como una pérdida de tiempo, pues exigía años de aprendizaje cuando, pensaba él, si se hubiera buscado el interés de los estudiantes se podía aprender en unos cuantos meses.

propuso nuevas ideas en relación a la forma de enseñar, para que los alumnos aprendan por gusto, que sientan la alegría de aprender y que estudien, no por obligación sino por deseo, convencido de que los alumnos tomarían interés por la enseñanza sin necesidad de gritos ni amenazas, «una sonrisa en lugar de una vara».

El sistema de Comenius se basaba en tres pasos: comprender, retener y practicar; quedando sintetizado en tres voces griegas que repetía a menudo: Autopsia, autocracia y autopraxia.

Comenius se daba cuenta de la terrible situación por la que pasaba la gente sencilla, maltratada por el trabajo forzado y cruelmente explotada por las altas contribuciones. Escribió un texto Un llamado de los pobres al cielo, harto de las grandes desproporciones entre el lujo de la nobleza y la miseria del pueblo. Decía que «el primer deber es comer, antes que ser cristiano». Los católicos, sobre todo las orden de los agustinos, y algunos luteranos reaccionaron a sus críticas y le trataron de ateo y le acusaron de corromper a los niños.

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