Algunos de los mecanismos de eliminación de los neurotransmisores son los siguientes:

1. Difusión del neurotransmisor hacia afuera de la hendidura sináptica.

2. Destrucción enzimática dentro de la hendidura sináptica. Por ejemplo, en el caso de la acetilcolina, la enzima colinesterasa se encuentra en la hendidura unida a la matriz de los proteoglucanos que rellenan el espacio. Cada molécula de la enzima puede retener hasta 10 moléculas de acetilcolina inactivándolo así.

3. Transporte retrogrado activo pasando al interior de la misma terminal presináptica, y volviendo a reutilizarse. A este proceso se le llama recaptación del neurotransmisor.

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NEUROTRANSMISORES