Para facilitar o estudo do Organon ele é dividido em duas partes. A primeira contém toda a teoria que embasa a prática homeopática e a segunda parte fala sobre a prática clínica.
Primeira Parte - A Ciência Homeopática
Par 01 ao 02: A missão do médico
Par 03 ao 04: Sobre o domínio do verdadeiro médico
Par 05 ao 18: Binômio saúde/doença - concepção hahnemanniana
Par 19 ao 21: Sobre o poder farmacodinâmico das substâncias
Par 22 ao 27: Similia similibus curentur
Par 28 ao 69: Sobre os métodos de tratamento
Par 70: Conclusões da parte teórica ou doutrinária
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Organização dos Parágrafos do Organon
Segunda Parte - A Arte Homeopática
Par 71: Sobre a Arte Homeopática
Par 72 ao 104: Propedêutica e Clínica
Par 105 ao 145: Sobre a patogenesia
Par 146 ao 184: Sobre o tratamento
Par 185 ao 203: Sobre as doenças e tratamentos parciais
Par 204 ao 209: O tratamento das doenças crônica
Par 210 ao 230: Doenças psíquicas e mentais
Par 231 ao 244: Doenças intermitentes
Par 245 ao 264: O uso do medicamento
Par 265 ao 285: A farmacotécnica homeopática
Par 286 ao 291: Os agente terapêuticos não medicamentosos