El nombre de sus padres era Marcelino Juárez y Brígida García de acuerdo al acta de bautismo levantada al día siguiente de su nacimiento7​ y quien según sus propias palabras, eran «indios de la raza primitiva del país»8​ y ambos fueron agricultores. Los dos padres murieron cuando él tenía tres años; su madre durante el alumbramiento de su hermana María Alberta Longinos. Benito junto con sus hermanas María Josefa y Rosa quedaron bajo el amparo de sus abuelos paternos Pedro Juárez y Justa López igualmente indios de la «nación zapoteca» y su muy pequeña hermana María Longinos con su tía materna Cecilia.8​ A los pocos años murieron también sus abuelos y las dos hermanas mayores de Juárez se casaron, quedando él finalmente bajo la custodia de su tío Bernardino Juárez. A partir de entonces trabajó como peón del campo y como pastor de ovejas hasta la edad de doce años. Su tío Bernardino conocía el castellano y se lo enseñaba a Juárez que mostraba entusiasmo en aprenderlo, sin embargo, las labores del campo y el hecho de que en el pueblo no se hablara el castellano no permitieron que Juárez avanzase mucho en su aprendizaje. En su pueblo, como sucedía en las poblaciones pequeñas, no existía ni la más elemental escuela. Juárez se daba cuenta que quienes aprendían a leer lo hacían viajando a la ciudad, ya sea costeándose una pensión o trabajando como sirvientes en las casas ricas, lo que alimentó su deseo de ir a la ciudad, lo cual solicitaba a su tío con mucha frecuencia sin concederle este jamás su deseo. Finalmente, el 17 de diciembre de 1818 Juárez decidió marcharse de su pueblo natal después de haber elegido entre los sentimientos y su deseo de educarse. Dirigió sus pasos a la ciudad de Oaxaca.8​ Esta fuga pudo motivarse tras haber perdido una oveja y evitar el castigo que le esperaba.9​10​ Hasta este momento la lengua única de Juárez era el zapoteco siendo sus conocimientos de castellano básicos.