La tolerancia inmunitaria es importante porque no tolerar lo propio es la base de las enfermedades autoinmunitarias, para el trasplante de órganos y de células troncales.
El riesgo heredado de padecer la mayoría de las enfermedades autoinmunitarias es atribuible a múltiples loci génicos, pero la mayor contribución es el CPH
los principales factores en el desarrollo de la autoinmunidad son la herencia de genes de susceptibilidad y los desencadenantes ambientales como las infecciones.