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| Pregunta | Respuesta |
| Wie können Gene durch Danenbanksuche identifiziert werden? | Durch Query und compare! |
| Was bedeutet Query? | uncharakterisierte Sequenzen werden mit allen Sequenzeinträgen der Datenbank verglichen Match deutet auf wirkliches Gen hin Dies kann auf Protein (Aminio) oder Gen (Nucleotid) Ebende geschehen |
| Was ist Nt-Substitution und As- Austausch | Nt- Substitution? - Eine Base wird durch eine andere ausgetauscht As- Austausch? - Eine Aminos. wird durch eine andere ausgetauscht |
| Suche ich auf Protein oder auf DNA Ebene? | DNA-> Hohe verwandtschaft, Anhäufen der Mutationen (stille Mutationen) je nach dem wie viel Zeit vergangen ist Protein-> Ähnlichkeit der Sequenzen selektiert auf Funktion des Proteins Bleiben lange konserviert |
| Was ist BLAST wofür steht es? | Basic Local Alignment Search Tool Werkzeug zur Suche in Sequenzbanken |
| Wie funktioniert BLAST? | Suchsequenz (Query) wird in kleine Schipsel zerteilt, die sich überlappen (Man spricht von überlappenden "words" mit länge w) Suche nach 2 Hits in der Datenbanksequenz ("subject") mit einer bestimmten Fensterlänge (ein „word hit“ liegt vor, wenn das ‚word‘ exakt oder in ähnlicher Form (threshhold-Score >T) erkannt wird) Danach erfolgt die verknüpfung über Lücken (lokales optimales alignment verlängert, bis Score S durch mismatches stark abfällt) Es entsteht ein High-scoring- Segment Pair (HSP) |
| Was erkennt BLAST ebenfalls? | erkennt bei Proteinen auch biochemische Ähnlichkeiten! |
| Wie bewertet BLAST die Signifikanz eines Treffers? | mit dem E- Value! |
| Wie ist der E- Vaue definiert? | EXPECTATION VALUE Der E-Wert gibt die Anzahl von Treffern an, die man aus Zufall beim Durchsuchen einer Datenbank der verwendeten Größe erhalten kann. - ist normalisiert auf Datenbankgröße |
| Was gibt ein niedriger/hoher E-Value an? | hoch-> Alignment an zufälligen Events hoch (nicht sehr signifikant) niedrig-> Alignment sehr ähnlich, nicht vom Zufall abhängig |
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