Unidad No. 4

Pregunta	Respuesta
Unidad No. 4 Diseño de compuestos activos basado en el receptor Elaborado por: Vásquez Cerqueda I. David	FIN
¿Qué es docking? Búsqueda del modo de unión preferido del ligando en un complejo ligando-receptor	.
Posibilidades del docking Elucidar mecanismo de acción Optimización de la actividad	.
Se necesita... -Estructura del ligando -Estructura de la diana biológica	.
Ejemplos de bibliotecas químicas comerciales ZINC MDL CHEMSTAR	.
Programas para hacer docking Glide AutoDock Dock FRED	.
Consideraciones para el ligando Estado de protonación, tautomerismo y flexibilidad durante el docking	.
Etapas del docking 1 Búsqueda 11 Cálculo de energía (scoring)	.
Validación de protocolos de Docking Reproducir coordenadas de ligando, si es que hay (RMDS) Modo de unión reportado	.
Post-procesamiento Selección automatizada -Ranking -Score	.
Eliminar falsos positivos Consensus Docking Consensus scoring	.
En qué no es tan bueno el Docking En el scoring	.
Complicaciones del diseño de NOVO La síntesis del compuesto puede ser dificil	.
Desventajas del diseño con base a fragmentos Es necesaria la caracterización estructural, más costoso La síntesis para unir fragmentos puede ser complicada

Resumen del Recurso

	Creado por David Vásquez Cerqueda hace más de 8 años