Abrir BLAST N

Descripción

Mapa Mental sobre Abrir BLAST N, creado por jhonnylml el 06/03/2015.
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Mapa Mental por jhonnylml, actualizado hace más de 1 año
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Creado por jhonnylml hace más de 9 años
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Resumen del Recurso

Abrir BLAST N
  1. Usar BLAST n para buscar identidades con el primer oligo
    1. Usar BLAST n para buscar identidades con el segundo oligo
      1. Verificar que sea la CDS del mismo gen en ambas búsquedas
        1. Cálculo del producto amplificado
          1. La mayor posición del REVERSE menos la menor posición del FORWARD
            1. Entrar en el ID de la secuencia
              1. Cambiar la región mostrada a la amplificación de los primers (804 a 1591)
                1. Convertir a formato FASTA la región amplificada
                  1. Copiar la secuencia y pegarla en el NEB cutter
                    1. Analizar el mapa de restricción y seleccionar Custom digest
                      1. Seleccionar la enzima definida por el artículo (MspA 1I)
                        1. Elegir el gel de agarosa al 2% y visualizar en el gel la simulación.
                          1. Analizar el patrón de bandas generado y su longitud
                            1. Se observan 4 bandas de longitud:
                              1. 343pb, 304 pb, 73pb y de 68pb
                              2. Razonar qué ocurriría si no existe un corte en la posición 141 del producto amplificado, o bien 945 del gen, equivalente a el codón 315
                                1. Al eliminarse el corte entre la posición 141 y la 142, las bandas generadas aquí no se separarían:
                                  1. Entonces la de 68pb y la de 343pb permanecen juntas, generando:
                                    1. Sólo 3 bandas de la siguiente longitud:
                                      1. 411pb, 304pb y de 73pb.
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