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Alineamiento de secuencias
- Alineamientos múltiples
- Clustal W: Para propósitos en
general de alineamientos
múltiples ya sea DNA o
proteínas
- COBALT:
constraint-based
alignment tool para
alineamientos de
proteínas
- Clustal X: windows interface
for the ClustalW multiple
sequence alignment program.
- T-Coffe: Alinea RNA,
DNAo proteínas
- MUSCLE: Especial
para proteínas y
alineamientos
medios
- Clustal W: Para propósitos en
general de alineamientos
múltiples ya sea DNA o
proteínas
- Alineamientos locales
- Blastn:Más
comúnmente usado
para comparar
secuencias
nucleotídicas contra una
base de datos
- Blastp: Blas con gaps,
compara secuencias
aminoacídicas y usa
matrizes BLOSUM o PAM
- Blast2seq: Alineamiento
local de dos secuencias
- Blastn:Más
comúnmente usado
para comparar
secuencias
nucleotídicas contra una
base de datos
- Alineamiento global
- Emboss Needle: Para 2
secuencias utillizando el
algoritmo
Needleman-Wunsch
- Emboss Stetcher: Versión
mejorada del algoritmo
N-W.Permite alinear secuencias
más largas
- Emboss Matcher:
Identifica similitudes
locales de 2 seq
usando LALIGN
- Emboss Water:
Usa el algoritmo
Smith-Waterman
para realizar
alineamiento
local de 2 seq
- Needleman-Wunsch:
Algoritmo para alineamientos
globales
- Emboss Needle: Para 2
secuencias utillizando el
algoritmo
Needleman-Wunsch
- Programas
- BioEdit: Easy-to-use sequence
alignment editor and sequence
analysis program
- MEGA:alineamientois múltiples, locales,
árboles filogenéticos, etc
- BioEdit: Easy-to-use sequence
alignment editor and sequence
analysis program
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