CGH y su aplicación en el cancer

Consideracion tecnicas en CGH
1. Señales de Hibridación
  1. Señales deben ser intensas, especificas y cuantitativas para detectar los cambios en el numero de copias
    1. La intensidad puede ser afectada por la composicion de la base, proporcion de secuencias repetidas contenidas y la cantidad de DNA hibridable en la matriz de elementos.
  2. La produccion de variables entre las diferentes matrices se compensa con precision
  3. Una estrategia alternativa, para evitar errores, es la hibridación de un solo genoma en una matriz y compararlo con un resultado de control histórico; poniendo más filtros de control en la reproducción de las matrices e hibridar en condiciciones optimas podemos evitar reducción de la información.
  4. Las señales más intensas a partir de elementos de la matriz de mayor complejidad resultan en una mejor precisión de la medición , lo que permite la detección de los límites de transición de una sola copia.
  5. Elementos pequeños de la matriz potencialmente pueden proporcionar mayor resolución genómico si la medición o si la aplicación se centra en la detección de aberraciones multicopia .
2. Características del genoma y la medición del número de copias
  1. El cambio en la relación producida por un cambio del número de copias se ve afectada por varias características intrínsecas del ADN de la muestra.
    1. + Importante son las altas secuencias repetitivas dispersas por todo el genoma mamifero
    2. La hibridación de la secuencias de DNA
    3. Bloqueo de la secuencia
    4. Determinación de señal de pruebas y de referencia
    5. Graficación de las señales.
      1. Se determina el rango de cambios del numero de copias
      2. Pueden ser lineales o en asa
3. Preparación de la Muestra
  1. La calidad de las preparaciones de ADN genómico tiene un efecto sustancial en los datos resultantes
  2. Hay una clase desconocida de contaminantes que de vez en cuando copurifican con el ADN y producen anormalidades en las proporciones
  3. Los problemas de calidad del ADN son especialmente graves cuando se analiza el tejido fijado en formol
    1. Una de las dificultades se puede determinar con precisión en la cantidad de ADN presente en una muestra debido a los contaminantes de la sección de un tejido o procedimiento de aislamiento pueden interferir con fluorimetría estándar y mediciones de absorbancia
  4. La cantidad de las muestras de ADN es con frecuencia una restricción en mediciones de CGH
  5. La necesidad de obtener analisis de pequeñas especimenes, o pequeñas regiones de especies heterogeneas, motiva el esfuerzo por desarrollar un genoma completo de procedimientos de amplificación
4. Analisis de Información
  1. Una serie de enfoques primarios procesadoras se han aplicado para obtener perfiles de proporción
  2. El genoma posee muchas variaciones cuya importancia biologica en la normalizacion es incierta porque solo una pequeña proporción del genoma esta dentro del radio normal.
  3. Aunque los principales aberraciones en un genoma son con frecuencia evidente mediante inspección, un gran número de criterios se han desarrollado para mejorar la interpretación ante la medición de ruido
    1. El más simple es aplicar umbrales, que pueden elegir por el examen de la distribución de todas las proporciones medidas. En tumores no se puede utilizar este método.
  4. Los enfoques estadísticos limitados a un examen de los perfiles de relación no pueden evaluar la fiabilidad de una relación de aberración que afecta sólo a un único elemento de la matriz.
CGH
1. Da un escaneo completo del genoma de las variaciones en el número de copias de ADN
2. Puede comparar entre dos genomas simultaneamente con sus etiquetas correspondientes.
3. La información es típicamente normalizado manera que la relación modal para el genoma se establece a algún valor estándar
4. BACs
  1. Fueron los enfoques iniciales para la detección de ADN obtenidos directamente de inserciones largas de clones genómicos
  2. Incluye ligacion por PCR, PCR primer degenerado utilizando uno o varios sets de primers y amplificacion por ciorculo rodante
  3. Daba información completa de la ruta del genoma de los mamiferos
  4. La informacion era de acidos nucleicos menos complejos
5. Los diferentes enfoques básicos proporcionan diferentes niveles de rendimiento
6. CGH es tambien usada ampliamente para el análisis de anomalías constitucionales
Aplicaciones del CGH en Oncología
1. El desarrollo de tumores resulta en la expansion clonar de las celulas que acumula muchas aberraciones geneticas
  1. Las anomalias actúan solas o en conjunto para alterar las funciones o expresion de los componentes celulares
  2. Se pueden producir muchos tipos de inestabilidad como mutaciones puntuales, reordenamientos cromosomicos, anormalidades de dosificación de ADN, alteración de las secuencias de microsatélites y cambios epigenéticos
2. La matriz de CGH proporciona un punto de entrada de gran alcance para los estudios de cáncer.
3. La matriz de CGH brindara informacion de las ubicaciones importantes de los genes del cancer, mientras que en otros, será poco informativo
4. La inestabilidad genomica y la heterogeneidad no es detectable por CGH
5. Identificación de genes importantes en las regiones de cambio de número de copia es una tarea compleja
6. Medición de la expresión génica a nivel de ARN o proteína es crucial para la evaluación de candidatos.
  1. Si un gen es un objetivo de la selección en la región de número de copia aumentó, se debe sobreexpresar en los tumores que se amplifican

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