Se utilizó como referencia
la especie más cercana
filogenéticamente (Setaria
italica). Hubo problemas
pasando de SAM a BAM
SOAP2
Se utilizó como referencia Setaria
italica, Zea maiz y Oryza sativa. Sólo
funcionó con S. italica. El programa
generó un SAM y se pudo pasar a
BAM. Generó un fasta
(Kikuyo_pilon.fasta).
BLAST
Local
Nota:
Blast con la secuencia de los genes en otras especies (maíz, arroz, miyo y trigo) y el kikuyo_pilon
Se encuentra match
con varias secuencias
del gen amt1.1
Nota:
El mejor resultado fue con Triticum aestivum.
Resultado de blast:
NC_0284501_Pilon/sp:Triticum/%id:89.56%/a.l: 1418/s-e:3144(4354-5770)/ss-e:5-1412
Blast local con
lib 1 y 2
Se encuentra match con dos
scaffold en ambas librerías:
lib1: scaffolds 94740 - 94741;
lib2: scaffolds 62640 - 106864
Se extraen las secuencias
de los scaffolds de ambas
librerías. Se comparan
con las secuencias de los
genes en T. aestivum y las
demás sp.
Los dos scaffolds tienen
secuencias compartidas
iguales y se fusionan
ClustalW
Buenos resultados en
relación a las otras sp (estos
resultados se obtuvieron con
la librería 1; la librería 2 tuvo
malos resultados)
Se encuentra match
con varias
secuencias del gen
amt 2.1
Nota:
varios resultados con alto porcentaje de identidad. Se extraen las secuencias y se analizan con clustalW.
Los mejores resultados fueron las secuencias 2 y 7. Se escoge la secuencia 2 porque es igual que la 7 pero más extensa.
Resultado de blast:
sc: NC_0284541_pilon/sp:o.sativa/%id:81.22 - 74.62/al:905 - 457/qs-e:4245(8403-9299) - 4246(0348-0792)/ss-e:(354-1230) - (1225-1672)
Blast local con
lib 1 y 2
Se encuentra match con dos
scaffold en ambas librerías:
lib1: scaffold 574808 x2; lib2:
scaffolds 131252 - 160840
Se extraen las secuencias
de los 3 scaffolds y se hace
clustalW. Se fusionan para
obtener una secuencia
consenso.
ClustalW
Se comparan con las otras
especies y se obtienen
buenos resultados