Para el funcionamiento del SISPLAN se establece como principios la integralidad, la subsidiariedad, la participación social, la equidad y la eficiencia.
La integralidad determina que las decisiones adoptadas en el proceso de planificación se asienten en la interrelación e interdependencia de:

El ámbito económico, el ámbito social, el uso racional de los recursos naturales y la
gobernabilidad.
Las políticas y acciones del conjunto de sectores que constituyen cada uno de los ámbitos mencionados.
Los aspectos territoriales, sectoriales y ambientales de los planes en cada ámbito y jurisdicción de los niveles e instancias del SISPLAN.
Los planes de desarrollo, la programación de mediano y largo plazo y las normas básicas y complementarias.

La Subsidiariedad establece una organización administrativa descentralizada de las actividades de planificación.
Las instancias y entidades de los distintos niveles del SISPLAN deben planificar en el ámbito de su jurisdicción y competencia.
La participación social determina el carácter participativo del proceso de planificación en todas sus fases, etapas y niveles, en particular en el establecimiento de las prioridades de la demanda social y su compatibilización con la oferta estatal.
La equidad asegura, en los planes y programas de desarrollo, una mejor correlación de la diversidad social y territorial en la participación en los procesos de toma de decisiones, en el acceso a los recursos productivos, financieros y no financieros, en las oportunidades y servicios.
La eficiencia optimiza en los planes, programas y proyectos el uso de los recursos para maximizar la satisfacción de la demanda social.

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SISTEMAS NACIONALES DE PLANIFICACION E INVERSION PUBLICA