La población indígena fue una gran preocupación para la política de la Corona. Ante la reducción demográfica indígena, las ordenanzas coloniales procuraron evitar el agravamiento de la condición social de los indígenas e intentaron controlar instituciones como la encomienda, la esclavitud o el trabajo forzoso. De esta manera, se tendió a asegurar la propiedad indígena y rehacer el gobierno de los indígenas en sus comunidades, resguardos y pueblos.