gina_evans0312
Test por , creado hace más de 1 año

(Basics) Structural Basis for Biological Function Test sobre Domains & Domain Classification, creado por gina_evans0312 el 13/12/2013.

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gina_evans0312
Creado por gina_evans0312 hace más de 10 años
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Domains & Domain Classification

Pregunta 1 de 37

1

Of known structures (60-80% of genes) how many are multidomain proteins?

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • 40

  • 50

  • 60

  • 30

Explicación

Pregunta 2 de 37

1

Different combinations of domains are advantageous because they allow the organism to specialise

Selecciona uno de los siguientes:

  • VERDADERO
  • FALSO

Explicación

Pregunta 3 de 37

1

How can we recognize domains?

Selecciona una o más de las siguientes respuestas posibles:

  • DNA sequencing

  • Amino acid sequencing

  • Structure

  • Topology (fold)

Explicación

Pregunta 4 de 37

1

Why are DNA/amino acid sequencing of little use when investigating relationships between proteins?

Selecciona una o más de las siguientes respuestas posibles:

  • As diversion occurs, sequence patterns are lost even as the fold remains the same

  • They can detect short evolutionary relationships only

  • The techniques for reading the sequences are unreliable

  • Identical sequences can give different aa sequences/folds

Explicación

Pregunta 5 de 37

1

When investigating using structure, how do we identify domains?

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • Amino acid sequence

  • Domains have the same fold

  • The interaction of the protein with other proteins

Explicación

Pregunta 6 de 37

1

There is a limited number of folds in nature (10^3-4)

Selecciona uno de los siguientes:

  • VERDADERO
  • FALSO

Explicación

Pregunta 7 de 37

1

Structural similarity occurs from what kind of evolution?

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • Divergent

  • Convergent

Explicación

Pregunta 8 de 37

1

Sequence is more highly conserved than protein structure

Selecciona uno de los siguientes:

  • VERDADERO
  • FALSO

Explicación

Pregunta 9 de 37

1

Define convergent evolution

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • The independent evolution of similar features in different lineages

  • The carrying of a feature from a common ancestor into two lines, which allows the reconvergence of the two lines into a single species again

  • The dependent evolution of similar features in two species that interact/co-operate closely

Explicación

Pregunta 10 de 37

1

How does the CATH system establish taxonomy?

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • Cut proteins into domains and use computor analysis to group domains

  • Uses structure based analysis

Explicación

Pregunta 11 de 37

1

Which of the following classifications would be in the Class portion of the CATH system

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • Connectivity of fold

  • Barrel

  • Mostly alpha

Explicación

Pregunta 12 de 37

1

Which of the following would be in the Architecture domain of the CATH system

Selecciona una o más de las siguientes respuestas posibles:

  • Mostly beta

  • Both

  • Two layer sandwitch

  • Connectivity of fold

  • Barrel

Explicación

Pregunta 13 de 37

1

Put the following in order of their use in the CATH system
A- Class
B- Sequence Superfamily
C- Homologous Superfamily
D-Architecture
E- Topology

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • A-D-E-C-B

  • B-A-C-E-D

  • D-E-A-B-C

Explicación

Pregunta 14 de 37

1

There are 3 classes, 32 architectures and 820 topologies in the CATH system

Selecciona uno de los siguientes:

  • VERDADERO
  • FALSO

Explicación

Pregunta 15 de 37

1

The SCOP classifications, in descending order, are Class-Superfamily-Family-Fold-Species

Selecciona uno de los siguientes:

  • VERDADERO
  • FALSO

Explicación

Pregunta 16 de 37

1

What is the specification after Superfamiy in the Pfam system?

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • Fold

  • Architecture

  • Clade

Explicación

Pregunta 17 de 37

1

All the systems agree in _% of cases

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • 30-40

  • 40-50

  • 50-60

  • 60-70

Explicación

Pregunta 18 de 37

1

To be homologous, two proteins must have two of which of the following in common?

Selecciona una o más de las siguientes respuestas posibles:

  • Structural Similarity

  • Sequence Similarity

  • Functional Simiarity

  • Species Similarity

  • Genus Similarity

Explicación

Pregunta 19 de 37

1

What is the following describing- a protein contained in two different species with a similar function due to divergent evolution

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • Orthologues

  • Paralogues

Explicación

Pregunta 20 de 37

1

What is the following describing- changes to a sequence following gene duplication leads to a variant copy with an additional (usually similar) function in the same species

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • Orthologues

  • Paralogues

Explicación

Pregunta 21 de 37

1

Give the two defining features of orthologues

Selecciona una o más de las siguientes respuestas posibles:

  • RMSD of >4

  • High SI

  • Low SI

  • SI may be high or low

Explicación

Pregunta 22 de 37

1

NAD is a co-enzyme found in all living cells that accepts and donates electrons

Selecciona uno de los siguientes:

  • VERDADERO
  • FALSO

Explicación

Pregunta 23 de 37

1

NAD is made of three nucleotides and a phosphate group

Selecciona uno de los siguientes:

  • VERDADERO
  • FALSO

Explicación

Pregunta 24 de 37

1

Which of the following binds NAD when present in a protein?

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • A Rossman Fold

  • A Sherman Fold

  • A Fieldman Fold

Explicación

Pregunta 25 de 37

1

The Rossman Fold has it's 6 beta sheets arranged in what order?

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • 654123

  • 123456

  • 615243

Explicación

Pregunta 26 de 37

1

In a Rossman fold, the crossover of the strands form the binding site

Selecciona uno de los siguientes:

  • VERDADERO
  • FALSO

Explicación

Pregunta 27 de 37

1

In lactate dehydrogenase, which terminal domain contains the Rossman fold?

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • C

  • N

Explicación

Pregunta 28 de 37

1

What is the role of the C-terminal domain in dehydrogenases?

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • Enzyme specificity

  • Enzyme regulation

  • Enzyme catalytic activity

Explicación

Pregunta 29 de 37

1

Lactate dehydrogenase catalyses lactate --> oxaloacetate

Selecciona uno de los siguientes:

  • VERDADERO
  • FALSO

Explicación

Pregunta 30 de 37

1

Malate dehydrogenase is structually identical to LADH, so why do they have different substrates?

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • An SI of 17%

  • They operate in cells where only one or the other is avalible

  • Lactate and malate are structurally identical, but have different components

Explicación

Pregunta 31 de 37

1

How can we tell two proteins are not homologues?

Selecciona una o más de las siguientes respuestas posibles:

  • They have a different function

  • They have a different S.I

  • They're found in different species

  • They're structurally different

Explicación

Pregunta 32 de 37

1

What is the following descrbing- the existence of a shared ancestry between two structures (in this case proteins)

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • Homology

  • Divergent evolution

  • Convergent evolution

Explicación

Pregunta 33 de 37

1

Alcohol dehydrogenase contains a Rossman fold

Selecciona uno de los siguientes:

  • VERDADERO
  • FALSO

Explicación

Pregunta 34 de 37

1

ADH and LDH have an RMSD of 2.2 & an S.I of 17%- what relationship do they share?

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • Orthologues

  • Paralogues

Explicación

Pregunta 35 de 37

1

In the case of sequence diversity between proteins, surface residues change less than core/functional site residues

Selecciona uno de los siguientes:

  • VERDADERO
  • FALSO

Explicación

Pregunta 36 de 37

1

Where do residue insertions usually occur?

Selecciona una de las siguientes respuestas posibles:

  • In the functional site

  • In loops connecting secondary structures

  • In alpha helices

Explicación

Pregunta 37 de 37

1

The functional diversity of a domain superfamily depends on the fold

Selecciona uno de los siguientes:

  • VERDADERO
  • FALSO

Explicación

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