Os répteis conquistaram definitivamente o ambiente terrestre. Possuem placas epidérmicas constituídas de queratina. O tubo digestório é completo com glândulas anexas. O intestino termina numa cloaca. A respiração é pulmonar, mas as tartarugas marinhas também podem fazer a respiração cloacal. Os pulmões dos répteis possuem um número maior de alvéolos, tendo, portanto, uma superfície respiratória maior que a dos pulmões dos anfíbios.
Nas tartarugas marinhas, a cloaca apresenta sacos vascularizados e paredes finas que funcionam como “brânquias cloacais”, quando os animais estão submersos. O animal permite a entrada de água pela cloaca com a finalidade de absorver o oxigênio dissolvido nela. Esse mecanismo permite que o animal fique submerso por um tempo maior.
A circulação dos répteis é fechada, dupla e incompleta. O coração é tricavitário (exceto nos répteis crocodilianos, em que é tetracavitário). Também ocorre mistura de sangue venoso com sangue arterial. Entretanto, essa mistura se dá em menor escala que nos anfíbios, devido à presença do septo de Sabatier. Forâmen de Panizza: pequenos orifícios que permitem uma pequena mistura dos dois tipos de sangue. Os répteis são animais uricotélicos e fazem sua excreção através de rins metanéfrons. Muitas espécies marinhas (tartarugas e lagartos marinhos) possuem glândulas de sal que, por meio de transporte ativo, excretam o excesso ingerido. O sistema nervoso é cerebroespinhal e está subdividido em SNC e SNP. Nas cobras e nos lagartos, existem também os órgãos de Jacobson, de função olfativa, e, nas cobras peçonhentas, as fossetas loreais (termorreceptores e capazes de detectar, através da percepção do calor, a presença de presas, mesmo no escuro). Fecundação interna. Desenvolvimento direto. Durante o desenvolvimento embrionário, além do saco vitelino, formam-se outros anexos: âmnio, alantoide e córion.

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