Inició la construcción del ferrocarril de La Dorada; así
mismo, la primera etapa del ferrocarril de Girardot e
impulsó el ferrocarril de Buenaventura.
Fomentó las ferrerías de Samacá y La Pradera,
en los Estados de Boyacá y Cundinamarca.
Introdujo en el país el servicio del cable submarino, que
puso a Colombia en comunicación con todo el mundo.
Estimuló la navegación por el río
Magdalena y por los ríos Lebrija y Sinú.
1884 -1886
Le correspondió afrontar la guerra civil de
1885, promovida por el liberalismo radical
para derrocarlo a él y a la Regeneración.
El ejército radical fue completamente derrotado, con un
elevadísimo número de muertos, Triunfante pues el
gobierno de Núñez, se dio paso a la aprobación y sanción
de la Constitución Política de 1886, que estructuró en
forma definitiva la República de Colombia.
La nueva Constitución Política, meta de la Regeneración, fue
sancionada el 5 de agosto de 1886 por el nuevo presidente del país José
María Campo Serrano puesto que el 30 de marzo de 1886, el Consejo
de Delegatarios aceptó la separación del cargo de presidente a Rafael
Núñez .
Presidencia de la República de Colombia
1892 -1894
Nuñez dejó actuar a los
vicepresidentes en el gobierno. Se retiró a su
hacienda de El Cabrero, en Cartagena, en
compañía de su amada Soledad Román. Allí
murió, el 18 de septiembre de 1894. Su
pensamiento y acción en el movimiento de la
Regeneración, llevaron a una relativa
estabilidad de Colombia en la primera mitad
del siglo XX.
1887 -1888
En las elecciones del 20 de mayo de 1888 Carlos Holguín Mallarino fue nombrado presidente por el
Congreso de la República por unanimidad de votos. Núñez entregó el poder el día 7 de agosto,
regresó a su casa en El Cabrero y se dedicó nuevamente a escribir artículos en diversos periódicos del
país.