Secuenciación y ensamblaje de Kikuyo

1. BLAST
   1. Local

      Annotations:

      • Blast con la secuencia de los genes en otras especies (maíz, arroz, miyo y trigo) y el kikuyo_pilon
      1. Se encuentra match con varias secuencias del gen amt1.1

         Annotations:

         • El mejor resultado fue con Triticum aestivum.  Resultado de blast: NC_0284501_Pilon/sp:Triticum/%id:89.56%/a.l: 1418/s-e:3144(4354-5770)/ss-e:5-1412
         1. Blast local con lib 1 y 2
            1. Se encuentra match con dos scaffold en ambas librerías: lib1: scaffolds 94740 - 94741; lib2: scaffolds 62640 - 106864
               1. Se extraen las secuencias de los scaffolds de ambas librerías. Se comparan con las secuencias de los genes en T. aestivum y las demás sp.
                  1. Los dos scaffolds tienen secuencias compartidas iguales y se fusionan
                     1. ClustalW
                        1. Buenos resultados en relación a las otras sp (estos resultados se obtuvieron con la librería 1; la librería 2 tuvo malos resultados)
                           1. Secuencia gen Amt 1.1

                              Attachments:

                              • Resultados amt11
      2. Se encuentra match con varias secuencias del gen amt 2.1

         Annotations:

         • varios resultados con alto porcentaje de identidad. Se extraen las secuencias y se analizan con clustalW.  Los mejores resultados fueron las secuencias 2 y 7. Se escoge la secuencia 2 porque es igual que la 7 pero más extensa. Resultado de blast: sc: NC_0284541_pilon/sp:o.sativa/%id:81.22 - 74.62/al:905 - 457/qs-e:4245(8403-9299) - 4246(0348-0792)/ss-e:(354-1230) - (1225-1672)   
         1. Blast local con lib 1 y 2
            1. Se encuentra match con dos scaffold en ambas librerías: lib1: scaffold 574808 x2; lib2: scaffolds 131252 - 160840
               1. Se extraen las secuencias de los 3 scaffolds y se hace clustalW. Se fusionan para obtener una secuencia consenso.
                  1. ClustalW
                     1. Se comparan con las otras especies y se obtienen buenos resultados
                        1. Secuencia gen Amt 2.1

                           Attachments:

                           • Resultados amt21
      3. No se encuentra match para el gen Nrt 1.1
   2. Blast2go
      1. No terminó el programa, el pc se bloquea

1. Blat
   1. Se llenó la memoria del servidor
2. Integrado con Blat. La memoria del servidor se llenó

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• Metassembler

1. Se modificaron los reads y el programa funcionó
   1. Resutlado: 236.043 scaffolds

1. No mejoró los resultados anteriores. El número de Scaffolds sigue siendo el mismo en comparación con SOAPdenovo

Annotations:

• El problema debe estar en el nombre de los reads

Annotations:

• Los kmer los definió el programa. No los evaluó todos, y los que evaluó, sólo realizó contigs.

Annotations:

• Ver tabla comparativa

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• Resultados

1. BLAST local
   1. Resultados positivos para el gen Nrt2.1

      Attachments:

      • Resultados 2