Copy and Edit

Bioinformatik - Datenbanken

Description

Datenbanken beinhalten Informationen über z.B. Proteine, Nukleotidsequenzen etc. Dieses Mindmap bietet einen Überblick über die bekanntesten Datenbanken in der Bioinformatik.
Svenja
Mind Map by Svenja, updated more than 1 year ago
Svenja
Created by Svenja almost 11 years ago
102
1
0

Resource summary

Bioinformatik - Datenbanken
  1. PDB (Proteindatenbank)
    1. Proteinsequenzen und exakte 3D-Strukturen
    2. Datenbanksuche
      1. BLAST
        1. E-Value
        2. FASTA
          1. E-Value
          2. SEARCH
            1. PHI BLAST
              1. MEME
                1. PRATT
                  1. PSI BLAST
                    1. Positions Spezifisch Iterativ, entsprechende Matrix: PSSM (profil-/positionsspezifische Score Matrix
                      1. d.h. Matrix wird immer individuell berechnet!
                        1. Iteratives Suchen = Profil wird immer mehr verbessert, da immer neue (bessere) PSSMs generiert werden
                    2. PROSITE
                      1. erstellt Proteinsequenzen mit speziellem Code
                        1. Proteindomänen, -sequenzen, -motifen, -strukturen
                        2. PFAM
                          1. Protein Familien
                            1. HMM
                            2. GOLD
                              1. Genome On Line Database
                                1. enthält vollständige Genomsequenzen
                                2. Anderes
                                  1. NCBI

                                    Annotations:

                                    • National Center for Biotechnology Information
                                    1. verlinkt viele Datenbanken (ist aber selber ansich keine)
                                    2. Ensembl
                                      1. Software, die automatisch Vermerke zum eukaryotischen Genom anlegt (z.B. Marker, SNPs, ...)
                                      2. Computational Genomics
                                        1. Software, die Statistiken über Gene macht (z.B. #Promotoren)
                                        2. SSAP
                                          1. Proteinstruktur per Vektoren, berechnet Vektordifferenzen
                                            1. Score S = 500 / (Vektordifferenz+10)
                                            2. Expasy
                                              1. verlinkt viele Datenbanken (ist aber selber ansich keine)
                                              2. Sekundärstrukturen
                                                1. Chou Fasman
                                                  1. GOV
                                                    1. Levin
                                                      1. Rost und Sander
                                                    2. UCSC Genome Browser
                                                      1. Genome von Vertebraten sind einsehbar
                                                      2. SCOP
                                                        1. Klasse -> Faltung -> Superfamilie -> Familie
                                                          1. visueller Vergleich
                                                          2. CATH
                                                            1. Klasse -> Architektur -> Topologie -> Homologe Superfamilie
                                                              1. evolutionärer Vergleich
                                                              2. FSSP
                                                                1. MMDB
                                                                  Show full summary Hide full summary

                                                                  Want to create your own Mind Maps for free with GoConqr? Learn more.

                                                                  Similar

                                                                  Sequenzmotife, Genomanalyse und Proteinfaltungsproblem
                                                                  Svenja
                                                                  Homologiemodellierung
                                                                  Svenja
                                                                  Herz-, Kreislauf- und Blutphysiologie
                                                                  Svenja
                                                                  Bioinformatik - Zusammenfassung
                                                                  Svenja
                                                                  Haut und Thermoregulation
                                                                  Svenja
                                                                  Bioinformatik - Vorwissen
                                                                  Svenja
                                                                  Atmung
                                                                  Svenja
                                                                  Lichteinflüsse in der Physiologie
                                                                  Svenja
                                                                  GCSE CHEMISTRY UNIT 2 STRUCTURE AND BONDING
                                                                  ktmoo.poppypoo
                                                                  Cells - Biology AQA B2.1.1
                                                                  benadyl10
                                                                  Using GoConqr to study Economics
                                                                  Sarah Egan
                                                                  Browse Library