DOGMA CENTRAL

*ALELO: información que tengo en un determinado locus.

  Es la información que tengo en una determinada posición del genoma. 

*ALELO: información que tengo en un determinado locus.

*LOCUS

  Puede hacer referencia a... Un solo nucleótido.  Un conjunto de nucleótidos.  Un exón.  El gen entero.

*Secuencia: orden de los nucleótidos.

*Polimorfismo: cambio en la secuencia del ADN muy frecuente en la población.

> 1%.

SPLICING ALTERNATIVO.

Evento fundamental que permite que se expresen distintos genes y , por lo tanto, se sinteticen distintas proteínas.  Aporta rol funcional a cada tipo celular. 

*EPIGENÉTICA: conjunto de eventos que regulan la expresión de un gen.

"Todo lo que ocurre por arriba del gen." No se altera la secuencia del ADN. 

EVENTOS DE LA EPIGENÉTICA.

Metilación.  Acetilación.  Reordenamiento de las histonas.  ARN de interferencia (ARNi).

CONSECUENCIA DE LA EPIGENÉTICA.

Expresión del gen:   ¿Causa? : mayor compactación del ADN, menor compactación del ADN. ¿Consecuencia? : fenotipo modificado.

¿Cuáles son los mecanismos que modifican la expresión de un gen?

M. epigenéticos. M. transcripcionales.  M. Post-transcripcionales.

MECANISMOS EPIGENÉTICOS.

Metilación.  Acetilación.  Reordenamiento de la cromatina. ARN de interferencia (ARNi).

MECANISMOS TRANCRIPCIONALES.

Factores de transcripción tejido específicos a elementos cis de un gen.  Unión directa de hormonas, factores de crecimiento o intermediarios a elementos inductores de la transcripción. Utilización de promotores alternativos en un gen.

MECANISMOS POST-TRANSCRIPCIONALES.

Capping.  Splicing alternativo.  Poliadenilación alternativa.  NMD (non mediated decay). Control del transporte desde el núcleo al citosol.  Mecanismos de control traduccional.  RNA editing tejido específico.  ARN de interferencia (ARNi).

CROMOSOMA.

Formado por dos cromátides.  Cada cromátide esta formada por una doble hebra de ADN (hebra codificante y hebra molde). 

CARIOTIPO.

Los cromosomas se agrupan según:  Tamaño (brazos).  Autosomas / sexuales (XY(M)/XX (F)). 

CARIOTIPO.

Me permite observar grandes rearreglos cromosómicos.

ESTADOS DE COMPACTACIÓN DE LA CROMATINA.

  Eucromatina.  Abierta.  Accesible.  Genes activos.  Replicación precoz en fase S. Heterocromatina. Compacta.  No accesible.  Pocos genes activos.  Replicación tardía en fase S. 

LOCALIZACIÓN NUCLEAR DE LA CROMATINA.

Genes activos: centro del núcleo.  Genes inactivos: periferia del núcleo. 

ORGANIZACIÓN 3D DEL NÚCLEO.

El núcleo celular puede descomponerse en distintos compartimentos sub-nucleares asociados a: transcripción activa (eucromatina), heterocromatina facultativa y constitutiva.  Cada cromosoma ocupa un espacio delimitado que varía según el tipo celular y el estadío del desarrollo. 

DOMINIOS ASOCIADOS TOPOLÓGICAMENTE (TADs).

GEN: conjunto de secuencias de ADN estructurales (exone e intrones) y reguladoreas, necesarias para codificar un polipéptido funcional o un ARN maduro.

¿Para qué codifica un gen?

  Polipéptido.  ARN maduro.  ARNt. ARNr.

ESTRUCTURA DEL GEN!!!

Secuencia promotora o reguladora.  Secuencia estructural (exón e intrón).  Secuencia de finalización. 

SECUENCIA PROMOTORA: región del ADN a la cual se une la ARN-polimerasa para iniciar la transcripción.

Se puede encontrar tanto en el extremo 5' (dowstream) como en el extremo 3' (upstream) del gen. Está conformada por dos conjuntos de secuencias: proximal y basal (core).  

PROMOTOR BASAL (CORE).

TATA BOX (TATA). Se encuentra -30 pb con respecto al sitio de inicio de la transcripción. 

PROMOTOR PROXIMAL.

CAT BOX (CCAAT).  Se encuentra -100 pb con respecto al sitio de inicio de la transcripción.  Secuencia GC (GGGCGG).  Se encuentra -200 pb con respecto al sitio de inicio de la transcripción. 

SECUENCIA ESTRUCTURAL.

Esta conformada por exones e intrones.  Comienza y finaliza con un exón. 

SECUENCIA DE FINALIZACIÓN.

SITIO DE INICIO DE LA TRANSCRIPCIÓN.

Codón de inicio: AUG.  Puede encontrarse en el exón 1, 2...

SITIO DE FINALIZACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN.

Codón de terminación: UAA, UAG, UGA.

SECUENCIAS QUE FORMAN PARTE DEL ARNm maduro.

  5' CAP.  5' UTR (untranslated region).  Exones.  3' UTR. Señal de agregado de poli A: india que la trancripción del gen debe finalizar a 100 bases de la señal.  Cola poli A,

TODOS LOS PROCESOS DE SINTESIS TIENEN LUGAR EN DIRECCIÓN 5' --> 3'.

SECUENCIAS IMPORTANTES.

Promotor.  Exones.  Intrones.  Sitio de inicio de transcripción.  Región 5' no traducida (5' UTR).  Región 3' no traducida (3' UTR).  Sitio de inicio y finalización de la traducción.  Secuencias consenso aceptoras y dadoras de splicing.  CAP. Cola de poli A. 

CONCENTRACIÓN DEL ARNm

Velocidad de síntesis / velocidad de degradación. 

LA CONCENTRACIÓN DEL ARNm DEPENDE DE LA ESTABILIDAD.

El ARNm es igual a la hebra codificante que en lugar de timinas posee uracilo en la secuencia.

  Ejemplo:  Hebra codificante: 5' - AGGCCGACTTACG - 3'. Hebra molde: 3' - TCCGGCTGAATGC - 5'.  ARNm : 5'- AGGCCGACUUACG - 3'.  Es complementario a la hebra molde. Es igual a la hebra codificante. 

LOS FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN SE UNEN A LA SECUENCIA PROMOTORA DE LA HEBRA CODIFICANTE DEL ADN.

Secuencia GC de la región promotora proximal del gen. 

SECUENCIAS CONSENSO Y CONSERVADAS

  Consenso: el sentido de los nucleótidos se conserva. Conservada: el sentido de los nucleótidos se conserva evolutivamente.  Ejemplos: TATA box (TATA-A/T-A-A/T).  CAT box (CCAAT).  GC box (GGGCGG). Enhancers.  Silencers.   

ENHANCERS.

MEDIO AMBIENTE.

Actúa sobre... Enhancers.  Silencers.  Insulators.  Promotores basales. 

LO QUE DETERMINA QUE EL GEN A SE ACTIVE Y NO SE ACTIVE EL GEN B ES LA UNIÓN DE DETERMINADOS FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN A LA REGION PROMOTORA DEL GEN.

Los factores de transcripción se van a unir a la región promotora basal del gen (TATA box) y van a reclutar a la enzima ARN polimerasa.

Rta: No.  "Los genes que tienen pocos exones suelen producir la misma proteína."

ROL DEL SPLICING ALTERNATIVO (SA).

Adhseión.  Apoptosis.  Proliferación celular.  Pluripotencia.  Diferenciación.  Metabolismo.  Procesos biológicos. 

ELEMENTOS REGULADORES DE SPLICING.

De acuerdo a su función y localización se clasifican en:  ESE / ESS: exonic splicig enhancers / exonic splicing silencers.  ISE / ISS: intronic splicing enhancers / intronic splicing silencers. 

IMPORTANTE SABER!!!

Estructura del gen.  Función de las secuencias del gen.  Saber cómo va a ser la secuencia del ARNm si se otorga una doble hebra de ADN.