7.1 Transkription

Beskriv cellkärnans uppbyggnad med kärnmembran, kärnmembranporer, kromatin och nukleol (bild).

Vilken funktion har nuclear pore i cellkärnan? Hur kan nucler pore påverka regleringen av transkriptionen etc?

Vad är kromatin och hur är det packad? (bild)

Vad är en nukleosom? Vad består den av?

Nukleosomernas histoner har "svansar" - Vad har dem för funktion?

Vad är en promotor?

Vad är en enhancer?

Vilken funktion har locus control region (LCR)? Finns det alltid?

För att starta en transkription måste man "lösa" två problem, vilka?

Hur sker en generell transkriptionsaktivering?

Det är många olika signaler som kan integreras vid promotorn. Ge exempel på några och beskriv kort funktionen.

Olika promotorer har olika behov och kan också regleras, Hur?

En transkriptionsfaktor kan vara en hetrodimer - vad är det? Vilka fördelar finns?

Var binder oftast de genreglerande proteinerna i DNA:et? Vad är viktigt för att proteinet ska kunna reglera?

Ge exempel på DNA-bindande strukturer i transkriptionsfaktorer och ett exempel på var just den DNA-bindande strukturen förekommer.

Hur kan genaktiverande proteiner ändra kromatinets struktur?

Ge exempel på olika modifieringar som kan göras på histoners svansar. Vilka aminosyror görs modifieringarna på?

Vad är ett Code-reader complex? Vilken funktion?

Vilken funktion har "Barrier sequences"?

Vilken funktion har "Insulator elements"?

Ge exempel på hur genreglerande proteiner kan regleras.

Vad karakteriserar tidig reglering och sen reglering av transkriptionen?

Transkriptionsfaktorer rekryterar co-aktivatorer och co-repressor - Hur?

Ge exempel på hur en repression av eukaryot transkription kan gå till.

Vad är DNA-metylering?

Kan histonmodifieringsmönstren bevaras vid replikering?

Ge några exempel på reglering av transkriptionsfaktorer.

Hur kan Calcium påverka transkriptionen?

Beskriv kortfattat det centrala dogmat (bild).

Vilka är de tre essentiella delarna för att transkription ska kunna utföras?

Hur ser den kemiska strukturen för RNA ut (bild)? Vilka möjliga kvävebaser?

Vad består RNA:s backbone av? Är en RNA-sträng polär eller opolär? I vilken riktning syntetiseras RNA?

Eukaryoters geners generella uppbyggnad är att det består av introner och exoner. Vad är ett intron och ett exon?

Det humana genomet innehåller ca 25.000 gener men kodar för betydligt fler proteiner, hur är det möjligt?

Vilken funktion har RNA-polymeraser? Måste ett RNA-polymeras ha en primer för att kunna fungera? Används samma RNA-polymeras hela transkriptionen?

Hur vet ett RNA-polymeras när det ska sluta transkripera? Varför är det viktigt med en tydlig stoppsignal?

Hur vet RNA-polymeraset när det ska börja transkripera?

Hur fungerar ett RNA-polymeras? Hur känner det igen promotorn?

Vad är en sigmafaktor? Vilken är den vanligaste?

I eukaryota celler finns tre RNA polymeraser som i princip har olika funktioner. Vilket polymeras är det viktigaste och vilken funktion har detta?

Hur många proteinsubenheter består polymeras II av? Vad krävs för att polymeraset ska kunna "sticka iväg"?

Basal (oreglerad) transkription kräver närvaro av generella transkriptionsfaktorer (GTF) - Vad har dem för funktion? Varför kallas de generella?

TBP är det TATA bindande proteinet. Vad har det för funktion?

Vad är TFIID och vad har det för funktion?

Vilka är det generella transkriptionsfaktorerna? När kommer polymeraset "in"?

Beskriv kort funktion för TFIIA

Beskriv kortfattat funktion för TFIIB

Beskriv kortfattat funktion för TFIIF

Beskriv kortfattat funktion för TFIIE.

Beskriv kortfattat funktionen hos TFIIH.

Hur binder GTF till varandra? Många eller få interaktioner?

Vad är PIC?

Vad är en mediator? Vilken funktion?

Nämn några exempel på faktorer som kan påverka transkriptionselongeringen.

Varför är de post-transkriptionella modifieringarna viktiga?

Vad är 5'-capping? Funktion?

Vad är splicing?

Hur bestäms positionerna för splicing?

Hur sker utklyvningen av intron under splicingen?

Vad är spliceosomen? Funktion?

Vad är viktigt för en korrekt splicing?

Vad är polyadenylering? Funktion?

Hur transporteras färdig-processat mRNA ut till cytoplasman?

Hur kan steroidreceptorer fungera som transkriptionella reglerproteiner?

Hur kan syntes av olika uppsättningar proteiner ske trots att alla celltyper har samma DNA-uppsättning?

Vad är RNA-interferens?

Hur regleras RNA:s stabilitet?