Combien d'haplotypes possible après recombinaison avec ces deux allèles?
8
2
4
9
27
Concernant le lien entre 2 gènes:
Deux nucléotides séparés de 3 cM représente un hotspot
Les haplotypes se forment dans les hotspots
Une fréquence de recombinaison de 100 cM représente un cold spot
Un haplotype reste dans la descendance si il est en équilibre de liaison
Un cold spot est l'endroit du génome ou il y a peu de recombinaison
Le seuil de significativité d'un test statistique de GWAS est valeur p < 0,05
Concernant les différences entre le génome de référence et n'importe quel génome:
Ces deux diffère à 4-5x10^6 sites
La plupart des variants sont des microsatellites
Certains variants sont spécifiques à des populations
Il y a plus de variants chez les populations africaines
Le taux de mutation dans la lignée germinale est de 1x10^ 8 /nucléotide/génération
Un nouveau né possède 50-100 nouvelles mutations par génome
Concernant les maladies génétiques:
La fréquence d'un variant est très indicatif sur sa pathogénicité
Si un variant est présent plusieurs fois dans gnomAD il est probable qu'il soit pathogène
Les maladies rares sont rarement causées par des variants rares
GnomAD est une database contenant 1 milions d'exomes
GnomAD désigne un nain itinérant car il est la contraction de gnome et nomade
ClinVar est une database de variants mais contient également des informations sur leurs significations cliniques
Dans les cellules il y a différents types d'ARN:
Les ARNt représente la quantité d'ARN la plus importante
En moyenne chaque gène à 4 transcrits différents
Des ARNs transcrits non-sense peuvent jouer un rôle dans la régulation de la transcription des gènes
Un ARNm contient la région 5'UTR
Lors du début de la transcription:
Les facteurs de transcription et les éléments régulateurs CRE promeuvent l'assemblage de la machinerie de réplication
L'hélicase est un facteur de transcription
L'ARN polymérase fait une pause après ~60nt
l'hélicase n'intervient pas dans la trasncription
La vitesse moyenne de la transcription de la polymérase est 60 bases par seconde
En l'absence de la boite TATA ou de INR la polymérase va dans les 2 sens
Sur le brin matrice (ou anti-sens), il y a déplétion de site U1 et enrichissement de sites de polyadénylation.
Concernant la régulation de la transcription:
Les TAD sont long de ~1Mb
La cohésine seule permet les insulated neighbourhood
Le CTCF est un facteur de transcription
Les facteurs de transcription se lient dans le petit sillon de l'hélice d'ADN
La méthode ChIP-seq:
Permet de cataloguer l'ensemble des sites de liaison d'un facteur de transcription
Utilise des anticorps mais pas d'immunoprécipitation
Permet de connaitre les facteurs de transcription liés à l'ADN mais pas le profile épigénétique des histones
Ne demande pas un alignement à la séquence référence pour l'analyse
Permet de connaitre la quantité d'ARN transcrit d'un gène
Le facteur de transcription BMAL1:
A un profile de liaison à l'ADN constant
Agit dans le métabolisme des lipides
Agit dans l'endocytose de pathogène
Est un facteur général de transcription
43% des gènes sont circadien dans au moins 1 tissu
Un SNP peut influencer sur la liaison d'un facteur de transcription éloigné (~100kb)
Lors d'une RNA-seq:
On extrait et on analyse l'ARN total des cellules d'un tissu cible
Il n'y a pas de conversion de l'ARN en cDNA
L'unité de mesure count per milion (CPM) est préférée car elle corrige pour la longueur du transcrit
Un gène long aura plus de reads/count qu'un gène court si les deux ont un taux de transcription identique
D'après la photo on peut affirmer que le gène 3 et 4 font la même longueur (FPKM= fragments per kilobase per million)
Quelle méthode permet de cartographier les transcrits naissants à l'échelle génomique?
CLIP-seq
GTEx
RNA-seq
GNT-seq
GRO-seq
Concernant le projet GTEx:
Il a pour but d'analyser les différents variants dans différents tissus chez une centaine de personnes vivante
Un eQTL est un locus qui permet d'expliquer les variations d'expression des ARNm
Il montre que l'effet fonctionnel des variants est similaire dans les différents tissus
On procède à la colocalisation du GWAS et des eQTL