La materia orgánica está hecha de compuestos tales como los carbohidratos, ligninas y proteínas.

El proceso de la descomposición microbiana de la materia orgánica es controlado por
varios factores que incluyen la temperatura del agua, pH, concentración de oxígeno
disuelto, y la composición química de la propia materia orgánica.

Los constituyentes químicos de los vegetales son, generalmente, divididos en siete amplias
categorías:
a) celulosa, el constituyente químico más abundante, que varía en concentración entre el
15 y el 60% del peso seco;
b) hemicelulosa, que generalmente alcanza del 10 al 30% del peso;
c) lignina, comúnmente es del 5 al 30% de la planta;
d) fracción soluble en agua, en la que se incluye azúcares simples, aminoácidos y ácidos
alifáticos, que constituyen del 5 al 30% del peso de la planta;
e) constituyentes solubles en éter y alcohol, que contiene grasas, aceite, ceras, resinas y
una serie de pigmentos;
f) proteínas que tienen en su estructura parte del nitrógeno y del azufre vegetales; y
g) fracción mineral (cenizas): Los constituyentes minerales varían desde el 1 al 13% del
peso total.

Cada organismo individual tiene un complejo de enzimas que le
permitirá oxidar un determinado grupo de compuestos químicos, pero no otros. Si las
sustancias adecuadas están presentes en un estado asequible, los microorganismos
proliferarán, haciendo que puedan vencer en la competición con otros organismos que
tienen potenciales enzimáticos similares y del daño realizado por predadores y parásitos