Después de la conquista de Tenochtitlan, se iniciaron varias expediciones hacia el norte y sur de Mesoamérica, con dos objetivos principales: la búsqueda de metales preciosos (oro y plata) y la evangelización.
La colonización de la zona de Occidente comenzó cuando Cortés mandó a Cristóbal de Olid a Tzintzuntzan (lugar de colibríes), en el actual estado de Michoacán. En tanto, Nuño Beltrán de Guzmán exploró lo que hoy es el estado de Jalisco y fundó la ciudad de Guadalajara en 1530.
Entre 1534 y 1548 se descubrieron yacimientos de plata en lo que hoy son Taxco, en Guerrero, Zacatecas y Guanajuato.
Evangelización.
Predicar y propagar los evangelios y la fe cristiana en un lugar.
Misiones.
Establecimientos ubicados en las zonas que se exploraban y dominaban. Allí habitaban los misioneros, quienes se encargaban de evangelizar a los indígenas del lugar y cultivar las tierras para satisfacer las necesidades de los presidios.
Fraile.
Miembro de una orden religiosa que se dedica a predicar el evangelio fuera de los monasterios. Vivía sólo con lo necesario que obtenía de donaciones y limosnas.
A partir del siglo XV, los territorios y naciones indígenas fueron incorporados por la monarquía española a través de la Conquista de América, formando parte de un proceso histórico más amplio denominado mercantilismo, dando lugar al Imperio español en América. A lo largo del siglo XIX, con la caída del absolutismo y la transformación de España en un Estado liberal, tiene lugar la independencia hispanoamericana
Gracias a la célebre bula del papa Paulo III Sublimis Deus de 1537 que declara a los indígenas hombres con todos los efectos y capacidades de cristianos, hubo un gran contraste entre la colonización española, la anglosajona y francesa en América. En el Imperio Español la unidad social se concebía a través de la unidad de la Fe de la Iglesia Católica.
Una de las importantes consecuencias de esta colonización fue el mestizaje en América. Los Reyes establecieron una política exterior común marcada por los enlaces matrimoniales con varias familias reales europeas que resultaron en la hegemonía de los Habsburgo en Europa durante los siglos XVI y XVII. Por otra parte el descubrimiento de América a partir de 1492 modificó profundamente la historia.