Os discos rígidos, por menores que sejam, possuem milhões de bits, o que exige organizar os dados para poder localizar as informações. Este é o objetivo do sistema de arquivos. Um disco rígido contém várias bandejas circulares que giram em torno de um eixo. As pistas (zonas concêntricas escritas de um lado e do outro da bandeja) estão divididas em quartos chamados de setores (com dimensão de 512 bytes).
A formatação lógica de um disco possibilita criar um sistema de arquivos no mesmo, que vai permitir que um sistema operacional (DOS, Windows 9x, UNIX, entre outros) utilize o espaço no disco para armazenar e utilizar os arquivos. O sistema de arquivos baseia-se na gestão dos clusters (unidade de alocação), ou seja, a menor unidade de disco que o sistema operacional é capaz de gerenciar.
Um cluster é constituído por um ou vários setores, assim, quanto maior for um cluster, menos entidades do sistema operacional ele terá que gerenciar. Por outro lado, já que um sistema operacional só sabe gerenciar unidades de alocação inteiras, ou seja, que um arquivo ocupa um número inteiro de cluster, o desperdício é ainda maior se houver setores por cluster. Compreende-se, então, a importância da escolha do sistema de arquivos.
Na realidade, a escolha do sistema de arquivos deve ser feita de acordo com o sistema operacional utilizado. Geralmente, quanto mais recente o sistema operacional, maior o número de sistemas de arquivos suportados. A partir do Windows 95 OSR2, podemos escolher entre os sistemas de arquivos FAT16 e FAT32. Se, por acaso, a dimensão da partição for superior a 2 GB, o sistema de arquivo FAT16 é excluído, devendo então utilizar o sistema FAT32 (ou alterar a dimensão da partição). Abaixo deste limite, o FAT16 é recomendado para partições com capacidade inferior a 500 MB.
No caso do Windows NT (até a versão 4) podemos escolher entre o sistema FAT16 e o NTFS. Geralmente, o sistema NTFS é aconselhado porque oferece segurança e desempenho maiores em relação ao FAT. A Microsoft recomenda o uso de uma pequena partição (compreendida entre 250 e 500 MB) do tipo FAT para o sistema operacional, para poder inicializar o PC a partir de um disquete DOS de arranque, em caso de problema, e armazenar os dados em uma segunda partição.
No Windows NT5 o leque aumenta, já que ele aceita partições do tipo FAT16, FAT32 e NTFS. Uma vez mais, o sistema de arquivos mais recentes (NTFS 5) é aconselhado, pois oferece mais funcionalidades do que os sistemas FAT. Pelas mesmas razões ditas acima, você pode optar por uma partição do tipo FAT.
Veja na tabela abaixo os sistemas suportados por cada um dos sistemas operacionais: