11332960
Descripción
Mapa Mental por genomica proteomica, actualizado hace más de 1 año
|
Creado por genomica proteomica
hace casi 7 años
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Genómica y Proteómica
- Metaboloma
- Es el conocimiento del
funcionamiento
metabólico de una
célula, de su red
metabolica activa en
una circunstancia dada
- Integrado por metabolitos
- Sintetizados de nuevo por
el propio organismo
- 2500
metabolitos
- 2500
metabolitos
- Incorporados desde el
exterior
- Estudio
- detectar metabólicos
- espectrometrìa de masa
- espectrometrìa de masa
- separación
- cromatorafia en
fase gaseosa
- Cromatograia liquida
de alto rendimiento
(HPLC)
- electroforesisi con
capilares
- cromatorafia en
fase gaseosa
- detectar metabólicos
- Sintetizados de nuevo por
el propio organismo
- Aplicación
- Mayor conocimiento de vías bioquímicas
- Crear el modelo de flujo metabólico
- Estudios
toxicológicos
- función de los
genes
- mutación
- deleciòn
- inserción
- mutación
- Correlacionar los perfiles de
metabolitos de fluidos y órganos
con patologías
- Mayor conocimiento de vías bioquímicas
- Permite describir el estado del organismo,
estudiando las respuestas celulares,
mecanismos de defensa y homeostasis.
- Integrado por metabolitos
- Sumamente dinámico,
- Es el conocimiento del
funcionamiento
metabólico de una
célula, de su red
metabolica activa en
una circunstancia dada
- Proteoma
- Técnicas de
proteómica
- Espectrometría de
masas
- Técnica que permite la separación,
identificación y cuantificación de
moléculas, según su relación
masa|carga en distintas matrices,
después de ionizarse.
- Principio
- Cada molécula tiene
una masa única que es
detectada por el
espectrofotómetro
- Cada molécula tiene
una masa única que es
detectada por el
espectrofotómetro
- Aplicaciones
- Proteómica
- Identidad
de una
proteína
- Modificaciones que
presenta y
modificaciones de la
misma
- Determinar valores
m-z desconocidos
- Funciones de genes por inactivacion o modificacion del gen
- Forward genetics: Primero
fenotipo despues genotipo
- Reverse genetics: De
genotipo a fenotipo
- Se puede perder la funcion, ganancia de
funcion, efecto negativo dominante.
- Modificacion: Modificar la
secuencia de AA
- Inactivacion
- Knock out: Quitar gen y ver
funcionalidad, al azar y target.
- Knock
- Knock out: Quitar gen y ver
funcionalidad, al azar y target.
- Forward genetics: Primero
fenotipo despues genotipo
- Identidad
de una
proteína
- MS de la relación
isotópica
- Diagnóstico de enfermedades
- Localización específica en un
compuesto
- Diagnóstico de enfermedades
- Proteómica
- Proceso
- 1. Ionización: Se ioniza una
proteína por medio de:
- MALDI
- ESI
- Para producir una mezcla de proteínas cargadas
- 2. Separación: determinar la masa
y carga de los iones
- 3. Activación Romper los moléculas
en fragmentos pequeños
- 4. Determinación de la masa: una
computadora compara el espectro
registrado del péptido con todos los
registrados en las bases de datos
para identificarlo
- 4. Determinación de la masa: una
computadora compara el espectro
registrado del péptido con todos los
registrados en las bases de datos
para identificarlo
- 3. Activación Romper los moléculas
en fragmentos pequeños
- 2. Separación: determinar la masa
y carga de los iones
- Para producir una mezcla de proteínas cargadas
- MALDI
- 1. Ionización: Se ioniza una
proteína por medio de:
- Principio
- Técnica que permite la separación,
identificación y cuantificación de
moléculas, según su relación
masa|carga en distintas matrices,
después de ionizarse.
- 2D-GEL
- Metodo para separar proteinas de celulas o de
tejidos, que contienen una mezcla compleja de
proteínas con diferentes propiedades
bioquímicas
- Primer
dimension
- Se carga la proteína en un gel
de tubo de enfoque isoeléctrico.
Se realiza una electroforesis
que separa las proteínas según
su punto isoeléctrico, donde la
carga neta es cero en
comparación con el pH del gel
- Se carga la proteína en un gel
de tubo de enfoque isoeléctrico.
Se realiza una electroforesis
que separa las proteínas según
su punto isoeléctrico, donde la
carga neta es cero en
comparación con el pH del gel
- Segunda
dimension
- Se obtiene la muestra y se coloca en una
SDS-PAGE y con la electroforesis se separaran
las proteínas de acuerdo a su masa
- Se obtiene la muestra y se coloca en una
SDS-PAGE y con la electroforesis se separaran
las proteínas de acuerdo a su masa
- Primer
dimension
- Metodo para separar proteinas de celulas o de
tejidos, que contienen una mezcla compleja de
proteínas con diferentes propiedades
bioquímicas
- Espectrometría de
masas
- Análisis de células
y proteínas
- Citometría de
flujo
- Técnica de análisis que
permite la
caracterización
fenotípica celular
- Método
- El estudio de la dispersión
de la luz y la fluorescencia
emitidas cuando la célula
atraviesa un rayo láser
- El estudio de la dispersión
de la luz y la fluorescencia
emitidas cuando la célula
atraviesa un rayo láser
- Método
- Técnica de análisis que
permite la
caracterización
fenotípica celular
- Células
aisladas de
tejidos
- Método
- Microdisección con
Láser
- Microdisección con
Láser
- Método
- Cultivo célular
- método
- invivo
- invitro
- invivo
- método
- Purificación
- Velocidad de
sedimentación
- Método
- Con una
centrífuga
- Baja velocidad:
homogenización de celulas
- Mediana velocidad: células
completas y citoesceletos
- Alta velocidad: mitocondrias,
peroxisomas y lisosomas
- Super alta velocidad: ribosomas,
virus y macromoléculas
- Baja velocidad:
homogenización de celulas
- Con una
centrífuga
- Método
- Equilibrio de
sedimentación
- Método
- Sin el uso de centrífuga,
por densidad
- Sin el uso de centrífuga,
por densidad
- Método
- De un complejo de
proteínas
- Método
- Al detectar una
proteía del complejo,
se detecta por
completo
- Al detectar una
proteía del complejo,
se detecta por
completo
- Método
- Velocidad de
sedimentación
- Cromatografía
- Columnas solidadas con resinas, que sirven
como filtro, separando los componentes
- Método
- Mediante columnas con
matrices
- Tipos
- Cromatograía de intercambio de
iones
- Cromatrograía de gel de
filtración
- Cromatrografía por
afinidad
- Cromatograía de intercambio de
iones
- Tipos
- Mediante columnas con
matrices
- Método
- Columnas solidadas con resinas, que sirven
como filtro, separando los componentes
- HPLC
- Se utiliza para medir cantidades muy
pequeñas
- Cosas en el ambiente,
componentes de un alimento,
confirmación de un
antidopping
- Cosas en el ambiente,
componentes de un alimento,
confirmación de un
antidopping
- Se utiliza para medir cantidades muy
pequeñas
- Marcaje de proteínas en
celulas vivas
- inmunohistoquímica
- Marcaje de proteínas en un tejido
- Método
- Uso de anticuerpos con proteínas de
diana
- Uso de anticuerpos con proteínas de
diana
- Método
- Marcaje de proteínas en un tejido
- Difracción de rayos
X
- Método
- Se bombardea con rayos X dejando una
sombra, la cual es la forma de la proteína
- Se bombardea con rayos X dejando una
sombra, la cual es la forma de la proteína
- Método
- Hbridación in situ
- Método
- Sonda con isotipo radiactivo que se
acoplara a la proteína diana
- Sonda con isotipo radiactivo que se
acoplara a la proteína diana
- Co-localización
- Cofocal-fluoresencia
- Método
- Citometría de
flujo
- Técnicas de
proteómica
- Genoma
- Técnicas de genómica
- Microarreglos
- Fijación de sondas que
representan los genes,
proteínas o metabólicos
sobre un sustrato sólido
expuesto a moléculas
diana
- Nivel de hibridación entre
sonda y muestra se indica
con fluorescencia
- Se mide por análisis de imágen
que indica el nivel de expresión
de un gen
- Se mide por análisis de imágen
que indica el nivel de expresión
de un gen
- Nivel de hibridación entre
sonda y muestra se indica
con fluorescencia
- MUESTRA:
Proteínas Tejidos
DNA Expresión
cDNA
- Aplicación clínica
- Desarrollo de fármacos
Respuesta a fármacos
Desarrollo de terapia
Clasificación de tumor
Pronóstico de riesgo
Detección de mutaciones y
SNP`s
- Desarrollo de fármacos
Respuesta a fármacos
Desarrollo de terapia
Clasificación de tumor
Pronóstico de riesgo
Detección de mutaciones y
SNP`s
- Pasos
- 1. Diseño de chip
- 1.Selecciòn de gen o producto de interes
- 1.Selecciòn de gen o producto de interes
- 2. Preparacion de la muestra
- 2.Obtenciòn de la muestra y obtener DNA o mRNA
- 2.Obtenciòn de la muestra y obtener DNA o mRNA
- 3. Hibridación
- 3. Hibridacion de sondas con el DNA mRNA marcado de la muestra a estudiar
- 3. Hibridacion de sondas con el DNA mRNA marcado de la muestra a estudiar
- 4. Escaneo de chip
- 5.Analisis de imagen
- 5. Cuantificacion por medio de la fluorescencia
- 5. Cuantificacion por medio de la fluorescencia
- 1. Diseño de chip
- Marca líder
Affymetrix
- Tipos
- Macroarrays
Chips electronicos
En portaobjetos
Gene Chips, CGH
- cDNA
Oligonucleotidos
Proteínas
- Macroarrays
Chips electronicos
En portaobjetos
Gene Chips, CGH
- Fijación de sondas que
representan los genes,
proteínas o metabólicos
sobre un sustrato sólido
expuesto a moléculas
diana
- PCR
- Anidada
- QUE ES: Amplificación
de una secuencia más
específica dentro de
otra previamente
amplificada
- PASOS: 1. Desnaturalización,
2. Alineamiento (1er par de
primers), 3. Elongación, 4.
Segunda amplificación (2do
par de primers)
- MUESTRA: cualquier muestra biologica, no
necesariamente estéril y puede estar en
bajas concentraciones
- COBERTURA: Gen específico
- DETECTA: genes específicos y
patógenos (carga viral y cepas)
- APLICACIONES: cuantificación de
expresión de genes, de mRNA,
RNA, DNA, diferenciación alelica,
marcadores tumorales, oncología
clínica diagnostico de pacientes
asintomáticos, estado de una
enfermedad, estudios
preconcepcionales
- APLICACIONES: cuantificación de
expresión de genes, de mRNA,
RNA, DNA, diferenciación alelica,
marcadores tumorales, oncología
clínica diagnostico de pacientes
asintomáticos, estado de una
enfermedad, estudios
preconcepcionales
- DETECTA: genes específicos y
patógenos (carga viral y cepas)
- COBERTURA: Gen específico
- MUESTRA: cualquier muestra biologica, no
necesariamente estéril y puede estar en
bajas concentraciones
- PASOS: 1. Desnaturalización,
2. Alineamiento (1er par de
primers), 3. Elongación, 4.
Segunda amplificación (2do
par de primers)
- QUE ES: Amplificación
de una secuencia más
específica dentro de
otra previamente
amplificada
- RetroPCR
- Qué es: PCR tiempo
real para detección de
expresión de genes
- Pasos:1.
desnaturalización
2.hibridación
3.extensión
- Muestra: Cualquier
muestra biológica, no es
necesario que sea esteril.
- Detecta: mRNA
específico
- Aplicaciones: *expresión génica
(en periodos de desarrollo, en
condiciones patológicas, en
respuesta a estímulos,
antígenos y drogas) *cargas
virales
- Aplicaciones: *expresión génica
(en periodos de desarrollo, en
condiciones patológicas, en
respuesta a estímulos,
antígenos y drogas) *cargas
virales
- Detecta: mRNA
específico
- Muestra: Cualquier
muestra biológica, no es
necesario que sea esteril.
- Pasos:1.
desnaturalización
2.hibridación
3.extensión
- Qué es: PCR tiempo
real para detección de
expresión de genes
- Tiempo real
- QUÉ ES: es la posibilidad de detectar
en tiempo real la amplificación de
nuestro genoma de interés
- MUESTRA:Detección a partir
sangre, piel, cabellos, saliva,
LCE
- Detecta: productos
- Cobertura: permite observar
la cinética de la reacción.
- Apliaciones: Cuantificación de
RNAm, RNA, DNA.
Identificación de SNP,
EXPRESION GÉNICA,
DIFERENCIACIÓN ALÉLICA.
- Ventajas: No es necesario que la muestra sea estéril, más rápida,
menos laboriosa
- Tipos
- SYBR GREEN
- Se une al DNA de doble
cadena. Emite una
fluorescencia proporcional a
la concentración de DNA.
- Alta sensibilidad, menor costo,
mas comunmente usado
- Alta sensibilidad, menor costo,
mas comunmente usado
- Se une al DNA de doble
cadena. Emite una
fluorescencia proporcional a
la concentración de DNA.
- Taqman
- Una unica sonda
- Especificidad. Librerías de
cebadores y sondas en
casas comerciales.
- Especificidad. Librerías de
cebadores y sondas en
casas comerciales.
- Una unica sonda
- Sondas de Hibridación
- Molecular Beacons
- SYBR GREEN
- Tipos
- Ventajas: No es necesario que la muestra sea estéril, más rápida,
menos laboriosa
- Apliaciones: Cuantificación de
RNAm, RNA, DNA.
Identificación de SNP,
EXPRESION GÉNICA,
DIFERENCIACIÓN ALÉLICA.
- Cobertura: permite observar
la cinética de la reacción.
- Detecta: productos
- MUESTRA:Detección a partir
sangre, piel, cabellos, saliva,
LCE
- QUÉ ES: es la posibilidad de detectar
en tiempo real la amplificación de
nuestro genoma de interés
- Múltiple
- QUÉ ES: Amplificación de
varios targets diferentes
(con múltiples primers) en
forma simultánea
- PASOS:
1.Desnaturalización
2.Alineamiento
3.Elongación
- MUESTRA: Cualquier muestra biológica. No
es necesario que sea estéril.
- COBERTURA:
Gen específico
- DETECTA: Genes específicos y patógenos (carga
viral y cepas)
- APLICACIONES: 1) Cuantificación de la expresión
de genes 2) Cuantificación mRNA, RNA, DNA 3)
Diferenciación alélica 4) Marcadores tumorales
5) Diagnóstico temprano 6) Estado de
desarrollo en una enfermedad 7) Estudios
preconcepcionales 8) Oncología clínica
- EXTRA: A) Identifica secuencias blanco B)
+ Muestra + Tubos C) Paneles para
patógenos
- EXTRA: A) Identifica secuencias blanco B)
+ Muestra + Tubos C) Paneles para
patógenos
- APLICACIONES: 1) Cuantificación de la expresión
de genes 2) Cuantificación mRNA, RNA, DNA 3)
Diferenciación alélica 4) Marcadores tumorales
5) Diagnóstico temprano 6) Estado de
desarrollo en una enfermedad 7) Estudios
preconcepcionales 8) Oncología clínica
- DETECTA: Genes específicos y patógenos (carga
viral y cepas)
- COBERTURA:
Gen específico
- MUESTRA: Cualquier muestra biológica. No
es necesario que sea estéril.
- PASOS:
1.Desnaturalización
2.Alineamiento
3.Elongación
- QUÉ ES: Amplificación de
varios targets diferentes
(con múltiples primers) en
forma simultánea
- PCR RFLP
- QUÉ ES: técnica PCR que diferencia DNA
homólogo por la longitud de fragmentos
seleccionados con enzimas de restricción.
- APLICACIONES: 1. Mapeo génico, 2. genética forense,
3. pruebas de paternidad, 4. diagnóstico de enf.
hereditarias, 5. identificación y diferenciación de
especies
- PASOS: 1. Extracción DNA, 2. amplificación, 3.
fragmentación DNA con endonucleasas de restricción, 4.
electroforesis en gel, 5. análisis de resultados
- MUESTRA: cDNA o DNA corto a partir de cualquier material biológico
- DETECTA: SNPs y MNPs
- DETECTA: SNPs y MNPs
- MUESTRA: cDNA o DNA corto a partir de cualquier material biológico
- PASOS: 1. Extracción DNA, 2. amplificación, 3.
fragmentación DNA con endonucleasas de restricción, 4.
electroforesis en gel, 5. análisis de resultados
- APLICACIONES: 1. Mapeo génico, 2. genética forense,
3. pruebas de paternidad, 4. diagnóstico de enf.
hereditarias, 5. identificación y diferenciación de
especies
- QUÉ ES: técnica PCR que diferencia DNA
homólogo por la longitud de fragmentos
seleccionados con enzimas de restricción.
- inmunoPCR
- QUÉ ES: PCR con detección de antígeno
específico por el anticuerpo específico (unido
a DNA)
- PASOS: 1. detección del antígeno por el
anticuerpo (que está unido a DNA) 2.DNA
unido se amplifica por PCR (en donde se
pueden usar cromóforos a los primers)
- MUESTRA: Cualquier muestra biológica, no es
necesario que sea esteril (mENA, RNA, DNA)
- COBERTURA: gen específico
- DETECTA: proteínas
- NO DETECTA: genes
- APLICACIONES: detección de
patógenos (proteínas en cantidades
mínimas
- APLICACIONES: detección de
patógenos (proteínas en cantidades
mínimas
- NO DETECTA: genes
- DETECTA: proteínas
- COBERTURA: gen específico
- MUESTRA: Cualquier muestra biológica, no es
necesario que sea esteril (mENA, RNA, DNA)
- PASOS: 1. detección del antígeno por el
anticuerpo (que está unido a DNA) 2.DNA
unido se amplifica por PCR (en donde se
pueden usar cromóforos a los primers)
- QUÉ ES: PCR con detección de antígeno
específico por el anticuerpo específico (unido
a DNA)
- PCR
digital
- QUÉ ES" refinamiento biotecnológico de los
métodos convencionales de reacción en cadena de
la polimerasa que pueden usarse para
cuantificar directamente y clonalmente
amplificar cadenas de ácidos nucleicos, incluyendo
ADN, ADNc o ARN
- PASOS: 1.. partición
2.desnaturalización
3..hibridación 4.extensión
5.detección
- MUESTRA: Cualquier muestra biológica, no
es necesario que sea esteril (mENA, RNA,
DNA)
- COBERTURA: Gen-específico
- DETECTA: genes específicos, mRNA específico,
patógenos (carga viral y cepas). Puede detectar
diferentes secuencias hasta en 100,00 moléculas
- NOTAS: alta: especificidad, librería de primers y sondas,
rápido, no necesita electroforesis, menor riesgo de
contaminación,alta sensibilidad,, se requiere menor
cantidad de muestra, y mejor que PCR al medir las
cantidades de ácido nucleico. No es multiplex,
- NOTAS: alta: especificidad, librería de primers y sondas,
rápido, no necesita electroforesis, menor riesgo de
contaminación,alta sensibilidad,, se requiere menor
cantidad de muestra, y mejor que PCR al medir las
cantidades de ácido nucleico. No es multiplex,
- DETECTA: genes específicos, mRNA específico,
patógenos (carga viral y cepas). Puede detectar
diferentes secuencias hasta en 100,00 moléculas
- COBERTURA: Gen-específico
- MUESTRA: Cualquier muestra biológica, no
es necesario que sea esteril (mENA, RNA,
DNA)
- PASOS: 1.. partición
2.desnaturalización
3..hibridación 4.extensión
5.detección
- QUÉ ES" refinamiento biotecnológico de los
métodos convencionales de reacción en cadena de
la polimerasa que pueden usarse para
cuantificar directamente y clonalmente
amplificar cadenas de ácidos nucleicos, incluyendo
ADN, ADNc o ARN
- Convencional
- QUÉ ES: Técnica que permite amplificar una
secuencia de ADN con la finalidad de
analizarlo e identificar genes específicos
- PASOS: 1. Obtención de la muestra 2.
Desnaturalización 3. Elongación 4.
Repetición por 30 ciclos (mínimo)
- MUESTRA: Sangre, semen, exudados vaginales,
ceúlas bucales, cepillo de dientes, ropa, momias,
insectos en ámbar, escenas del crimen, forense,
etc.
- COBERTURA: gen específico
- DETECTA: Genes específicos, genes
patógenos (carga viral y cepas),
mutaciones de genes, ausencia y
deleción
- NO DETECTA: SNPs, translocaciones,
inserciones, inversiones, mRNA,
diferenciación alélica
- APLICACIONES: Detección de patógenos,
enfermedades genéticas, pruebas de paternidad,
cromosoma Filadelfia, identificación de individuos,
cuantificación de carga viral y tumoral
- NOTAS: *alta sensibilidad, especificidad y velocidad
- NOTAS: *alta sensibilidad, especificidad y velocidad
- APLICACIONES: Detección de patógenos,
enfermedades genéticas, pruebas de paternidad,
cromosoma Filadelfia, identificación de individuos,
cuantificación de carga viral y tumoral
- NO DETECTA: SNPs, translocaciones,
inserciones, inversiones, mRNA,
diferenciación alélica
- DETECTA: Genes específicos, genes
patógenos (carga viral y cepas),
mutaciones de genes, ausencia y
deleción
- COBERTURA: gen específico
- MUESTRA: Sangre, semen, exudados vaginales,
ceúlas bucales, cepillo de dientes, ropa, momias,
insectos en ámbar, escenas del crimen, forense,
etc.
- PASOS: 1. Obtención de la muestra 2.
Desnaturalización 3. Elongación 4.
Repetición por 30 ciclos (mínimo)
- QUÉ ES: Técnica que permite amplificar una
secuencia de ADN con la finalidad de
analizarlo e identificar genes específicos
- Anidada
- Cariotipo
- QUE ES: técnica que permite la
identificación morfolófica de cada uno
de los cromosomas de forma
independiente (bandas G y bandas C)
para identificación de alteración
morfológica de los cromosomas
- PASOS: 1. cultivo 2.centrifugación y
preparación 3.centrifugación y portaobjetos
4.calentar y teñir 5.microscopio y ordenar
- MUESTRA: cultivo (amniocitos, sangre,
tejido de aborto, vellosidades corionicas, etc
- COBERTURA: todo el genoma
- DETECTA: *reordenamiento balanceado y no
balanceado (inversiones, translocaciones)
*pérdidas(deleciones) *ganancias (duplicaciones,
inserciones,cromosoma marcador, aneuplodía)
*isocromosoma *cromosoma en anillo
- NO DETECTA: mutaciones puntuales
- APLICACIONES: *diagnóstico prenatal (edad
materna, olugo/ polihidramnios, retraso de
crecimiento, antecedentes) *diagnóstico neonatal
(malformaciones, genitales ambiguos, muerte)
*transtornos de crecimiento, rasgos dismórficos,
retrasos, abortos, infertilidad, *procesos malignos
*control de transplantes de médula ósea
- NOTAS: *análisis depende de capacitación personal *se
requiere cultivo *se requiere células en interfase
- NOTAS: *análisis depende de capacitación personal *se
requiere cultivo *se requiere células en interfase
- APLICACIONES: *diagnóstico prenatal (edad
materna, olugo/ polihidramnios, retraso de
crecimiento, antecedentes) *diagnóstico neonatal
(malformaciones, genitales ambiguos, muerte)
*transtornos de crecimiento, rasgos dismórficos,
retrasos, abortos, infertilidad, *procesos malignos
*control de transplantes de médula ósea
- NO DETECTA: mutaciones puntuales
- DETECTA: *reordenamiento balanceado y no
balanceado (inversiones, translocaciones)
*pérdidas(deleciones) *ganancias (duplicaciones,
inserciones,cromosoma marcador, aneuplodía)
*isocromosoma *cromosoma en anillo
- COBERTURA: todo el genoma
- MUESTRA: cultivo (amniocitos, sangre,
tejido de aborto, vellosidades corionicas, etc
- PASOS: 1. cultivo 2.centrifugación y
preparación 3.centrifugación y portaobjetos
4.calentar y teñir 5.microscopio y ordenar
- QUE ES: técnica que permite la
identificación morfolófica de cada uno
de los cromosomas de forma
independiente (bandas G y bandas C)
para identificación de alteración
morfológica de los cromosomas
- FISH
- QUE ES: técnica de mapeo físico de DNA en la
que una sonda de DNA etiquetada con una
molécula marcadora hibrida con los cromosomas
en un portaobjetos y se ve al microscopio de
fluoresencia con luz UV
- DETERMINA: regiones o cromosomas
específicos, tipos --> centrómeros, telómeros y
regiones específicas <-- se pintan
- PASOS : 1 etiquetado de sondas de ADN con
colorante fluorescente, o anticuerpo y
preparación de metafase 2 densaturalización de
la doble cadena de DNA e insertación de sondas
3 Hibridación de las sondas con DNA 4 análisis
de imagen
- MUESTRA: Biopsias en parafina (DNA o RNA) (sangre
fibroblastos, células bucales, médula ósea, células bucales,
médula ósea etc. ) cromosomas en metafase
- COBERTURA: específico de sonda
- DETECTA: reordenamiento balanceado y no balanceado (inversiones,
translocaciones) pérdidas, deleciones, ganancias ( duplicaciones, inserciones,
cromosoma marcador y aneuploidias) Isocromosoma y cromosoma en anillo
tiene una sensibilidad de 10-2 –10-4
- NO DETECTA: mutaciones puntuales, regiones desconocidas
- APLICACIONES: FISH prentala para cromosomas, 13
18 21 X y Y ( síndromes concretos, infertilidad,
abortos, muerte fetal, retardo mental) determinar
número de cromosomas (cáncer: cromosoma
filadelfia)
- NOTAS: semiautomatizado, costoso, poco RNA detectable,,
más rápido que cariotipo, solo para regiones conocidad,
no se requieren cultivos, solo tres colores.
- NOTAS: semiautomatizado, costoso, poco RNA detectable,,
más rápido que cariotipo, solo para regiones conocidad,
no se requieren cultivos, solo tres colores.
- APLICACIONES: FISH prentala para cromosomas, 13
18 21 X y Y ( síndromes concretos, infertilidad,
abortos, muerte fetal, retardo mental) determinar
número de cromosomas (cáncer: cromosoma
filadelfia)
- NO DETECTA: mutaciones puntuales, regiones desconocidas
- DETECTA: reordenamiento balanceado y no balanceado (inversiones,
translocaciones) pérdidas, deleciones, ganancias ( duplicaciones, inserciones,
cromosoma marcador y aneuploidias) Isocromosoma y cromosoma en anillo
tiene una sensibilidad de 10-2 –10-4
- COBERTURA: específico de sonda
- MUESTRA: Biopsias en parafina (DNA o RNA) (sangre
fibroblastos, células bucales, médula ósea, células bucales,
médula ósea etc. ) cromosomas en metafase
- PASOS : 1 etiquetado de sondas de ADN con
colorante fluorescente, o anticuerpo y
preparación de metafase 2 densaturalización de
la doble cadena de DNA e insertación de sondas
3 Hibridación de las sondas con DNA 4 análisis
de imagen
- DETERMINA: regiones o cromosomas
específicos, tipos --> centrómeros, telómeros y
regiones específicas <-- se pintan
- QUE ES: técnica de mapeo físico de DNA en la
que una sonda de DNA etiquetada con una
molécula marcadora hibrida con los cromosomas
en un portaobjetos y se ve al microscopio de
fluoresencia con luz UV
- Microarreglos
- Genética Forense
- USOS
- 1.Identificación de delincuentes
- 2.Pruebas de paternidad
- 3.Identificación de personas (desastres naturales, homicidios, etc.)
- 1.Identificación de delincuentes
- PASOS
- 1. Colección y almacenaje de muestras
- 2. Extracción de ADN
- 3. Cuantificación de ADN
- 4. PCR Multiplex para la amplificación de STRs
- 6 .Interpretación de resultados
- 5. Análisis de STRs
- 7. Almacenaje y búsqueda en bases de datos
- 8. Cálculo de probabilidad de compatibilidad
- 1. Colección y almacenaje de muestras
- MUESTRAS
- Cabello, semen, dientes,
huesos, sangre periférica,
uñas, saliva, ropa, orina, vello
púbico
- Cabello, semen, dientes,
huesos, sangre periférica,
uñas, saliva, ropa, orina, vello
púbico
- MARCADORES GENÉTICOS
- STRs
- Short Tandem Repeats: regiones variables
repetidas localizadas a lo largo del genoma. Son
rasgos especiales entre los individuos
- Kits de STRs para
pruebas que no
requieren la
extracción de ADN
autosómico.
- Cromosoma Y
- USOS: detecta la línea
paterna, identifica 1 o más
violadores
- USOS: detecta la línea
paterna, identifica 1 o más
violadores
- Cromosoma X
- USOS: detecta individuos a través de
familiares de la línea materna,
reconocimiento de supuesta hija
- USOS: detecta individuos a través de
familiares de la línea materna,
reconocimiento de supuesta hija
- DNA mitocondrial
- USOS: identificación de individuos por la
línea materna, cuando la muestra está
degradada o en pequeñas cantidades,
pruebas de paternidad, víctimas,
agresores
- USOS: identificación de individuos por la
línea materna, cuando la muestra está
degradada o en pequeñas cantidades,
pruebas de paternidad, víctimas,
agresores
- Cromosoma Y
- Short Tandem Repeats: regiones variables
repetidas localizadas a lo largo del genoma. Son
rasgos especiales entre los individuos
- STRs
- USOS
- Técnicas de genómica
- Proyectos
- Genoma Humano
- Programa de
investigación
colaborativo e
internacional.
- Meta
- Mapeo y entendimiento
completo de todos los genes
de los seres humanos.
- Mapeo y entendimiento
completo de todos los genes
de los seres humanos.
- Meta
- Técnicas creadas
- Secuenciación
del ADN
- RFLP
- YAC
- BAC
- PCR
- Electroforesis
- Secuenciación
del ADN
- Comienzo:
1990
- Finalización:
2003
- Programa de
investigación
colaborativo e
internacional.
- ENCODE
- Objetivo: Construir una
base de datos con todos
los elementos funcionales
del DNA para entender
cómo se regula la
expresión fénica
- Fases del proyecto
- Fase piloto
(2003-2007)
- Enfoque en la identificación
de unidades
transcripcionales y otros
elementos funcionales
- Enfoque en la identificación
de unidades
transcripcionales y otros
elementos funcionales
- Fase del desarrollo de
la tecnología
(2007-2012)
- Enfoque en elementos
funcionales menos conocidos
- Enfoque en elementos
funcionales menos conocidos
- Fase del proyecto piloto
expandida
- Fase de producción
- Fase de producción
- Fase piloto
(2003-2007)
- Métodos utilizados
- RNA-Seq,
CAGE,
RNA-PET,
ChIP-seq,
DNase-seq,
FAIRE-seq,
RRBS, 3C,
5C,
ChIA-PET
- RNA-Seq,
CAGE,
RNA-PET,
ChIP-seq,
DNase-seq,
FAIRE-seq,
RRBS, 3C,
5C,
ChIA-PET
- Material de estudio
- 147 tipos celulares en
Homo Sapiens
categorizados en 3
niveles
- Nivel 1: de prioridad
para todos los
experimentos
- Nivel 2: células
más específicas
- Nivel 3: el resto
- Nivel 1: de prioridad
para todos los
experimentos
- 147 tipos celulares en
Homo Sapiens
categorizados en 3
niveles
- Desarrollo y
financiamiento
- 288 millones de
dólares de
financiación
- 442 investigadores
participantes
- 288 millones de
dólares de
financiación
- Fases del proyecto
- Objetivo: Construir una
base de datos con todos
los elementos funcionales
del DNA para entender
cómo se regula la
expresión fénica
- HAPMAP
- Aplicaciones
- Encontrar genes de interés para determinar
suceptibilidad de enfermedades
- Determinar el uso de un fármaco y determinar la
eficacia en pacientes de manera individual
- Encontrar genes de interés para determinar
suceptibilidad de enfermedades
- Muestras
- ADN de cuatro poblaciones a partir de sangre
- 90 individuos de
Yoruba
- 90 individuos
Europeos
- 45 individuos
de Beijing
- 45 individuos
de Tokio
- 90 individuos de
Yoruba
- ADN de cuatro poblaciones a partir de sangre
- Objetivos
- Recurso público y
gratuito de
información
- Definir patrones de variación
genetica a través del genoma
humano
- Recurso público y
gratuito de
información
- este
- Describe los
patrones comunes
de la variación
genética humana.
- Inicio oficialmente el 27
al 29 de octubre de 2002
- Inicio oficialmente el 27
al 29 de octubre de 2002
- Describe los
patrones comunes
de la variación
genética humana.
- Aplicaciones
- Proyecto del Proteoma
Humano (PPH)
- Objetivo
- Organización del Proteoma
Humano (HUPO)
- Identificación de proteínas
- Función
- Procesos
biológico
- Procesos
biológico
- Localización
- Concentración
- Nivel de
proteína
- Nivel de
transcripción
- Nivel de
proteína
- Interacciones
- Proteína-Proteína
- Biomoléculas
- Procesos
post-traduccionales
- Procesos
post-traduccionales
- Proteína-Proteína
- Función
- Identificación de proteínas
- Pronóstico
- Diagnóstico
- Biomarcadores
- Biomarcadores
- Tratamiento
- Personalizado
- Personalizado
- Organización del Proteoma
Humano (HUPO)
- Tipo de muestra
- Fluidos
biológicos
- Células
- Explante
tisular
- Fluidos
biológicos
- Método
- Espectometría
de masas
- Anticuerpos
- Base de datos
- Espectometría
de masas
- Objetivo
- Proyecto Epigenoma
Humana
- Proyecto Piloto Epigenoma Humano
- Tiene como objetivo identificar y
catalogar las Posiciones Variables de
Metilación (MVP) en el genoma humano
- Identificó MVPs en la vecindad del promotor y otras
regiones relevantes de aproximadamente 150 loci dentro
del MHC en tejidos de un rango de individuos
- Identificó MVPs en la vecindad del promotor y otras
regiones relevantes de aproximadamente 150 loci dentro
del MHC en tejidos de un rango de individuos
- Implica el tratamiento automatizado de bisulfito de ADN a
partir de minúsculas biopsias de tejido, PCR de bisulfito
específica de gen y secuenciación a gran escala de
amplicones de PCR. El análisis y la cuantificación de los
patrones de metilación se logra mediante ensayos de
espectrometría de masas y microarrays
- Epigenotipado
- Análisis de los
datos
- ADN genómico se somete a un tratamiento químico. El
procedimiento convierte todas las citosinas no
metiladas en una base diferente, el uracilo (el
comportamiento de hibridación del uracilo es idéntico
al de la timina), utilizando el bisulfito químico.
- El ADN tratado con bisulfito se amplifica en
una reacción de PCR posterior mediante el uso
de cebadores específicos de bisulfito
- Los productos de PCR están secuenciados
- Los archivos de traza generados se someten a
una normalización de datos que es específica
para las secuencias convertidas de bisulfito
- Los archivos de seguimiento se pueden visualizar como se
muestra en el ejemplo a continuación o se resumen en
una matriz como se muestra en la sección de datos
- Los archivos de seguimiento se pueden visualizar como se
muestra en el ejemplo a continuación o se resumen en
una matriz como se muestra en la sección de datos
- Los archivos de traza generados se someten a
una normalización de datos que es específica
para las secuencias convertidas de bisulfito
- Los productos de PCR están secuenciados
- El ADN tratado con bisulfito se amplifica en
una reacción de PCR posterior mediante el uso
de cebadores específicos de bisulfito
- ADN genómico se somete a un tratamiento químico. El
procedimiento convierte todas las citosinas no
metiladas en una base diferente, el uracilo (el
comportamiento de hibridación del uracilo es idéntico
al de la timina), utilizando el bisulfito químico.
- Tiene como objetivo identificar y
catalogar las Posiciones Variables de
Metilación (MVP) en el genoma humano
- Tiene como objetivo identificar, catalogar e interpretar los
patrones de metilación del ADN en todo el genoma de
todos los genes humanos en todos los tejidos principales.
La metilación es el único parámetro genómico flexible que
puede cambiar la función del genoma bajo influencia
exógena.
- Constituye un eslabón perdido entre la genética, la
enfermedad y el medio ambiente que, según se cree,
juega un papel decisivo en la etiología de prácticamente
todas las patologías humanas
- Las citosinas metiladas diferencialmente dan
lugar a posiciones variables de metilación
- Las citosinas metiladas diferencialmente dan
lugar a posiciones variables de metilación
- Constituye un eslabón perdido entre la genética, la
enfermedad y el medio ambiente que, según se cree,
juega un papel decisivo en la etiología de prácticamente
todas las patologías humanas
- Colaboración pública / privada dirigida por los
miembros del Consorcio Epigenoma Humano
- Proyecto Piloto Epigenoma Humano
- Genoma Humano
- Referencias
- Acerca del Proyecto Internacional HapMap [Internet]. National Human Genome Research Institute (NHGRI). 2015
[Consultado el 11 Noviembre 2017]. Disponible en:
https://www.genome.gov/27562906/acerca-del-proyecto-internacional-hapmap/
- Human Epigenome Consortium. Human Epigenome Consortium.
http://www.epigenome.org/ (accessed November 10, 2017).
- Encodeproject.org. (2017). ENCODE: Encyclopedia of DNA Elements – ENCODE. [online]
Available at: https://www.encodeproject.org [Accessed 11 Nov. 2017].
- Fundamentos de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y de la PCR en
tiempo real. (2013). Investigación en discapacidad, 2(2), pp.70-78.
- González del Angel, A., Blanco, B., del Castillo, V., & Carnevale, A. (1995). Identificación de
cromosomas sexuales marcadores mediante hibridación in situ con fluorescencia (FISH).
Rev. invest. clín, 47(2), 117-25.
- Campbell A, Heyer L. Instructor's manual for Discovering genomics, proteomics, and
bioinformatics. San Francisco: Pearson, Benjamin Cummings; 2007.
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- Finehout, E., Lee, K. An introduction to mass spectrometry applications in biological research.
Biochem Mol Biol Educ. [Internet] 2004 [Consultado el 09 de noviembre del 2017] 32(2): 93-100.
Disponible en: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bmb.2004.494032020331/full
- Han X., Aslanian, A., y Yates, J. Mass Spectrometry for Proteomics. Curr Opin Chem Biol [Internet] 2008
[Consultado el 09 de noviembre de 2017] 12(5), 483–490. Disponible en http://doi.org/10.1016/j.cbpa.2008.07.024
Mano N., Goto J. Biomedical and biological mass spectrometry.
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Isabel Ibarra-González*. (2009). Es 6.
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Espectrometría de masas en tándem: una nueva herramienta para el estudio de la metabolómica en pediatría. Acta
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Biológica, Centro de Salud Biológica. Hospital Universitario de Copenhague, Dinamarca.
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10 de noviembre], 176 p. Disponible en:
https://books.google.com.mx/books?id=F4Il_LxY5MYC&printsec=frontcover&source=gbs_atb#v=onepage&q&f=false
- Brown Terry. Genomas/Genome [Internet] Buenos Aires: Médica Panamericana; 2008 [Consultado el 10 de
noviembre] 760 p. Disponible en:
https://books.google.com.mx/books?id=4tYIcMOdsBwC&printsec=frontcover&source=gbs_ge_summary_r&cad=0#v=onepage&q&f=false
- Acerca del Proyecto Internacional HapMap [Internet]. National Human Genome Research Institute (NHGRI). 2015
[Consultado el 11 Noviembre 2017]. Disponible en:
https://www.genome.gov/27562906/acerca-del-proyecto-internacional-hapmap/
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