7.2 Translation

Question	Answer
Vilka tre huvudtyper av RNA finns? Funktionen i korta drag?	rRNA - del av ribosomen tRNA - Bär aminosyror till ribosomen mRNA - Avkodas till protein (störst andel)
Vad är den genetiska koden?	Den genetiska koden beskriver hur en sekvens av nukleotid-baser i en DNA-molekyl eller RNA-molekyl skall översättas till en sekvens av aminosyror i ett protein.
Hur många olika kodoner finns det? Vilka används som stopkodon och vilken används som startkodon?	64 st. UAA, UAG UGA används som stopkodon och AUG (metionin) används som startkodon.
Det är kodonets läsram som bestämmer vilken aminosyra som kodas. Men hur bestäms läsramen?	Läsramen bestäms utifrån var man startar translationen av mRNA - vid det första AUG startar translationen och vid det första stoppkodonet slutar translationen.
Beskriv tRNA (struktur) och deras funktion.	Har en treklöver-struktur innehållande flera modifierade nukleotider och regioner med dubbeltrådiga sekvenser. Har ett antikodon som ska vara komplementär till kodonet. Aminosyra-bindning till -OH är i 3' änden av tRNA:t.
Vad är aminoacyl-tRNA-syntetaser? Vad kräver reaktionen med syntaserna?	Kopplingen tRNA med en aminosyra katalyseras av aminoacyl-tRNA-sytetaser. Vid varje syntes åtgår en ATP (2 fosfat hydrolyseras)
Beskriv "Proofreading mekanismen" för aminoacylering.	Det är viktigt att tRNA har rätt aminosyra till de antikodon som finns på tRNA:t för att translationen ska bli rätt. aminoacyl-tRNA-sytaserna (de som katalyserar kopplingen mellan aminosyran och tRNA) har två active site, syntes-site och editerings-site. Den rätta aminosyran har bra passform i syntes-siten men dålig i editing-siten. Alla aminosyror förutom den rätta kommer att kunna pressas in i editing-siten - den som inte passar får "åka vidare" till syntes-siten.
Hur känner aminoacyl-tRNA-syntetaset igen rätt tRNA?	Väldigt olika beroende på aminosyran i antikodonet men generellt sätt kan man säga att den detekterar unika nukleotider. Dessa unika nukleotider kan ibland vara själva antikodonet, ibland antikodonet + en till nukleotid eller ibland har antikodonet ingen påverkan alls.
Det finns 61 st kodoner för 20 aminosyror men bara upp till ca 50 olika antikodoner - Hur är det möjligt att få ett antikodon till varje kodon?	Genom wobbling - De två första nukleotiderna i tRNA är har stark basparning men den sista kan vara lite mer flexibel och har ofta en svag basparning - Detta gör det möjligt att läsa fler kodoner för samma aminosyra.
Hur och var bildas rRNA till ribosomens lilla och stora subenhet?	I nukleolen transkriberar RNA-polymeras i rDNA-repetitioner (icke protein kodande DNA) och en RNA-precursor bildas. RNA-precursorn klyvs till mogna rRNA i olika storlekar som sedan kan binda till ribosomproteiner och lilla och stora ribosom subenheten skapas.
Var i ribosomen finns bindningsstället för mRNA och tRNA? Vad kallas bindningsställena för tRNA?	Den bindande siten för mRNA finns i den lilla subenheten. "På" denna site finns tre bindningsställen för tRNA - A-site, P-site och E-site.
Vilken funktion har RNA:t respektive proteinerna i ribosomerna?	RNA:t fungerar som ett riboenzym - katalyserar RNA:t i ribosomen. Proteinerna i ribosomerna skyddar och stabiliserar RNA:t.
Förklara elongeringen i 3 steg.	1. Aminoacyl-tRNA binder m.h.a. EF-TU+GTP till en exponerad kodontriplett i A-site via basparning. Använd tRNA lämnar E-site. 2. Katalys av peptidyl-överföring mellan peptid-tRNA i P-site och aminoacyl-tRNA i A-site. Spjälkning av peptid-tRNA-bindning i P-site. Katalysen medieras av rRNA i ribosomen 3. Translokeringar - Först storasubenheten och därefter lilla subenheten av ribosomen. Peptid-tRNA i A-site hamnar i P-site. Detta kräver eEF2/GTP. Sedan återupprepas elongeringscykeln
Vilka två sätt för att initiera translationen?Hur stor är andelen av varje sätt?	- CAP-beroende - 9 av 10 -CAP-oberoende - 1 av 10
Hur fungerar den CAP-beroende initieringen av translation? Hur regleras initieringsfaktorerna?	Initieringsfaktorerna + initiator-tRNA (metionin) och den lilla ribosomsubenheten binder till CAP-strukturen på mRNA. mRNA skannas till första AUG och när den hittas dissocierar initieringsfaktorerna som sitter fast i den lilla subenheten. Den stora ribosomsubenheten binder och elongeringen kan starta. Initieringsfaktorerna regleras genom fosforylering.
Hur fungerar CAP-oberoende translation?	En CAP-struktur behövs ej men finns ofta ändå. En CAP-oberoende initiering behöver inte starta translationen på första AUG utan preinitieringskomplexet känner igen en sekundärstruktur på mRNA, IRES. Initieringen startar på det första AUG som kommer efter IRES.
Hur fungerar termineringen? När avslutas translationen?	Translationen avslutas av ett stopkodon (UAA, UAG, UGA) som binder release-faktorer. Bindningen av release-faktorer ger en konformationsförändring i peptidyltransferaset och vatten adderas till COO- i P-sitet. Peptid, ribosomsubenheter, tRNA och mRNA dissocierar
Var sker proteinsyntesen? Vad är en polysom?	Proteinsyntesen sker på ER-bunda och fria ribosomer. Polysomer = många ribosomer på en mRNA
Vad är Pol-A-förkortning? När används det?	Poly-A-förkortning är en timer som räknar ner livstiden hos mRNA. Under translationen så binder initieringsfaktorerna till både cappen och polyadenyleringen (AAAA). När translationen är klar/när ett mRNA inte behövs längre så släpper initieringsfaktorerna och ett deadenylas bryter ner mRNA.
Nämn några skillnader mellan eukaryot och prokaryot translation.	Prokaryoter - Består av färre ribosomer (70s) och kräver färre translationsfaktorer. Dessutom har det ett poly-cistroniskt mRNA - där fler gener kan finns på samma mRNA. Translationsinitieringen är också annorlunda, prokaryoter känner igen en SD-sekvens i mRNA.
Ge några exempel på mRNA-specifik translationsreglering (exempel förekommer i bakterier men med stor sannolikhet finns de också i eukaryoter.)	- Ett translations repressor protein kan vara i vägen och blockera för basparning - Startkodonet kan vara mer eller mindre tillgängligt för start, bindningen kan t.ex. variera vid olika temperaturer - En liten molekyl förskjuter jämvikten - ex. genom att förskjuta en avstängning - Ett annat RNA kommer och basparar och blockerar på så sätt för ribosomen
Ge exempel på var och hur effektiviteten i proteinsyntesen kan regleras.	- Initieringen - Kan regleras ex. genom att en inhibitor på 5'ändan eller genom att störa kommunikationen mellan 5' cappen och 3' poly-A svansen - Elongeringen - MiRNA kan binda till mRNA och reducera proteinutmatningen - Vid stressfulla situationer (ex. hastig temperaturförändring, påverkan av virus m.m.) kan proteinsyntesen minska - Stor del av denna minskning beror på fosforylering av translations initiatorfaktorn eIF2

Next up

Description

Resource summary

Similar

	Created by stina.k.paulsson about 10 years ago