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Array comparative genomic
hybridization and it´s applications in
cancer
- La alteración en el número de copias de
ADN es una de las muchas maneras en que
la expresión génica y la función pueden ser
modificados.
- Muchos defectos se deben a las pérdidas
y ganancias de los cromosomas y los
cambios de ADN de dosificación de
alteración que ocurren en las células
somáticas son colaboradores frecuentes
de cáncer
- Los tumores se
desarrollan a través de
los procesos
combinados de
inestabilidad genética
y selección
- Muchos defectos se deben a las pérdidas
y ganancias de los cromosomas y los
cambios de ADN de dosificación de
alteración que ocurren en las células
somáticas son colaboradores frecuentes
de cáncer
- Array comparative genomic hybridization ha demostrado su valor para el análisis de ADN variaciones del
número de copias
- La intensidad de hibridación relativa de las señales de prueba y de referencia en un lugar determinado es
proporcional al número de copias relativo de esas secuencias en los genomas de
ensayo y de referencia.
- Estas técnicas incluyen: PCR mediada por
ligación, cebador de PCR degenerado y
amplificación
- Estas técnicas incluyen: PCR mediada por
ligación, cebador de PCR degenerado y
amplificación
- La intensidad de hibridación relativa de las señales de prueba y de referencia en un lugar determinado es
proporcional al número de copias relativo de esas secuencias en los genomas de
ensayo y de referencia.
- Los diferentes enfoques básicos para CGH array
proporcionan diferentes niveles de rendimiento, de
tal manera que algunos son más adecuados para
determinadas aplicaciones que otros.
- Factores que determinan los requisitos de rendimiento:
magnitudes de los cambios del número de copias , sus
extensiones genómicas, el estado y la composición de la
muestra , la cantidad de material disponible para el
análisis y cómo se utilizará los resultados del análisis
- Problemas
relacionados con el
rendimiento CGH array:
preparación física ,
genómica y la muestra
bio , y concluyen con
una discusión general
de aplicaciones para el
cáncer
- El desafío técnico importante de CGH
array es la generación de señales de
hibridación que sea intensa ,
específica y cuantitativa que el
número de copias cambios pueden
ser detectados
- La variabilidad de la
producción entre los
diferentes matrices, tales
como la cantidad de ADN en
los elementos de matriz o
elemento de la morfología,
se compensa con precisión
- Exactitud se mantiene incluso
si las intensidades se
convierten no linealmente
relacionadas con condiciones de
hibridación para evitar la
reducción de la calidad de los
datos
- Las complejidades
de tanto el ADN
genómico y el ADN
en el elemento de la
matriz afectará a las
intensidades de señal
- La variabilidad de la
producción entre los
diferentes matrices, tales
como la cantidad de ADN en
los elementos de matriz o
elemento de la morfología,
se compensa con precisión
- Factores que determinan los requisitos de rendimiento:
magnitudes de los cambios del número de copias , sus
extensiones genómicas, el estado y la composición de la
muestra , la cantidad de material disponible para el
análisis y cómo se utilizará los resultados del análisis
- Las señales más intensas a partir
de la matriz de mayor complejidad
resultan en una mejor precisión de
medición, que permite la detección de
los límites de transición de una sola
copia
- Pueden potencialmente proporcionar una mayor resolución
genómica si la solicitud se enfoca en la detección de
aberraciones multicopia como amplificaciones de genes.
- VENTAJAS
- diseñar arrays directamente de la secuencia del
genoma, capacidad de usar las mismas matrices para
la expresión y el análisis genómico y la posibilidad de
una resolución más alta genómico, conducir los
esfuerzos para mejorar el rendimiento de matrices con
baja complejidad elementos.
- Reducir la
complejidad del ADN
genómico para
aumentar la
intensidad de la señal
y permitir el uso de
baja complejidad
array
- Las supresiones de todas las copias de
una región genómica son fácilmente
detectables en las líneas celulares de
CGH array
- diseñar arrays directamente de la secuencia del
genoma, capacidad de usar las mismas matrices para
la expresión y el análisis genómico y la posibilidad de
una resolución más alta genómico, conducir los
esfuerzos para mejorar el rendimiento de matrices con
baja complejidad elementos.
- El rendimiento de células normales en muestras de
tumor se puede estimar mediante el establecimiento
primero su comportamiento con un espécimen
homogéneas bien caracterizados. Los cambios de relación
se pueden obtener utilizando la curva de respuesta medida
en relación con los valores del número de copias
normalizado apropiadas para las aberraciones esperados
en los especímenes
- Pueden potencialmente proporcionar una mayor resolución
genómica si la solicitud se enfoca en la detección de
aberraciones multicopia como amplificaciones de genes.
- APLICACIONES EN ONCOLOGÍA
- Análisis de expresión ,
inmunohistoquímica , FISH , secuenciación
del ADN , microarrays de tejidos y los
estudios funcionales en cultivo de tejidos
y modelos animales
- Asociación de ADN
aberraciones número de
copias con el pronóstico se
ha encontrado para una
variedad de tipos de
tumores
- Medición de la expresión génica a nivel de ARN o proteína
- Asociación de ADN
aberraciones número de
copias con el pronóstico se
ha encontrado para una
variedad de tipos de
tumores
- Análisis de expresión ,
inmunohistoquímica , FISH , secuenciación
del ADN , microarrays de tejidos y los
estudios funcionales en cultivo de tejidos
y modelos animales
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