DETECCIÓN DE CROMOSOMAS ALTERADOS

MÉTODOS
1. MICROARRAYS (CMA)
  1. CARACTERÍSTICAS
    1. contiene clones genómicos en un ensayo de CGH
    2. incorporación de secuencias de ADN
    3. aumenta la resolución para detectar anomalías
      1. detecta más deleciones y duplicaciones que el análisis del cariotipo
      2. forma + fácil de identificar desequilibrios con mucha precisión
    4. adición de más sondas en todo el genoma (hasta 3 M)
      1. MAYOR RENDIMIENTO DIAGNÓSTICO
    5. USO DE SONDAS SNP
      1. en lugar de sondas oligonucleotídicas espaciadas
      2. agrega capacidades adicionales
        detectar alelo en específico
        detecta regiones con una pérdida de heterocifosidad
        detección de poliploidía para CMA prenatal
    6. desequilibrios citogenómicos se describen en función de
      1. coordenadas genómicas
      2. construcción del genoma de las sondas utilizadas
  2. RECOMENDACIÓN DE LOS AUTORES
    1. prueba de diagnóstico de 1er nivel
      1. complementar con análisis de cariotipo abreviado, bandas G o Fish
        en algunas indicaciones, las bandas G deben usarse 1ero
        CMA no detecta reordenamientos balanceados
        Niños con trisomías autosómicas deben tener análisis de cariotipo
        agregar a. de cariotipo cuando resultado de CMA sea normal o necesite más información
  3. INICIO
    1. EN 2004. introducción junto a matrices que contenían clones de BAC
  4. USO
    1. pruebas posnatales para investigar personas con
      1. discapacidad intelectual
      2. retraso en el desarrollo
      3. trastorno del espectro autista
    2. identificac de todas las aneuploidías y reordenamientos desequilibrados identificados por cariotipo
    3. en mortinatos (pruebas se obtienen con + frecuencia que con cariotipado)
  5. DEBILIDAD
    1. no puede detectar reordenamientos equilibrados o algunos mosaicos
      1. ni define posición cromosómica de segmentos insertados o eliminados
        REORDENAM QUE PASA POR ALTO: traslocaciones, inversiones o inserciones
      2. MOSAICISMO:
        se debe combinar métodos luego de detección por otro método
        FISH + CMA
        la constitución cromosómica depende de la población celular que se estudia
        DEFINICIÓN
        cuando se tiene dos o más poblaciones de células que difieren en su composición genética.
      3. a veces se necesita cariotipo para interpretación completa
        no distingue trísomias de traslocaciones robertosianas
2. Tecnologías citogenéticas moleculares tempranas
  1. FISH
    1. cromosomas en metafase: células del paciente.
    2. Sondas de ADN marcadas con fluorescente derivadas de ADN genómico normal
    3. mayor resolución para detectar desequilibrios específicos
    4. USO DESDE 1980
    5. ANÁLISIS DE:
      1. anomalías submicroscópicas
        microdeleciones, duplicaciones, desequilibrios o reordenamientos teloméricos
    6. VENTAJA
      1. resultados rápidos para aneuploidías, traslocaciones desequilibradas, análisis de una célula y secciones de parafina
        1era prueba de diagnóstico para sospecha de estas
      2. brinda info de posición cromosómica y número de copias
        validación de resultados de CMA
  2. CGH (TRADICIONAL)
    1. cromosomas en metafase: células de control normales
    2. hibridación comparativa de 2 muestras de ADN (1 muestra de prueba+1 muestra de referencia normal)
    3. parecido al análisis con bandas G= analiza todo el complemento genómico
    4. más útil en citogenética del cáncer
      1. ADN de células tumorales
  3. identifican desequilibrios indetectables bajo microscopio
  4. combinación de métodos citogenéticos y basados en ADN
3. NUEVOS MÉTODOS
  1. SECUENCIACIÓN NO DIRIGIDA DEL GENOMA COMPLETO (WSG)
    1. es una metodología de alta resolución
    2. Podría reemplazar la mayoría de técnicas. Por el momento no es práctico
    3. PARA ANALIZAR:
      1. reordenamientos cromosómicos equilibrados
      2. reordenamientos aparentemente equilibrados asociados con cambios de secuencia en puntos de corte
    4. DEBILIDAD:
      1. se desconoce que traslocaciones permanecerán verdaderamente equilibradas
        y qué proporción será verdaderamente patógena
  2. DETECCIÓN PRENATAL NO INVASIVA
    1. DETECCIÓN DE ANEUPLOIDÍAS CROMOSÓMICAS
    2. se basa en detección de ADN fetal libre de células en el plasma materno
DATOS CLAVE
1. Complemento cromosómico humano haploide: 3K M de pares de bases
  1. 1 BANDA= 6Mb de ADN
2. BANDAS G Y FISH: deleciones son más fáciles de detectar que duplicaciones
3. 5 A 10Mb es aprox el límite de detección para una deleción o duplicación
OBSERVACIONES DE LOS AUTORES
1. WGS Y CRIBADO PRENATAL seguirán evolucionando
  1. probablemente remplacen al CMA
CNV: CLASIFICACIÓN
1. A. PATÓGENO
2. B. INCIERTO
  1. probablemente patógeno
3. C. INCIERTO
4. D. INCIERTO
  1. probablemente benigno
5. MI: benigno

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