estudio del gen humano MLH1

1. IDENTIFICACIÓN DE RNA MENSAJERO
1. Colon cancer AND MLH1
  1. # Resultados (Nucleotide
    1. 154
  2. # Resultados (Pubmed
    1. 1,119
2. Colon cancer
  1. # Resultados Pubmed
    1. 138,005
  2. # Resultados (Nucleotide
    1. 62,924
2. recuperacion de articulos asociados al gen MLH1
1. resultaodsd eenlaces de pubmed con el gen MLH1
  1. se encontro un enlace relacionacon con el gen el sindrome de LYNCH
2. cuantas publicaciones asociadas hay con la proteina
  1. contiene 10 publicaciones relacionadas
3. comparacion de secuencia por medio de BLAST
  1. BLAST con el contesto genómico
    1. el análisis de secuencias del gen mlh1 no se pudo obtener ningún resultado debido al tamaño que este posee o posiblemente la pagina estaba en mantenimiento en esos momento siendo así no poder obtener los resultados.
  2. BLAST con el RNAm
    1. • Se obtuvieron 100 resultados de la corrida de BLAST DEL ARNm en el cula observamos una amplia similitud de un 100% con PREDICTED: Pan troglodytes mutL homolog 1 (MLH1), transcript variant X1, mRNA, PREDICTED: Gorilla gorilla gorilla mutL homolog 1 (MLH1), transcript variant X1, mRNA entre otras ycon menos similitud conHomo sapiens cDNA FLJ55289 complete cds, highly similar to DNA mismatch repair protein Mlh1.
3. dominio conservado en la proteina
1. cuantos dominios tiene el producto del gen MLH1
  1. contiene dos dominos del producto el gen MLH1
    1. mlh1_c: dna mismatch repair protein mlh1 c-terminus
    2. mutl: dna mismatch repair protein mutl
2. caracteristicas funcionales que les confiere los dominios a las proteina
  1. • el primer dominio llamado mutl: dna mismatch repair protein mutl tiene caracteristicas funcionales en que todas las proteínas de esta familia se conocen que están involucradas en el proceso de reparación generalizada de desajustes. esta familia se basa en el análisis filogenómico
  2. • el segundo dominio llamado mlh1_c: dna mismatch repair protein mlh1 c-terminus tiene unas características que el dominio c-terminal de la proteína de reparación de desajuste de ADN mlh1, estas proteínas pertenecen a la familia mutl. este dominio forma parte del sitio activo de endonucleasa
4. identificacion de mutaciones conocidad del gen
1. cuántos snp (polimorfismos de una sola base) se reportan para la secuencia
  1. • Contiene 4384
2. MIM Numbers
  1. • 609310 – 607911 - 276300 – 158320 – 120436 – 114030.
3. registros se encontraron en el enlace OMIM
  1. 6 registros
5. búsqueda y visualización de estructuras proteicas
1. modelos moleculares que se muestran del gen MLH1
  1. 2 modelos oleulares
2. La especie Homo sapiens por cuantas cadenas polipeptídicas está conformada
  1. • 2 estructuras
3. cuantas estructuras molculares similares se destriben en MMDB
  1. 15 estructuras moleculares se describen en esta base de datos
4. especies pertenecen estos modelos
  1. mus musculus
  2. homo sapiens
5. especies relacionadas con su estructura
  1. • Saccharomyces cerevisiae S228C (3)
  2. • Escherichia coli (1)
  3. • Aquifex aeolicus VF5 (3)
  4. • Homo sapiens (3)
  5. • Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (1)
  6. • Bacillus subtilis (4)
6. contexto genomico de la region secuenciada RNAm
1. Diga la ubicación cromosómica y los nombres de los genes que se encuentran antes y después del locus o ubicación de MLH1
  1. • La ubicación del cromosoma 3 del locus genómico 35.987.785 – 37.056.579 .en el cual su gen anterio de MLH1 es EPM24LP1 y la siguiente del MLH1 se llama LRRFIP2
ontología del gen
1. nivel de expresion del gen en diferentes organos
  1. menor expresión
    1. • Páncreas
  2. mayor expresión
    1. • Testículos del hombre
2. fenotipos
  1. • sindrome de lynch
  2. • sindrome de muir-torre
  3. • sindrome de turcot
3. genes que interactua
  1. • MBD4 : MLH1 e interactúa con MED1.
  2. EXO1 :La exonucleasa hEXO1b interactúa con la proteína de reparación de desajuste hMLH1..
  3. • E2F4 : E2F4 interactúa con la región promotora MLH1.
  4. función o características de • E2F-4
    1. La proteína codificada por este gen es un miembro de la familia E2F de factores de transcripción. La familia E2F juega un papel crucial en el control del ciclo celular y la acción de las proteínas supresoras de tumores y también es un objetivo de las proteínas transformadoras de los virus tumorales de ADN pequeños. Las proteínas E2F contienen varios dominios conservados evolutivamente que se encuentran en la mayoría de los miembros de la familia. Estos dominios incluyen un dominio de unión a ADN, un dominio de dimerización que determina la interacción con las proteínas del factor de transcripción regulado por diferenciación (DP), un dominio de transactivación enriquecido en aminoácidos ácidos y un dominio de asociación de proteína supresora de tumores que está incrustado dentro del dominio de transactivación. Esta proteína se une a las tres proteínas supresoras de tumores pRB, p107 y p130, pero con mayor afinidad a las dos últimas. Desempeña un papel importante en la supresión de genes
4. funciones
  1. • unión específica del dominio de proteínas
  2. • actividad activadora transcripcional de la ARN polimerasa de tipo bacteriano, unión a ADN específica de secuencia
  3. • unión a cromatina específica del promotor
  4. • Actividad activadora de la transcripción de unión al ADN, específica de la ARN polimerasa II
  5. • enlace proteico
5. procesos
  1. • regulación de la proliferación celular
  2. • regulación del ciclo celular
  3. • regulación de la sandre
  4. • homeostasis del volumen celular
  5. • regulación de la transcripción involucrada en la transición G1 / S del ciclo celular mitótico
6. componentes
  1. • citoplasma
  2. • complejo sonaptonemal
  3. • quiasma
  4. • membrana
  5. nucleo
clona
1. Vector pCMV-SPORT6
distribuidores
1. • Orden del depósito de PlasmID en la Harvard Medical School
2. • Orden de KK DNAFORM

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