Bioinformatik KLausur

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FlashCards sobre Bioinformatik KLausur , criado por Alicia L em 21-09-2024.
Alicia L
FlashCards por Alicia L, atualizado aproximadamente 1 mês atrás
Alicia L
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Resumo de Recurso

Questão Responda
Wie viel ist 1 Angstrom in Meter? 1 * 10^-10m
Warum können sich Sequenzen trotz hoher Ähnlichkeiten dennoch in einzelnen Basen unterscheiden? Punktmutation Sequenzierungsfehler etc
Warum geht die Sängersequenzierung nicht über 1000BP hinaus? limitation der Gelelektrophorese (Grenzen des Auflösevermmögens) (Agarose-Gele sind relativ großporig und eignen sich gut zur Trennung von DNA und hochmolekularen Proteinen.
Welche zwei Prozesse finden mit der SARS RNA statt, wenn sie in der Wirtszelle angekommen ist? Translation Replikation
Wie geht man vor um die Hypothese zu testen, dass alle Blutgruppen in Europa und Afrika gleich häufig vorkommen? 1. Daten sammeln 2. Test?-> Chi-squared 3. Nullhhypothese H0 aufstellen (Man geht davon aus, dass alle Blutgruppen...)
Was ist die Atomare Auflösung? Atomare Auflösung -> Wie gut können individuelle Atome in einer Struktur voneinander unterschieden werden Mit einer Auflösung von 1.2 A oder besser können die Positionen von Atomen mit Gewissheit bestimmt werden.
Was sind die zwei Struckturbrechenden Proteine? Glycin und Prolin
In einer Datenbank gibt es 5 Treffer zwischen der mRNA einer Maus und dem Humangenom? - - -
Nenne Aromatische Proteine? Phenylalanin, Tyrosin und Tryptophan (Benzolring) sowie Histidin (Imidazolring)
Wie groß ist ein Atom, Aminosäure, Protein? Atom-> 0,1 bis 0,5 nm, AA->0,4 bis 1 nm Protein->2–100 nm
Wenn man bei einer Elektronendichte von 3,5 A statt 5 A misst, kann man dann mehr oder weniger sehen? Mehr sehen bei 3,5 Å statt 5 Å: Höhere Auflösung (3,5 Å): Du siehst mehr Details, weil du feinere Strukturen erkennen kannst. Bei 3,5 Å kannst du die Atompositionen in Molekülen genauer bestimmen und kleinere Strukturen besser auflösen. Niedrigere Auflösung (5 Å): Hier sind die Details gröber, und feine Strukturen oder atomare Details sind möglicherweise nicht erkennbar.
Welche WW zwischen Asp und Arg? Wasserstoffbrückenbindungen ( zwischen dem Sauerstoff der Amidgruppe von Asparagin und den Amino-Gruppen der Guanidinium-Seitenkette von Arginin ) Elektrostatische WW (Arginin: Die positiv geladene Guanidiniumgruppe von Arginin kann elektrostatische Wechselwirkungen mit negativ geladenen Atomen eingehen. Asparagin: Obwohl Asparagin keine formale Ladung in seiner Seitenkette hat, kann es durch die Polarität seiner Amidgruppe elektrostatische Wechselwirkungen mit den positiv geladenen Gruppen von Arginin eingehen.)
Was findet sich am 5' UTR Ende? wichtige regulatorische Elemente, die nicht für Proteine codieren, aber die Translation und Stabilität der mRNA beeinflussen. (Die 5'-UTR reguliert die Translation, enthält aber keine Start- oder Stop-Codons und kodiert somit nicht direkt für Proteine.) (Cap-Struktur (5'-Cap), Regulatorische Sequenzen, ev. Exons)
Was ist der unterschied zwischen einer synonymen und einer nicht synonymen Basensubstitution nicht synonym-> Bei der translation wird eine andere/ falsche Aminosäure translatiert synonym -> silent mutation (gleiche Aminosäure)
welche Sequenztypen erschweren die Assemblierung großer komplexer Gene? Repeats
Welche Art von Nukleinsäure besitzt SARS COV? RNA (ist ein ssRNA Virus)
Aufgrund welcher strukturellen Eigenschaften ist die Vorhersage proteinkodierender Gene im menschlichen Genom immernoch schwierig? nicht jeder ORF kodiert für Proteine alternatives spleißing repetitive Sequenzen
wie viele gene schätzt man hat das menschliche Genom? etwa 20.000-25.000
Wie macht das SARS- Virus aus zwei durch stop codons getrennten PK Genbereich ein Protein? Ribosomales Frameshifting Das SARS-CoV-Virus (wie auch das SARS-CoV-2-Virus) nutzt eine Strategie namens Ribosomales Frameshifting (insbesondere -1 Ribosomal Frameshifting), um zwei durch Stopcodons getrennte proteinkodierende Genbereiche als ein Protein zu exprimieren. Diese Strategie ermöglicht es dem Virus, trotz der Stopcodons in seiner RNA-Sequenz, bestimmte Regionen zu überspringen und dadurch zusammenhängende Proteine zu produzieren.
Nenne einen Algorithmus zum erstellen eines molekularen Stammbaums Needleman Wunsch (dynamic programming)
Was ist das Problem der UPGMA methode? Es wird von einer konstanten Evolutionsrate ausgegangen, kann nicht mehr von dem fertigen Stammbaum auf die Ausgangsmatrix schließen
Was ist ein Mono was ein Paraphylum? Monophylum-> enthällt die letzte gemeinsame Stammform und alle ihre untergruppen paraphylum->enthällt die letzte gemeinsame Stammform aber nicht alle ihre untergruppen
Worin unterscheiden sich grundsätzlich Matrix orientierte Methoden von charakterorientierten Methoden? MO-> Squenzen werden in Distanz-Matrix konvertiert (durchschnittliche Änderung pro Position) CM-> Jede Position wird als informative Einheit betrachtet
Was ist eine Außengruppe im Stammbaum? zur erstellung eines rooted tree mit Evolutionsrichtung ist die am weitesten entfernte mit den anderen Taxa entfernte Gruppe (aufspaltung am längsten zurückgehend)
Was sind die 4 Proteinebenen? 1°-> Abfolge Aminosäure sequenz 2°->alpha helix beta faltblatt (nahortung des Proteinbackbones durch h2o Brücken) 3°->Die vollständige dreidimensionale Faltung der gesamten Polypeptidkette. (durch verschiedene Wechselwirkungen (hydrophobe Interaktionen, Wasserstoffbrücken, ionische Bindungen, Disulfidbrücken) stabilisiert) 4°-> Zusammenlagerung mehreren Polypeptidketten (Untereinheiten), die zu einem funktionalen Protein aggregieren. Die Quartärstruktur beschreibt die räumliche Anordnung und Wechselwirkungen dieser Untereinheiten.
Nenne die drei Techniken zur Protein Strucktur bestimmung Röntgenstruckturbestimmung Elektromikroskopie NMR
Welche Auflösung ist mit dem 3D Elektronenmikroskop möglich? 3A (>5A)
Was stellt ein Ramachandran plot dar, welche Schlüsse können daraus gezogen werden? Winkelverteilung (phi psi) im Protein Zeigen Energetisch günstige Winkelkombinationen und Vorhersagen der 2° Strucktur

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