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通関士でない者（通関士試験に合格していない者及び合格者でも通関士の登録がされていない者）は、通関士という名称を使用できません。 通関士は、いわゆる「名称独占資格」であり、資格を持っていないのに名称を名乗ると、処罰の対象になります。（通関業法44条）

通関業者は、その取扱いに係る通関業務の件数、これらについて受けた料金の額その他通関業務に係る事項を記載した報告書を毎年１回財務大臣に提出しなければなりません（通関業法22条)。

通関業法第14条（ 通関士の審査等 ）の規定による通関士の記名押印の有無は、同条に規定する通関書類の効力に影響を及ぼしません。

通関業者が作成又は保存しなければならないこととされている帳簿及び書類 を電磁的記録により作成又は保存する場合の取扱いは、「財務省の所管する 法令の規定に基づく民間事業者が行う書面の保存等における情報技術の利用 に関する規則の規定」によるものとされています。 (通関業法２２条１項、同法基本通達２２ー２)